将 AlphaGenome Variant Impact 应用于 SNV 优先级排序
研究人员基于 AlphaGenome Atlas 的 AVI 评分,通过 ROC 分析推导出区分 ClinVar 致病性分级的 AVI_QUANTILE 阈值,Youden 最优切点为 0.9938;24,989 个意义不确定变异中 11,357 个(45.45%)超过该阈值。激素依赖型哮喘精细定位中,AVI_QUANTILE 与 SuSiE 后验概率几乎不对应,提示两者信息互补。
研究人员基于 AlphaGenome Atlas 的 AVI 评分,通过 ROC 分析推导出区分 ClinVar 致病性分级的 AVI_QUANTILE 阈值,Youden 最优切点为 0.9938;24,989 个意义不确定变异中 11,357 个(45.45%)超过该阈值。激素依赖型哮喘精细定位中,AVI_QUANTILE 与 SuSiE 后验概率几乎不对应,提示两者信息互补。
研究者整合人胰岛表观基因组、GWAS及PANC-DB数据,应用ChromBPNet与转录因子足迹分析,鉴定出多个1型糖尿病相关SNP可改变β细胞等细胞类型特异性增强子处的染色质可及性与转录因子结合。这些发现将遗传风险与细胞内在调控程序关联,为机制研究提供候选靶点。
GIAB 联盟发布 HG002 v5.0q 基准集,基于 HG002 二倍体全相位高精度组装,提供覆盖小变异和结构变异的综合评测参考。相较 v4.2.1,新基准新增约 200 Mbp 可调用序列,小变异检出量提升 18%,结构变异检出量提升约 3 倍,重复区域内变异覆盖也显著增加,并提供 GRCh37、GRCh38 和 CHM13 三种参考基因组版本。
推荐理由:v5.0q 基准相比 v4.2.1 新增约 200 Mbp 可调用序列,结构变异检出量提升约 3 倍,为测序技术与变异调用算法的评测提供了更完整的参考。
该预印本报道,在化疗耐药癌细胞中诱导铁死亡时,细胞内钠、钾、氯离子水平发生显著变化。salinomycin 与 digoxin 联用通过持续造成离子失衡,体外增强铁死亡并显著抑制体内肿瘤生长;同时 Kv7.2 和 CFTR 调节剂可在不依赖通道蛋白表达的条件下抑制铁死亡,提示其有望用于神经退行性疾病和肾脏疾病等铁死亡相关疾病。
推荐理由:该预印本将铁死亡与钠钾氯离子动态关联,salinomycin 与 digoxin 联用在耐药肿瘤体内模型中显示出抑瘤效果。
本研究在Tax阴性的成人T细胞白血病/淋巴瘤(ATL)中鉴定出Fra-2作为NF-κB p65的共激活因子,将p65的转录活性重定向至炎症基因。
推荐理由:在Tax阴性ATL中识别出Fra-2–NF-κB–IL-1β这一可药物靶向的耐药轴,并提示anakinra等现有药物可能恢复化疗敏感性。
研究在180.1 MeV质子和352.4 MeV/u碳离子辐照PANC-1和BxPC-3胰腺导管腺癌细胞,沿布拉格曲线四个位点评估克隆存活与RBE。RBE随剂量平均传能线密度(LETD)升高而增加:质子RBE10远端超1.1,碳离子RBE10在PANC-1由2.3升至5.2、BxPC-3由1.3升至3.7。
在三阴性乳腺癌临床前模型中,研究者通过纵向单细胞与空间转录组以及中性粒细胞特异性遗传扰动,鉴定出一种在肿瘤表型分叉前即出现的中性粒细胞ISG程序,并发现其持续激活与抗PD1耐药相关;早期减少IFN应答型中性粒细胞与治疗成功相对应,而在中性粒细胞中遗传破坏I型或II型干扰素信号可提升抗PD1疗效并促进持久抗肿瘤免疫记忆。
