血清甲状腺激素代谢物检测用于甲状腺结节分子诊断评估
一项针对 1663 名甲状腺结节患者的队列研究开发了一种基于血清甲状腺激素代谢物（THMs）的分子血液检测方法。在模型验证中，该检测区分分化型甲状腺癌（DTC）与良性结节的特异性为 99.5%，敏感性为 92.3%，诊断准确率为 95.9%。
推荐理由：该研究在不确定的 Bethesda III-IV 类结节中实现了 100% 的阳性预测值和 93.5% 的敏感性，可能减少不必要的诊断性手术。
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第 21–40 条 · 共 67 条medRxiv Oncology精选评分5454 bioRxiv Cancer Biology精选评分5454 转录网络揭示小细胞肺癌的肿瘤可塑性
研究利用单细胞多组学解析小细胞肺癌的细胞状态，发现一个中间状态是神经内分泌向非神经内分泌谱系转换的必经之路。通过构建布尔贝叶斯模型 BoBa-T，鉴定出 RORB 是神经内分泌状态的守门因子，其失活可驱动细胞进入中间状态并上调免疫相关程序，在免疫健全宿主中抑制肿瘤生长。
推荐理由：研究通过单细胞多组学构建了布尔贝叶斯模型来预测转录因子网络，为理解小细胞肺癌的可塑性提供了可迁移的分析方法。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6464 m6A驱动的瘤内胆固醇生物合成促进去势抵抗性前列腺癌进展
研究发现METTL3与核孔蛋白NUP93相互作用，介导m6A修饰mRNA的核输出，功能耦联胆固醇生物合成，从而促进去势抵抗性前列腺癌进展。过表达野生型METTL3或NUP93可提高细胞内雄激素水平并激活AR信号，而METTL3的药理学抑制或靶向去甲基化可抑制CRPC恶性表型。
推荐理由：研究通过功能丧失和功能获得实验验证了METTL3-NUP93轴的具体作用，并展示了药理学抑制的潜在治疗前景。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6767 破坏含ARID1A的SWI/SNF复合物可重编程肿瘤相关巨噬细胞并增强免疫治疗反应
研究发现药理学抑制SWI/SNF ATPase活性或髓系细胞特异性敲除Arid1a可抑制肿瘤生长并增强检查点阻断疗效。单细胞分析显示SWI/SNF抑制降低了TAMs中与不良预后相关基因（如Spp1）增强子的可及性，增加了干扰素刺激基因启动子的可及性。增强的免疫治疗反应依赖于ARID1A缺陷TAMs上CD86的表达和CD8+ T细胞。
推荐理由：研究通过药理学抑制和基因敲除两种方法验证了靶向巨噬细胞染色质重塑可增强免疫检查点阻断疗效，并揭示了CD86共刺激的关键作用。
bioRxiv Genomics精选评分5454 正常组织和肿瘤发生中重复元件的结构变异广泛存在
研究通过长短读长全基因组测序在47个正常组织和168个样本中鉴定出普遍存在的嵌合结构变异，中位影响285.2 kb/基因组。近半数断点被独立验证，且8.3%的变异与功能元件重叠。研究还开发了仅用短读长测序检测重复元件改变的方法，并在15种癌症类型中分析了肿瘤特异性重复变异，发现其规模与正常组织嵌合变异相似。追踪cfDNA中的重复变化为肿瘤监测提供了无创方法。
推荐理由：研究将正常组织中的重复元件结构变异与肿瘤样本进行比较，为利用液体活检进行肿瘤监测提供了方法学参考。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6262 减数分裂 B 型 cyclin 选择性驱动癌细胞的有丝分裂进程和保真度
研究发现 cyclin B3-CDK1/2 复合物在有丝分裂细胞中表达，对染色体正确排列和着丝粒-微管相互作用的稳定性至关重要。cyclin B3 耗竭会破坏大多数癌细胞系的有丝分裂进程，包括结直肠癌、骨肉瘤和乳腺癌模型，而非转化细胞基本不受影响。
推荐理由：研究发现 cyclin B3-CDK1/2 复合物在多种癌细胞中驱动有丝分裂进程，而正常细胞不受影响，提示了潜在的治疗靶点。
bioRxiv Genomics精选评分6262 人类泛基因组中HERV-K(HML-2)的结构多态性与群体可变编码能力
