多组学与空间转录组解析头颈腺样囊性癌预后相关肿瘤状态
研究整合25例头颈腺样囊性癌（HNACC）的bulk、单细胞与空间转录组数据，发现预后差的病例表现为肌上皮细胞显著丢失与管腔样肿瘤状态扩张。侵袭性肿瘤汇聚于MYC/E2F驱动的活跃分裂管腔状态，定位于离散的空间微环境。据此构建的4基因分类器在独立队列中预测生存优于更大规模基因签名，并在另两个队列中识别出侵袭性亚组。
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今日 0 条bioRxiv Cancer Biology评分4949 bioRxiv Cancer Biology评分5353 色氨酸代谢异常驱动肿瘤恶病质行为异常，但不影响肌肉消耗
在小鼠胰腺癌恶病质模型中，研究者发现色氨酸向犬尿氨酸转化加速并伴随血清素耗竭，进而驱动进食、运动与抑郁样行为异常。恢复血清素活性或阻断犬尿氨酸-AhR通路可改善这些行为，但肌肉消耗、肿瘤负荷与生存不受影响。DOI: 10.64898/2026.10.08.757616
bioRxiv Genomics评分5151 射血分数保留型心衰患者骨骼肌单核多组学揭示可逆分子特征
对 70 名 HFpEF 患者与 25 名健康对照的 140 份骨骼肌活检进行 snRNA-seq 与 snATAC-seq 联合分析，共获取 132,568 个细胞核并分辨出 15 种细胞类型。
bioRxiv Cancer Biology评分5151 Pdk1 依赖的代谢异质性通过细胞内在干扰素信号驱动侵袭性结直肠癌进展
这篇 bioRxiv 预印本发现 Pdk1 表达定义了结直肠癌中代谢不同的肿瘤细胞群，Pdk1 高表达细胞驱动原位模型中的肿瘤进展、5-氟尿嘧啶耐药和复发。机制上，这类细胞呈上皮间质转化与干细胞样表型，伴随干扰素信号增强；线粒体重塑使线粒体 DNA 释放到胞质并激活干扰素通路，抑制该通路可削弱其侵袭性特征。
bioRxiv Cancer Biology评分3939 胶质母细胞瘤免疫表达程序的区域可重复性及对单点活检评估的意义
基于19例胶质母细胞瘤患者75份MRI定位活检的公开数据二次分析，评估了14个免疫转录组模块在肿瘤不同区域间的可重复性。白细胞校正后，仅IFN模块（调整后ICC 0.70）和经纯度校正后的MHC-I（0.62）点估计超过0.5，IFN在86%的患者自举重抽样中排名第一。数据支持采用多区域采样结合CD8、IFN、MHC-I及免疫检查点读出来评估GBM免疫微环境。
bioRxiv Cancer Biology评分5252 肿瘤-基质信号驱动胰腺导管腺癌相关成纤维细胞中可逆的神经样程序
一项 bioRxiv 预印本在胰腺导管腺癌（PDAC）癌相关成纤维细胞（CAFs）中鉴定出由 EGF 和 FGF2 驱动、可被生长因子撤除逆转的 NES+SOX4+NOTCH1+ 神经样程序。
AI × 生物医药评分4646 Zatom-2：基于原子级数据多任务预训练的跨领域生成模型
Zatom-2 是一个原子级生成模型，基于 OMol25 和 OMat24 电子结构数据集约 500 万个结构预训练，采用多尺度 Transformer 架构结合条件流匹配，支持力条件化以及生成、结构预测、能量与力预测等任务。
AI × 生物医药评分4242 VenusRX-Bench 与 VenusRX：面向酶促反应空间的统一基准与预训练模型
VenusRX-Bench 与 VenusRX 共同构成酶促反应建模的统一框架：基准涵盖正向反应预测、单步逆合成与 EC 号预测，VenusRX 基于 T5 架构、经模板扩展与真实生化反应两阶段训练。基准测试显示现有化学模型在酶促任务上存在显著领域差距，VenusRX 在多数任务上达到最优或具竞争力表现。引入 EC 信息可同时提升反应预测与 EC 预测准确率，揭示反应结构与催化功能之间的双向关系。
AI × 生物医药评分3636 MAST：结合基序增强扩散与搜索树的光谱分子结构解析框架