推荐理由:原文将中性粒细胞干扰素程序的早期动态与抗PD1疗效直接挂钩,读者可据此评估该程序作为外周血生物标志物候选的可行性。
Xevinapant(AT406)在体外以TNFα依赖方式增强三阴性乳腺癌(TNBC)细胞放疗诱导性死亡,克隆形成实验中MDA-MB-231剂量增强因子达1.57。该增敏作用由TNF依赖性凋亡介导,提示Xevinapant联合放疗有望改善TNBC局部控制。
约 90% 影响大五人格特质的遗传变异同时作用于智力,LD 分数回归、基因优先级排序与基因集富集分析均在 SNP、基因和生物学通路层面观察到二者显著重叠。多层级分析表明,智力与大五人格特质的遗传与生物学相似程度不亚于各特质彼此之间。
对六项创造力相关 GWAS 开展基因组结构方程建模,识别出一般因子与艺术因子两个潜在遗传因子,各对应 22 个和 13 个全基因组显著位点(9 个为新位点)。一般因子与受教育程度遗传相关近完全(rg = 0.96),主要反映认知与教育过程;艺术因子相关性弱(rg = 0.11),却与多种精神疾病呈遗传正相关,且具有独特的生物学富集模式。
研究人员开发了针对WHO高优先级真菌病原体荚膜组织胞浆菌(H. capsulatum)的快速全基因组多位点序列分型(MLST)方案。基于406个公共基因组组装构建了wgMLST、annMLST与fanMLST三种方案,每种含超过8,000个标记,可在常规计算设备上重现区分全部7个谱系及6个南美亚谱系,方案间比较的r²值在0.8–1.0之间。
研究对2023年乌干达26个哨点的249份单克隆恶性疟原虫基因组进行测序,并与5个邻国公开数据比较。PfPX1的PIN单倍型(L1222P、M1701I、D1705N)全国流行率达70%,合并D384A者集中于北部和东部,D384Y单倍型跨坦桑尼亚边境传播。乌干达全境遗传多样性高、分化低,为区域疟原虫耐药基因组监测提供了2023年基线。
研究者基于1940年代以来的全球DENV基因组数据,通过系统发育动力学方法重建传播路径,发现当前城市登革病毒的多样性源于20世纪上半叶的亚洲。全球传播呈不对称格局,亚洲洲内传播密度最高并持续向非洲与美洲输出;DENV主要经南亚进入北美,自2010年起向美洲的传播速率明显加快。研究指出旅行量而非气候因素是塑造DENV长期传播格局的主导变量,提示其扩散将继续加速。
一项对780例未经治疗口咽鳞癌患者的多中心回顾性分析显示,HPV阳性患者更常出现同侧II级淋巴结受累,尤其在早期T分期肿瘤中(80.6% vs 54.8%)。然而,HPV阳性患者发生隐匿性转移的比例低于HPV阴性患者(24.7% vs 48.7%)。数据表明,更高的淋巴结受累率未必转化为更高的隐匿性转移风险,不支持对HPV阳性肿瘤采用比HPV阴性肿瘤更大的选择性淋巴结照射靶区。
在急性早幼粒细胞白血病中,转录因子EBF3基因存在复发性杂合功能缺失突变,看似是肿瘤抑制基因,但对白血病生存却至关重要。研究发现,PML::RARA融合癌蛋白通过p300依赖性内含子增强子激活EBF3表达,但EBF3过量又会抑制增殖;患者突变通过杂合失活将EBF3活性优化在两端适应性约束的区间内。p300抑制可通过将EBF3压制至存活阈值以下来利用此约束。
推荐理由:研究通过急性早幼粒细胞白血病模型,解释了为何一个看似肿瘤抑制基因的突变反而标记了癌细胞依赖的基因,并指出p300抑制可能利用这种剂量约束。
Evo 2 在涵盖生物与人工序列的五项二元分类任务中展现出稳健的情境学习能力,其在较短自然序列上表现优异(miRNA F1=0.902,Toxins F1=0.785),但性能随序列长度增加而下降并在千碱基尺度上崩溃。研究还发现模型缩放并无益处,7B 参数模型系统性地优于 40B 变体。机制可解释性分析揭示了预测与泛化之间的权衡,并表明模型可能追踪提示的结构而非信号承载内容。