研究利用292名供体的单倍型分辨长读长基因组组装，解析了HERV-K(HML-2)内源性逆转录病毒原病毒的结构变异和编码能力。发现多个先前认为固定的位点实际存在结构多态性，包括13个位点存在串联阵列（最多含6个原病毒拷贝），并在8q11.23发现一个新全长原病毒。标准参考基因组未能代表许多个体中保留的编码能力，短读长基因分型在病毒阅读框相关位点有32.5%的供体-变异对无法解析。
推荐理由：通过长读长测序揭示了标准参考基因组未能充分代表的人类内源性逆转录病毒结构多态性，为相关疾病研究提供了更精确的遗传背景。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5656 单细胞多组学空间分析揭示管腔型乳腺癌ctDNA释放异质性
研究开发了scMASTER方法整合单细胞转录组、突变、空间转录组和匹配肿瘤血浆DNA测序，在10例非转移性HR+/HER2-乳腺癌患者中发现8种恶性上皮状态具有不同的ctDNA释放潜力。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5454 整合免疫肽组与转录组揭示髓母细胞瘤中癌症限制性非经典HLA I类配体组
研究在21例人髓母细胞瘤样本中鉴定出2298个非经典HLA I类结合肽，其中598个为癌症限制性ncHLAp（CR ncHLAp）。这些CR ncHLAp主要来源于非经典翻译来源，70%可结合患者匹配的HLA等位基因，87%具有免疫原性潜力，可能成为髓母细胞瘤T细胞免疫治疗的候选靶点。
推荐理由：研究通过整合免疫肽组和转录组数据，在髓母细胞瘤中识别出598个癌症限制性非经典HLA I类配体，为T细胞免疫治疗提供了新靶点。
bioRxiv Genomics精选评分5757 BOB-seq v0.1：使用生物正交条形码进行RNA异构体分辨的多重测序
研究人员开发了BOB-seq v0.1方法，通过酰化和点击化学将生物正交条形码直接连接到细胞RNA的多个内部位置。在物种混合实验中，逆转录酶从RNA模板切换到其连接的条形码准确率超过99%。该方法无需文库片段化步骤，可通过poly(dT)或随机六聚体引物选择3'末端计数或全长异构体捕获。药物筛选实验显示该方法能识别全转录组范围内的靶向和非靶向RNA剪接效应。
推荐理由：该方法通过生物正交条形码直接标记RNA内部多位点，在物种混合实验中实现了超过99%的模板转换准确率。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6262 BLTP3A功能失调通过STING释放溶酶体应激诱导的抗肿瘤免疫
研究发现BLTP3A是卵巢癌中溶酶体应激的解决因子，其功能缺失或M1098T变异会增强溶酶体损伤，从而持续激活STING通路并促进IFN-λ产生，重塑抗肿瘤免疫微环境。携带M1098T变异的患者总生存期更长，肿瘤中细胞毒性T细胞-髓系细胞区域富集。机制上，BLTP3A功能障碍破坏了CASM相关的溶酶体应激解决，导致STING信号持续而不增加cGAMP。
推荐理由：研究揭示了BLTP3A功能缺失通过STING通路增强抗肿瘤免疫的机制，为卵巢癌治疗提供了潜在靶点。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6969 碱基编辑器扫描绘制MAPK信号通路的化学-遗传相互作用图谱
研究应用碱基编辑器扫描22个MAPK通路基因，构建了信号通路的化学-遗传相互作用图谱。分析发现耐药突变常出现在非直接药物靶点的蛋白中，并识别出KRAS N端的一个变构位点。研究还发现催化功能受损的CRAF突变体对结构相似的MEK抑制剂产生双向耐药和增敏作用。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6161 靶向抑制性中性粒细胞的染色质脆弱性可恢复抗肿瘤免疫
研究发现肿瘤诱导的抑制性中性粒细胞依赖mSWI/SNF染色质重塑维持其病理状态。两种口服mSWI/SNF ATP酶拮抗剂（降解剂和催化抑制剂）在PD-1阻断耐药的同系肿瘤模型中实现免疫依赖性肿瘤控制，并增强检查点疗法疗效。