研究人员提出MAST框架，一种结合基序增强扩散与搜索树的方法，用于2D-3D光谱分子结构解析。该方法在去噪过程中引入可解释的基序先验作为中间证据，并以奖励引导的树搜索替代完整采样推理以提升效率。在QM9S多光谱基准上，MAST实现94.89%精确恢复率并改善三维结构保真度，同时保持高化学有效性与稳定性。
AI × 生物医药评分3737 BraVista：多模态大语言模型可学会读取脑信号，实现统一多任务 EEG 解码
BraVista 视觉-语言框架将多通道 EEG 编码为结构化图像并输入通用域 VLM，在睡眠分期、情绪识别、认知负荷分类和异常 EEG 检测四个任务上表现良好。该方法无需大规模 EEG 专用预训练，EEG 到图像的表示方式对性能至关重要。受控扰动实验显示，模型随噪声增加而性能逐步下降，提示其依赖的是 EEG 相关信号而非表面视觉模式。
bioRxiv Cancer Biology评分4141 随机基因表达数学建模量化含ecDNA癌细胞群体的mRNA异质性
研究者利用随机基因转录数学模型，模拟含染色体外ecDNA癌细胞中mRNA的生成与降解，以解释基因拷贝数异质性之外的mRNA异质性来源。模型可复现实测mRNA分布，从单细胞ecDNA与mRNA计数估计的转录参数在不同细胞系与扩增类型间高度相似。该框架还可预测基因毒治疗下存活细胞的mRNA组成，为理解ecDNA相关肿瘤的耐药机制提供建模工具。
bioRxiv Cancer Biology评分2929 PIK-75 抑制 PIK3CA 突变小细胞肺癌细胞中 SREBP 核心的固醇合成程序，但归因于 p110α 仍不明确
PIK-75 在 PIK3CA 突变的小细胞肺癌 NCI-H69 细胞中下调 SREBP 核心的固醇合成基因（SQLE、HMGCS1 等），而 p110β 抑制剂 TGX-221 无此效应；但该效应不能单独归因于 p110α 抑制。
bioRxiv Cancer Biology评分5050 EBV在鼻咽癌中利用ADAR1逃避PKR介导的整合应激反应
EBV在鼻咽癌中依赖ADAR1逃避PKR介导的整合应激反应，抑制ADAR1可在不产生病毒颗粒的情况下诱导癌细胞死亡。机制上，ADAR1将dsRNA中的腺苷转化为肌苷以阻止PKR磷酸化eIF2α，缺失ADAR1会形成应激颗粒；EBV的潜伏感染与裂解再激活均需要ADAR1。结果支持以ADAR1抑制作为鼻咽癌EBV裂解诱导治疗、避免病毒扩散的策略。
bioRxiv Cancer Biology评分3333 人工智能应用于白血病表观基因组数据：诊断、预后与监测模型的系统综述
该系统综述纳入 2010–2026 年间 30 项研究，评估 AI 模型在白血病表观基因组数据中的诊断、预后与监测表现。诊断分类器准确率/F1 0.87–1.00，两款纳米孔测序模型可在约 2 小时内给出急性白血病亚型判定；预后评分与生存相关（HR 2.36–10.82），但外部验证判别力下降（C-index 0.677→0.529）。
medRxiv Oncology评分3434 非筛查场景下超声引导细针穿刺诊断甲状腺微小乳头状癌：诊断误差及改进策略
对180例甲状腺微小乳头状癌（PTMC）与191例良性对照的回顾性分析显示，5 mm为FNA最佳诊断界值（AUC 0.80），<5 mm肿瘤FNA灵敏度仅14.1%，≥5 mm升至61.2%，特异度94.8%。
bioRxiv Cancer Biology评分4343 神经母细胞瘤空间限定免疫微区内 CD163+ 巨噬细胞与 CD8+ T 细胞的抑制性 Nectin-2/TIGIT 相互作用与不良预后相关
研究对28例神经母细胞瘤样本进行成像质谱流式（n=14）与光谱流式（n=18）分析，鉴定CD163+巨噬细胞与T细胞间以TIGIT/PVR/Nectin-2轴为主导的抑制性相互作用。