研究对 62 名髓系肿瘤患者和 20 名健康供体进行长/短读长单细胞转录组(10X-ONT,n=21)和免疫表型分辨的低细胞蛋白质组分析,发现剪接因子突变在造血分化过程中以突变特异性方式使蛋白质-转录组动态解耦。
推荐理由:研究结合长读长单细胞转录组和低细胞蛋白质组,揭示了剪接因子突变通过毒害蛋白复合物驱动肿瘤发生的新机制。
研究发现内皮细胞 AMBRA1 缺失导致血管功能障碍并促进黑色素瘤进展。TGFβ 配体诱导内皮细胞 AMBRA1 转录后缺失,激活细胞周期和代谢程序,同时抑制内皮连接和免疫支持通路。在 121 例非溃疡性 AJCC I/II 期黑色素瘤队列中,肿瘤内和瘤周血管 AMBRA1 缺失与转移进展显著相关。
推荐理由:研究揭示了内皮细胞中 AMBRA1 缺失通过影响血管功能和免疫支持通路促进黑色素瘤转移的机制。
TAK-715 作为 p38 MAPK 和 Casein kinase δ/ϵ 双重抑制剂,在体外实验中显示出对紫杉醇耐药和侵袭性转移性去势抵抗前列腺癌(mCRPC)细胞系的疗效,单药或联合紫杉醇均可抑制癌干细胞样细胞。该药物通过线粒体介导的凋亡通路发挥作用,单细胞转录组分析显示其能消除导致癌干性、转移和耐药的亚克隆群体。
研究团队开发并表征了一组代表复发性复制压力相关基因改变的同系HGSC模型。模型显示不同基因型产生显著不同的肿瘤生态系统状态,Ccne1/Brd4共表达肿瘤表现出高复制压力、DNA损伤应答激活和CD47高表达。ATR和CD47靶向治疗在Ccne1/Brd4腹膜内异种移植模型中显示出疗效。
研究通过单细胞精子基因组测序直接测量了人类 17q21.31 位点 H1 和 H2 单倍型之间的重组率,发现单交换事件几乎完全被抑制,但基因转换或双交换事件的发生率超过基因组平均水平。在 All of Us 基因组中鉴定出 99 种不同的 H1-H2 重组单倍型,并利用大型亲本-胚胎数据集发现 H2 可加性增加女性染色体交叉率。祖先重组图将 H1-H2 基因流动定年至约 10-50 万年前。
SageMedic 团队用 3D 微肿瘤平台对比 7 例匹配原发与转移灶的 275 个药物响应,局部转移灶响应与原发灶高度一致(ρc=0.91-0.97),淋巴道及血行转移灶相关性显著降低(ρc=0.58-0.87)。拆分样本验证极高复现性(ρc=0.95),单部位功能分析仍可识别耐药、降低无效治疗风险。
研究对247例I/II期原发性皮肤黑色素瘤和60例未经干预的匹配转移灶进行测序,整合拷贝数、突变、蛋白和空间转录组分析。复发并非由致癌点突变区分,而是由体细胞拷贝数改变和染色体不稳定性驱动。研究定义了OncoCycle六基因拷贝数特征,可独立预测复发。转移进展由持续的拷贝数演变和瘤内异质性减少驱动,而非获得性点突变。
BRCA1/2缺失的HRD肿瘤表现出广泛的代谢重编程,并选择性上调组成型活性丙酮酸激酶M1(PKM1)亚型。使用小分子激活剂(包括FDA批准的mitapivat)过度激活PKM会导致超氧化物积累、破坏PINK1依赖性线粒体质量控制、诱导DNA损伤,并在体内选择性杀死BRCA2缺陷肿瘤。
研究团队设计了一系列 SMYD3 蛋白降解靶向嵌合体(PROTAC),其中化合物 IAP-08 在纳摩尔浓度下可有效降解 SMYD3,DC50 约为 177 nM,Dmax 约 90%,并显著降低 HPV 阴性头颈鳞癌细胞的增殖和侵袭能力。