推荐理由：研究揭示了抑制性中性粒细胞依赖的染色质可塑性靶点，并展示了两种口服小分子在PD-1耐药模型中的协同潜力。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5858 空间转录组学揭示导管原位癌微环境与侵袭性乳腺癌复发的关联
研究对49例原发性导管原位癌标本进行空间转录组学分析，发现肿瘤近端区域TREM2+巨噬细胞和肌成纤维样癌相关成纤维细胞富集，且TREM2+巨噬细胞丰度与后续侵袭性乳腺癌复发相关。配体-受体对分析识别出GRN-SORT1、SPP1-CD44和LGALS9-CD44等潜在的空间信号交互，并通过多重免疫染色在蛋白水平验证了这些发现。
推荐理由：研究通过空间转录组学揭示了导管原位癌中TREM2+巨噬细胞与侵袭性复发风险的关联，为开发预后标志物提供了线索。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6060 LENTRA平台通过系统性肿瘤细胞重编程将实体瘤转化为原位免疫治疗生物工厂
LENTRA是一种抗原靶向慢病毒平台，可在体内选择性转导并遗传修饰肿瘤细胞，使其在肿瘤局部产生免疫检查点抑制剂、细胞因子或治疗性酶。在多种小鼠实体瘤模型中，局部产生抗CTLA-4或IL-12引发了强效抗肿瘤反应并避免了全身毒性。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6161 谷氨酰胺与GLS1是限制头颈鳞癌T细胞浸润和功能的关键代谢检查点
一项前瞻性研究发现头颈鳞癌（HNSCC）中肿瘤代谢重编程导致谷氨酰胺剥夺和谷氨酰胺酶-1（GLS1）高表达，这限制了T细胞向肿瘤的迁移并削弱其功能。药理学抑制或基因敲除GLS1可增强肿瘤对免疫细胞介导的细胞毒性和免疫检查点抑制剂的敏感性，其机制涉及破坏谷胱甘肽依赖的ROS防御、抑制肿瘤增殖和增加MHC表达。
bioRxiv Genomics精选评分4242 整合Nanopore与Illumina测序揭示酵母中与年龄相关的tRNA修饰及CCA尾动态
一项结合Nanopore直接RNA测序（RNA004化学）和Illumina测序的研究，在酿酒酵母复制性衰老过程中以单分子分辨率揭示了tRNA组的动态变化。研究发现，尽管tRNA总体丰度基本稳定，但存在与年龄相关的成熟tRNA 3‘端CCA尾末端A碱基切割、T环和反密码子区修饰改变，以及单分子水平上的修饰共现证据。该数据集为探索tRNA调控、翻译保真度与长寿机制提供了资源。
bioRxiv Genomics精选评分5454 靶向CRISPRi筛选揭示胶质母细胞瘤对RNA聚合酶III转录组扰动具有耐受性
研究者开发了可诱导的CRISPR干扰平台和定制sgRNA文库，用于特异性靶向RNA聚合酶III（Pol III）转录的基因及其核心组件。全基因组筛选在二倍体成纤维细胞和HEK293T细胞中发现了多个Pol III依赖性，但胶质母细胞瘤模型对单个Pol III基因和核心组件的抑制均表现出不敏感，尽管靶点抑制有效。
推荐理由：研究通过CRISPRi筛选发现胶质母细胞瘤对RNA聚合酶III转录组的扰动具有耐受性，为理解该癌症类型的代谢可塑性提供了线索。
bioRxiv Genomics精选评分6262 21种成人组织的单核多组学基因调控图谱
研究构建了一个包含21种成人组织、459,856个单核转录组和染色质可及性图谱，识别了超过100万个候选顺式调控元件及其与基因的关联。图谱揭示了细胞身份主导、组织环境微调的调控模式，并基于此训练了序列功能模型来预测548,656个精细定位变体的染色质可及性效应。
推荐理由：该图谱整合了21种成人组织的多组学数据，为解析非编码遗传风险提供了细胞类型特异性的调控框架。
bioRxiv Genomics精选评分5454 ChIP-seq 与 CUT&Tag 组蛋白标记谱差异由 GC 含量和染色质可及性解释
预印本研究系统比较 ChIP-seq 和 CUT&Tag 在 K562 和 MCF-7 细胞系中多种组蛋白标记的检测差异。分析表明 CUT&Tag 在低 GC 区域灵敏度有限，而在高可及性染色质中信号增强；在活性基因体和 Polycomb 抑制域中分别丢失 H3K36me3 和 H3K27me3 信号。启动子区域差异与 GC 含量和染色质可及性系统相关。