bioRxiv Cancer Biology评分4040 SWI/SNF染色质重塑复合体、mRNA剪接与mRNA甲基化协同改变构成唾液腺腺样囊性癌的标志性特征
唾液腺腺样囊性癌（SACC）空间转录组学分析揭示SWI/SNF染色质重塑复合体、剪接相关NineTeen Complex（NTC）与m6A甲基化复合体三者直接互作。
bioRxiv Genomics评分3737 性別与祖源对胰腺导管腺癌（PDAC）分子特征图谱的影响
整合 7,527 例胰腺导管腺癌样本的研究显示，非洲祖源者肿瘤 SNV 负荷高于欧洲祖源，亚洲祖源者则更低；GNAS 驱动突变在亚洲祖源中更常见，在非洲祖源中较少。KRAS 突变频率未发现性別或祖源相关差异，但部分 KRAS 变体呈现祖源相关趋势。结果提示祖源参与塑造 PDAC 基因组异质性，强调在分子分析中纳入多样化祖源。
medRxiv Oncology评分5353 利用超深度测序在血液和尿液样本中无创检测马兜铃酸诱变暴露
在12例尿路尿路上皮癌患者队列中，研究者用 duplex sequencing 在血液和尿液中检出马兜铃酸（AA）暴露的 SBS22a 突变印记，而该信号在 AA 阴性肿瘤患者中缺失。单细胞全基因组测序将 SBS22a 定位到适应性淋巴细胞，提示其可作为系统性突变历史储库，为非侵入式致癌物暴露监测和风险分层提供概念验证框架。
bioRxiv Genomics评分4343 以基因为中心的拷贝数变异分析揭示肿瘤抑制基因对癌症风险的调控及与常见疾病的新关联
该研究采用以基因为中心的拷贝数变异（CNV）分析方法，在全基因组范围内识别出34个与癌症发病率相关的基因缺失位点，其中13q14区段缺失将已知体细胞关联拓展至胚系层面。肿瘤抑制基因的全基因缺失及全基因缺失总数（即使排除已知癌基因）均与整体癌症风险升高显著相关，并发现CNV与哮喘、心肌梗死等常见疾病的新关联。
bioRxiv Genomics评分4747 HP1α是染色质堆积结构域的关键稳定因子
HP1α是维持50–200 nm染色质堆积结构域的关键交联因子。短期降解HP1α后，致密堆积结构域的异染色质核心被破坏，基因整体表达下调；缺氧条件下HP1α缺失细胞的转录应激响应也明显减弱。HP1α交联是结构域成熟所必需，其缺失扰乱结构域几何并抑制有效转录重编程。
bioRxiv Genomics评分4545 肌萎缩侧索硬化中的性别依赖性 DNA 甲基化研究
基于 Project MinE 与澳大利亚独立队列共 8,946 人（5,129 男、3,817 女）的血液全表观基因组 meta 分析显示，性别分层 ALS 病例对照分析无全基因组显著差异，但 ALS 与性别交互检验识别出 7 个性别依赖性差异甲基化位点，最强信号位于 KCNQ1（P=3.1×10⁻⁹），其中 6 个在敏感性分析中保持显著。
AI × 生物医药评分5252 CircuitATLAS：面向电路病靶点发现的系统神经科学知识图谱与代理推理框架
CircuitATLAS 提出含 383 万节点、766 万条边的系统神经科学知识图谱，通过代理推理从疾病表型回溯到分子干预点。框架刻意排除直接疾病-基因边以减少捷径推理，以 ATP1A3 在小鼠皮层兴奋性中的体内实验完成验证，并进入基于结构的先导小分子筛选。图谱整合 Human Cell Atlas 等结构化数据与多模态体内测量，由 531 万条 LLM 抽取的关系构成。
AI × 生物医药评分5353 AlphaFold 3 中 MSA 作为通向折叠结构捷径的因果机制
arXiv 预印本通过因果干预与逐层探针拆解 AlphaFold 3 内部表示，发现 MSA 实际向模型传递的是可跨蛋白转移的折叠描述，而非查询序列自身的进化史。
medRxiv Oncology评分3636 既往免疫检查点抑制剂暴露、治疗间隔与 sotorasib 治疗 KRAS G12C 突变非小细胞肺癌的重度肝毒性：一项系统综述与荟萃分析
