新技术、工具、数据集与图谱，以及会让既有数据打折的方法学发现。
研究团队开发了 scSTAMP-seq 方法，利用光不稳定寡核苷酸和数字微镜器件产生的拓扑光梯度，在单细胞水平上实现 mRNA、DNA 可及性和 DNA 甲基化的空间解析。该方法在人类 iPSC 来源的胃泌样体中验证了 CDX2、SOX17 等谱系标记基因的空间表达模式，并分析了染色质调节因子的分布。数据已存入 GEO（GSE237524），代码开源在 GitHub。
推荐理由：该方法通过光控寡核苷酸和拓扑光梯度实现了单细胞水平上转录组和表观基因组的同时空间解析，为研究组织发育和疾病机制提供了新工具。
Anthropic 与霍华德·休斯医学研究所 Janelia 研究园区合作开发的 Model Hardware Standard (MHS) 软件框架，可将具有可编程接口的实验室设备连接成一个无缝系统。该框架允许人工智能代理控制设备并协调实验，使研究团队能在数小时内完成实验设置，显著缩短了从实验构想到运行所需的时间。
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unZipro 是一种几何深度学习框架，可将通用蛋白质设计模型适配于特定蛋白质家族。该框架利用元学习高效探索家族特异性适应度景观，在基因编辑、荧光素酶报告、转录调控和抗病毒等多个领域实现了快速蛋白质进化，且仅需最少的实验筛选。
研究团队基于4377个肉瘤和间叶性肿瘤的甲基化谱开发了新版肉瘤分类器v13.1，涵盖116个肿瘤亚类和93个甲基化类别。在1547例独立验证队列中，73%的病例获得分类器预测，其中91%与原始组织病理学诊断匹配，并为6%组织学不确定病例提供了分子诊断重新分类。
推荐理由：该分类器在四个独立队列中验证了91%的诊断匹配率，并为6%的组织学不确定病例提供了分子诊断。
AlphaFold 蛋白质结构数据库于 9 月 24 日新增了 8,000 多个病毒蛋白二聚体的预测结构，涵盖 23 个能感染人类的病毒家族。此次更新是 AlphaFold 数据库内“大流行防范门户”启动的一部分，旨在弥补病毒蛋白结构数据的空白。研究人员分析了近 2,800 种病毒的蛋白质序列，但仅有约 8,000 个预测结果因准确性达标被纳入数据库。
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研究人员开发了一种血红素蛋白催化的氮丙啶化/扩环级联反应，能够从简单的未活化烯烃直接对映选择性合成具有临床相关性的手性恶唑烷酮。该方法突破了此前氮宾转移反应仅限于苯乙烯等共轭体系的限制，并通过计算分析揭示了定向进化引入的关键突变负责产物的对映选择性形成。这类5-(S)-氨甲基恶唑烷酮是靶向多重耐药和广泛耐药结核分枝杆菌的新一代抗生素的关键骨架。
解读转录本多样性需要超越“已知”与“全新”的简单二分法，转向一个基于技术可信度、背景普遍性、可重复性、分子后果和表型相关性的多维框架。该框架旨在更准确地评估新发现转录本的功能重要性。这一方法有助于减少对非功能性转录产物的过度解读，提升基因组注释的可靠性。
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尿液游离 DNA 甲基化分析可有效区分泰国非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者与健康对照。该试点研究在 5 例高级别 NMIBC 患者和 3 名健康志愿者中，通过 cfMeDIP-seq 鉴定出 82 个差异甲基化区域（调整后 P<0.001），其中 MIR124-3、IRX4 和 LHX1-DT 呈现显著高甲基化。
Zheng 等人开发了用于细胞病理学的通用视觉基础模型 CROWN。该模型在涵盖淋巴结转移和宫颈癌筛查等队列的超过 200 项真实世界细胞学任务上进行了基准测试。CROWN 展示了其在计算细胞病理学领域的广泛应用潜力。