推荐理由:该研究通过比较 PROTAC 降解剂与传统抑制剂的表型差异,提示了靶向 SMYD3 非催化功能在 HPV 阴性头颈鳞癌中的治疗潜力。
研究发现剪接共因子 SON 是胶质母细胞瘤中环状 RNA 生物发生的新型抑制因子。SON 敲低增加 circRNA 丰度并减弱 PKR/NF-κB 信号激活,而过表达 SON 抑制的 circUSP1 和 circSUCO 可降低 PKR 激活并选择性减少放疗抵抗细胞的克隆形成存活。该结果揭示了 SON/circRNA/PKR 通路在胶质母细胞瘤获得性放疗抵抗中的作用。
推荐理由:研究揭示了 SON 通过抑制环状 RNA 促进 PKR 信号通路和胶质母细胞瘤放疗抵抗的新机制,并指出特定 circRNA 可能成为逆转耐药的治疗工具。
研究通过单细胞 ATAC-seq 和 RNA-seq 分析 39 例患者的 33 个原发肿瘤和 7 个转移灶,发现 GATA6+/KRT17+ 共可及性标识的经典-基底亚型中间祖细胞状态(SIP)与较好临床结局相关。
推荐理由:通过单细胞表观基因组分析揭示了胰腺癌进展中不同的谱系重编程路径及其与临床预后的关联。
研究发现生命早期暴露于产肠毒素脆弱拟杆菌(ETBF)会重塑结肠上皮细胞状态,导致Lgr5+干细胞扩增、Atoh1+分泌分化增强及远端结肠Wnt通路过度激活,从而增加ApcMin/+小鼠癌前病变形成。ETBF在病变内形成细胞内细菌聚集体,建立持久储存库。在关键发育窗口期定植非产毒脆弱拟杆菌则可预防病变形成。
推荐理由:该研究揭示了产肠毒素脆弱拟杆菌通过重塑肠道干细胞状态驱动结直肠癌易感性的机制,并指出发育窗口期决定了微生物定植的保护或致病作用。
研究在IDH突变胶质瘤患者来源模型中评估新型DNA交联剂KL-50单药及与组蛋白去乙酰化酶抑制剂belinostat联用的效果。MMR缺陷使TMZ耐药性增加2.2-30.4倍,而KL-50在部分MMR缺陷模型中保持抗增殖活性并增强细胞毒性。
推荐理由:研究在MMR缺陷模型中验证了KL-50单药活性,并发现与belinostat联用可协同下调DNA修复通路和PKMYT1表达。
一项针对 1663 名甲状腺结节患者的队列研究开发了一种基于血清甲状腺激素代谢物(THMs)的分子血液检测方法。在模型验证中,该检测区分分化型甲状腺癌(DTC)与良性结节的特异性为 99.5%,敏感性为 92.3%,诊断准确率为 95.9%。
推荐理由:该研究在不确定的 Bethesda III-IV 类结节中实现了 100% 的阳性预测值和 93.5% 的敏感性,可能减少不必要的诊断性手术。
研究利用单细胞多组学解析小细胞肺癌的细胞状态,发现一个中间状态是神经内分泌向非神经内分泌谱系转换的必经之路。通过构建布尔贝叶斯模型 BoBa-T,鉴定出 RORB 是神经内分泌状态的守门因子,其失活可驱动细胞进入中间状态并上调免疫相关程序,在免疫健全宿主中抑制肿瘤生长。
推荐理由:研究通过单细胞多组学构建了布尔贝叶斯模型来预测转录因子网络,为理解小细胞肺癌的可塑性提供了可迁移的分析方法。
研究发现METTL3与核孔蛋白NUP93相互作用,介导m6A修饰mRNA的核输出,功能耦联胆固醇生物合成,从而促进去势抵抗性前列腺癌进展。过表达野生型METTL3或NUP93可提高细胞内雄激素水平并激活AR信号,而METTL3的药理学抑制或靶向去甲基化可抑制CRPC恶性表型。
推荐理由:研究通过功能丧失和功能获得实验验证了METTL3-NUP93轴的具体作用,并展示了药理学抑制的潜在治疗前景。