系统综述与荟萃分析显示，既往 ICI 暴露与 sotorasib 治疗 KRAS G12C 突变非小细胞肺癌的重度肝毒性风险升高相关（13.2% vs 4.4%，RR 3.00，95% CI 1.76–5.10），但匹配分析在 6 周（RR 1.11）和 12 周（RR 1.08）间隔时未检出差异。
medRxiv Oncology评分2424 加纳三级转诊医院宫颈癌治疗期女性社会网络与社会支持的质性描述性研究
加纳Korle-Bu教学医院对8名宫颈癌治疗期女性的质性访谈发现，社会网络会逐渐收窄至单一家属（多为女儿或兄弟姐妹），社会支持已成为获取并维持治疗的前提，而非单纯的情感慰藉。患者在预期污名下选择性披露病情，且普遍不愿直接求助，转而依赖间接策略并对所获支持表达感激。研究建议将正式支持嵌入而非取代现有非正式网络，以改善此类资源有限地区的宫颈癌诊疗连续性。
bioRxiv Cancer Biology评分4545 单细胞RNA测序揭示克隆人癌细胞中SLFN11的动态表达
利用免疫荧光显微镜和单细胞RNA测序，研究人员在八种人癌细胞系中发现SLFN11在蛋白与RNA水平均存在细胞间异质性表达。基因集富集与通路分析显示，SLFN11与应激反应状态和基因组维持程序共表达，与蛋白翻译通路呈负相关。人小细胞肺癌肿瘤公开单细胞数据进一步验证了SLFN11表达的异质性及其与复制相关转录程序的关联，提示传统bulk检测的局限及内在化疗耐药的潜在储备库。
bioRxiv Cancer Biology评分4040 quisinostat与AZD1390联合放疗在胶质母细胞瘤临床前模型中的协同放射增敏研究
体外实验中，HDAC抑制剂quisinostat（QST）与ATM抑制剂AZD1390联合放疗对患者来源的胶质瘤干细胞产生协同放射增敏效应。机制上，QST通过表观遗传方式抑制同源重组（HR）通路基因转录，AZD1390阻断ATM信号，两药通过互补机制增强放射敏感性。但在原位GBM生存研究中，QST+IR较单用IR显著延长生存，加入AZD1390未带来额外获益。
bioRxiv Cancer Biology评分2626 神经元可塑性基因CRTC1关联Group 3 β髓母细胞瘤生存、线粒体程序与肿瘤微环境特征
CRTC1高表达在Group 3 β髓母细胞瘤中与更长总生存期显著相关，经12个分子亚型多重校正后仍成立。在该亚型中CRTC1与线粒体氧化磷酸化等生物能量过程呈负相关，并关联特定肿瘤微环境转录特征。公共转录组分析显示，髓母细胞瘤CRTC1中位表达在儿童脑肿瘤中最高、Group 4最高。
bioRxiv Cancer Biology评分4848 RORγ反向激动重塑肿瘤条件性应急髓系生成并抑制已建立肿瘤进展
RORγ反向激动在小鼠同系肿瘤模型中重塑骨髓、肿瘤与肺的髓系免疫组织，并增强与PD-L1阻断联用的长期肿瘤控制。胃食管腺癌（GEA）患者中循环RORγ+中性粒细胞与升高的中性粒细胞/淋巴细胞比值（cNLR）及肿瘤内RORγ+髓系细胞空间组织相关；该干预对转移定植的效果取决于肿瘤条件与给药时机。
bioRxiv Cancer Biology评分3030 单细胞测序在儿童急性白血病中的生物学发现与转化潜力：系统综述
儿童急性白血病系统综述纳入2016—2026年发表的10项单细胞测序研究（最多约70万个细胞），发现单细胞测序可揭示bulk测序遗漏的NOTCH1→PTEN/TP53克隆演化路径与耐药静止细胞群。骨髓免疫微环境重塑可对MRD-low患者进行预后分层，CAR-T细胞2型功能与移植后细胞毒性记忆CD8+ T细胞亚群被关联到持久缓解；7项偏倚评估中3项为重度偏倚，证据仍属初步。
bioRxiv Cancer Biology评分5454 LPCAT3 介导的脂质酰基链重塑通过调控膜组分控制 KRAS 纳米簇形成与致癌功能
研究人员在 bioRxiv 报告，LPCAT3 通过将多不饱和脂肪酸掺入磷脂来调控质膜酰基链组成；LPCAT3 缺失会耗竭多不饱和磷脂酰丝氨酸（PS）种类、破坏 KRAS 在质膜的纳米簇形成，并削弱下游 MAPK 信号及多种 KRAS 突变背景下的致癌活性。