研究在厌氧古菌中发现了天然RNA硫代磷酸酯，这是一种RNA磷酸骨架的立体特异性修饰，将表观转录组的范围扩展到了碱基和核糖修饰之外。Esti酶将这些修饰安装于保守的rRNA和tRNA热点区域，这些对环境敏感的标记能稳定tRNA并在高温下支持细胞生长。
研究验证了大型语言模型作为评审员在临床试验知情同意这一场景下自动化监督患者沟通的能力。在ICON-Bench基准测试中，19个LLM评审员在安全筛查和事实核查方面与临床医生评分高度一致（Spearman ρ > 0.80），但在沟通质量评估上一致性较弱（ρ < 0.60）。患者权益倡导者对沟通质量的评分低于临床医生和LLM评审员，表明需根据以患者为中心的标准对LLM进行重新校准。
Schargel 等人将 TnpB 家族蛋白改造为最小的从头设计 RNA 指导的转座系统。核酸酶缺陷型 TnpB 家族蛋白能以高效率、靶点免疫、方向控制和可编程插入细菌染色体的方式实现三组分 DNA 整合。同时，对野生型 V-K CAST 中 TniQ-TnsC 界面的突变减弱了脱靶转座。
研究团队建立了一种异种皮层移植平台，通过遗传策略清除小鼠新皮层和海马的谷氨酸能神经元，并在新生儿期移植人干细胞来源的皮层类器官。该平台使人类皮层神经元与小鼠神经系统整合，并显示出类似发育回路的组织活动模式，可用于研究神经发育、疾病建模和治疗开发。
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研究人员开发了荧光蛋白磁带（FPTT），一种基于多光谱单体荧光蛋白和自组装蛋白纤维的工具，用于在活细胞和体内进行多重、可扩展、纵向的单细胞生理活动记录。FPTT以3小时分辨率记录了海马神经元中剂量依赖性、可逆的内源性cFos转录历史达8天。
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一种通过修饰细菌孔蛋白MspA构建的多功能纳米孔传感器，实现了对氨基酸、核苷单磷酸、糖类和肽段的同时识别。该传感器结合机器学习，分类准确率达到98.7%，并能对天然糖肽进行组成分析。
研究团队开发了Gen-COMPAS生成式承诺子引导路径采样框架，无需预定义集体变量即可重建分子过渡路径。该方法结合去噪扩散概率模型和承诺子过滤，在纳秒至亚微秒尺度生成过渡态集合，相比传统方法大幅减少计算采样需求。应用于从迷你蛋白到五聚体配体门控离子通道等多个系统，仅从已知端点结构即可恢复承诺子、过渡态和自由能景观。
推荐理由：该方法无需预定义反应坐标即可重建分子过渡路径，为研究蛋白质折叠和膜转运等生物过程提供了计算可行的新途径。
乌头汤（WTD）通过多组分多靶点作用治疗类风湿关节炎（RA），其活性成分苯甲酸、槲皮素、芹菜素和癸酸通过抑制 PI3K/ATK 和 MAPK 通路减轻巨噬细胞炎症反应。研究构建了包含 440 个活性成分与 2638 个靶点的组分-靶点-病理网络，识别出 114 个核心功能组分群。体内实验证实 WTD 可缓解 RA 诱导的关节炎和骨破坏。
研究开发了一种焦棓酚修饰的肠源细胞外基质水凝胶IEM-PG，作为增强类器官移植效果的支架。在结肠溃疡小鼠模型中，使用IEM-PG移植结肠类器官实现了有效的细胞滞留，并恢复了肠道屏障的结构完整性和功能。该水凝胶还适用于结肠组装体的移植和结肠穿孔的治疗。
CIRI3工具实现了对太字节级RNA测序数据中环状RNA的检测与定量。该工具采用动态多线程任务分区和阻断式搜索策略，速度比现有工具快一个数量级，且准确性更高。研究团队利用CIRI3分析了2,535个癌症相关样本中的差异剪接环状RNA，并构建了预训练模型和作为CIRIonco数据库提供的生物标志物网络。
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一项针对999名新诊断胶质母细胞瘤患者的多中心研究表明，基于白质通路受累情况的病变-纤维束密度指数（L-TDI）比传统肿瘤体积能更稳健地预测总生存期。L-TDI在不同阈值和肿瘤区域均显示出与生存期的强关联，其预后价值在调整已知临床变量后依然存在，而肿瘤体积的预后价值则高度依赖于分析设计且主要局限于对比增强区域。这些发现凸显了将胶质母细胞瘤视为全脑疾病进行预后评估的重要性。