研究发现药理学抑制SWI/SNF ATPase活性或髓系细胞特异性敲除Arid1a可抑制肿瘤生长并增强检查点阻断疗效。单细胞分析显示SWI/SNF抑制降低了TAMs中与不良预后相关基因(如Spp1)增强子的可及性,增加了干扰素刺激基因启动子的可及性。增强的免疫治疗反应依赖于ARID1A缺陷TAMs上CD86的表达和CD8+ T细胞。
推荐理由:研究通过药理学抑制和基因敲除两种方法验证了靶向巨噬细胞染色质重塑可增强免疫检查点阻断疗效,并揭示了CD86共刺激的关键作用。
研究通过长短读长全基因组测序在47个正常组织和168个样本中鉴定出普遍存在的嵌合结构变异,中位影响285.2 kb/基因组。近半数断点被独立验证,且8.3%的变异与功能元件重叠。研究还开发了仅用短读长测序检测重复元件改变的方法,并在15种癌症类型中分析了肿瘤特异性重复变异,发现其规模与正常组织嵌合变异相似。追踪cfDNA中的重复变化为肿瘤监测提供了无创方法。
推荐理由:研究将正常组织中的重复元件结构变异与肿瘤样本进行比较,为利用液体活检进行肿瘤监测提供了方法学参考。
研究者开发了一个多类型分支过程模型,分析两种驱动突变不同获得顺序如何影响肿瘤克隆结构。模型显示驱动基因对异质性的影响取决于其获得时机:早期获得的强驱动基因增加中间谱系和恶性创始克隆供应,而晚期获得的同一驱动基因则强化早期 founded 克隆的生长优势。在加性适应度效应下,选择优势与克隆浓度可呈现非单调关系。
研究发现 cyclin B3-CDK1/2 复合物在有丝分裂细胞中表达,对染色体正确排列和着丝粒-微管相互作用的稳定性至关重要。cyclin B3 耗竭会破坏大多数癌细胞系的有丝分裂进程,包括结直肠癌、骨肉瘤和乳腺癌模型,而非转化细胞基本不受影响。
推荐理由:研究发现 cyclin B3-CDK1/2 复合物在多种癌细胞中驱动有丝分裂进程,而正常细胞不受影响,提示了潜在的治疗靶点。
研究利用292名供体的单倍型分辨长读长基因组组装,解析了HERV-K(HML-2)内源性逆转录病毒原病毒的结构变异和编码能力。发现多个先前认为固定的位点实际存在结构多态性,包括13个位点存在串联阵列(最多含6个原病毒拷贝),并在8q11.23发现一个新全长原病毒。标准参考基因组未能代表许多个体中保留的编码能力,短读长基因分型在病毒阅读框相关位点有32.5%的供体-变异对无法解析。
推荐理由:通过长读长测序揭示了标准参考基因组未能充分代表的人类内源性逆转录病毒结构多态性,为相关疾病研究提供了更精确的遗传背景。
研究开发了scMASTER方法整合单细胞转录组、突变、空间转录组和匹配肿瘤血浆DNA测序,在10例非转移性HR+/HER2-乳腺癌患者中发现8种恶性上皮状态具有不同的ctDNA释放潜力。
研究在21例人髓母细胞瘤样本中鉴定出2298个非经典HLA I类结合肽,其中598个为癌症限制性ncHLAp(CR ncHLAp)。这些CR ncHLAp主要来源于非经典翻译来源,70%可结合患者匹配的HLA等位基因,87%具有免疫原性潜力,可能成为髓母细胞瘤T细胞免疫治疗的候选靶点。
推荐理由:研究通过整合免疫肽组和转录组数据,在髓母细胞瘤中识别出598个癌症限制性非经典HLA I类配体,为T细胞免疫治疗提供了新靶点。
研究发现棕榈酸激活的内质网应激传感器 IRE1 通过 XBP1 信号通路在三阴性乳腺癌细胞中限制基因毒性应激引起的 DNA 损伤。IRE1 缺失或抑制其 RNase 活性会增加依托泊苷相关的 DNA 损伤,而 IRE1 重新表达则减少损伤。H2A.X 及其相关 DNA 损伤应答转录本 HUWE1 和 BRCA2 在联合应激条件下与 IRE1 相关联。