bioRxiv Cancer Biology评分4040 区分同基因背景非肿瘤与肿瘤细胞中的Crabtree效应与Warburg效应
增殖性恶性细胞以OxPhos不足为主要生物能量学特征；小鼠巨噬细胞中Crabtree效应表现为葡萄糖与时间依赖性的OxPhos抑制，VM-M3神经胶质瘤与CT-2A星形细胞瘤中Warburg效应则表现为持续性SLP依赖与线粒体抑制剂耐受。肿瘤细胞在营养应激下代谢灵活性低于正常增殖细胞，OxPhos可维持非肿瘤细胞受控增殖而无Warburg效应。
bioRxiv Cancer Biology评分5353 不同进展路径是胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤多样性的基础
该研究对135例IPMN患者的433个肿瘤区域进行显微切割，结合转录组、深度学习组织学与KRAS/GNAS变异分析，发现IPMN按表型而非异型增生等级分化。胃型IPMN低级别保留正常腺体极性、高级别与胰胆型在形态和驱动突变上不可区分；肠型IPMN存在GNAS和KRAS两条进展路径；据此在94例切除病灶的黏液抽吸物中实现表型特异的高级别异型增生预测。
bioRxiv Cancer Biology评分5151 Adenosylhomocysteinase 驱动 ZFTA-RELA 室管膜瘤的表观遗传与代谢重编程
bioRxiv 预印本显示，ZFTA-RELA 阳性幕上室管膜瘤上调 AHCY、提升甲基化潜力，并以 H3K4me3 依赖方式促进 CAD 表达驱动嘧啶从头合成，同时经 H3K27me3 抑制 ASNS，使肿瘤依赖胞外天冬酰胺。
bioRxiv Cancer Biology评分4747 BCAS2通过弱5'剪接位点依赖性剪接调控促进胰腺导管腺癌进展
BCAS2/SPF27作为剪接体NTC组分在胰腺导管腺癌（PDAC）中高表达并与患者不良预后相关，可特异性促进弱5'剪接位点可变外显子的包含。研究发现BCAS2通过促进SOS1外显子21的包含激活RAC信号通路，靶向该外显子的剪接转换反义寡核苷酸（ASO）可抑制PDAC增殖和迁移，提示BCAS2/SOS1/RAC轴是胰腺癌的潜在治疗脆弱性。
bioRxiv Cancer Biology评分4242 雄激素来源转录状态揭示癌症中的信号通路与线粒体脆弱性
从小鼠肾上腺细胞双氢睾酮刺激中分离出雄激素抑制转录状态（ASTS），投射至人类肿瘤细胞系后发现，ASTS 较高的肿瘤对 EGFR 靶向药物耐药、EGFR 依赖降低，同时对线粒体翻译和呼吸链电子传递通路依赖增强。该关联不局限于单一癌种，校正致癌驱动突变与细胞状态变量后仍显著。
AI × 生物医药评分3838 EGO：用于离散设计任务的进化式一步生成器
EGO（Evolutionary Generators with One-step inference）是一种针对离散设计任务提出的紧凑生成框架，通过分布匹配与结构约束训练，单次神经网络评估即可输出完整图。
AI × 生物医药评分4545 RouteFlow：通过合成路线潜空间导航实现可合成分子设计
RouteFlow 将可合成性分子设计重构为在连续合成路线潜空间中的搜索，每个潜变量对应一条完整合成路线，以 reward-guided flow matching 作为高效采样器导向高属性区域，并引入 cycle-consistency 机制在微调中保持潜变量位于真实合成路线流形上以确保解码可靠。
AI × 生物医药评分3838 Atom-JEPA：面向三维原子体系的联合嵌入预测架构
Atom-JEPA 是一个面向三维原子体系的自监督预训练框架，通过原子级与子结构级互补目标从无标注 3D 结构中学习潜空间表示。该框架在分子 ADMET 与量子化学性质预测任务上达到最先进水平，并在晶体材料物理性质预测中表现强劲，代码与预训练权重已开源。