晚期胰腺癌跨来源进展评估：基于机会调整的六状态分析
对 AACR Project GENIE BPC PANC v1.0-public 数据集的回顾性分析显示，在晚期胰腺癌患者中，影像学与肿瘤内科医生记录的疾病进展存在显著不一致。
方法与资源
全部主题新技术、工具、数据集与图谱，以及会让既有数据打折的方法学发现。
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第 41–60 条 · 共 79 条medRxiv Oncology精选评分4343 顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分4949 AdaptiveFlow：AI增强的自适应虚拟筛选平台实现大规模配体发现
AdaptiveFlow开源平台实现了对690亿化合物Enamine REAL Space库的超大规模虚拟筛选，整合了1500多种对接协议并支持AI方法开发。该平台通过18维分子属性网格和主动学习优先筛选有前景的化学子空间，在AWS云上实现了近线性扩展至560万CPU。研究团队利用该平台发现了FSP1和PARP1的纳摩尔抑制剂，并通过共晶结构揭示了FSP1抑制机制。
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顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分5757 GASTRIC-PICU 随机临床试验：危重儿童胃残余量评估对机械通气时长和营养达标的影响
GASTRIC-PICU 试验在 23 家英国和 1 家瑞士儿科重症监护室招募 4700 名接受机械通气和肠内喂养的儿童，比较不常规评估胃残余量与每 6 小时常规评估的效果。
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顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分5454 GPN-Star：整合物种树和比对信息的基因组预训练网络提升全基因组功能约束预测
GPN-Star 是一种基于系统发育感知架构的基因组预训练网络，利用全基因组比对和物种树显式建模进化关系。该模型在人类基因组编码和非编码区的多种变异效应预测任务中达到最优性能，能更好优先识别致病性和精细定位的GWAS变异，并提升罕见变异关联检验的效能。研究还展示了该框架在五种模式生物中的可推广性。
推荐理由：该模型整合了物种树和全基因组比对，在编码和非编码区变异效应预测中优于传统进化模型和现有基因组语言模型。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分4747 一种无需提取的血液干燥方案实现寨卡病毒和丙肝病毒RNA高灵敏度检测
研究人员开发了一种无需提取或冷链运输的血液干燥方案，可直接从全血中扩增RNA用于检测。该方案对寨卡病毒的检测灵敏度达到每微升10个拷贝，对丙肝病毒达到每微升1个国际单位，并可通过便携式荧光仪实现即时检测。该平台结合冻干试剂和简易加热设备，为急救或资源有限环境提供了稳定、可重复使用的现场RNA检测方案。
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medRxiv Oncology精选评分4545 匹配的骨髓与外周血分析揭示多发性骨髓瘤中液体活检信号的区室与特征特异性
对74名多发性骨髓瘤患者的372份样本分析表明，外周血浆循环肿瘤DNA（cfDNA）在检测骨髓定义的拷贝数异常和突变方面不劣于骨髓血浆cfDNA，其恢复率分别为77.4%对72.0%和69.2%对65.4%。
medRxiv Oncology精选评分4040 门控 MR 引导前列腺 SBRT 中残留分次内运动对局部剂量强化的剂量学影响
残留分次内运动导致前列腺立体定向体部放疗（SBRT）中肿瘤靶区剂量覆盖出现方向性不对称损失，对强化照射的 GTV 影响最大（中位 V45Gy 偏差 -5.6%）。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分4949 DeepSomatic：一种适用于多种测序技术的精准体细胞小变异发现方法
DeepSomatic 是一种深度学习工具，可在短读长和长读长测序数据中一致地优于现有方法检测体细胞小核苷酸变异和插入缺失。该方法提供全基因组和全外显子组测序模式，适用于肿瘤-正常配对、仅肿瘤和福尔马林固定石蜡包埋样本。研究还公开了包含六对匹配肿瘤-正常细胞系、经 Illumina、PacBio HiFi 和牛津纳米孔技术全基因组测序的 CASTLE 基准数据集。
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文献与产业新闻（bio-brief · Vault）精选评分4747 GUTchetp：使用集成单语和多语言神经机器翻译及酶分类一致性与反应相似性预测肠道微生物生物转化谱
GUTchetp 框架集成单语和多语言神经机器翻译模型预测肠道生物转化产物，其集成模型的 Top-20 BLEU 分数和 MaxFrag 准确率分别达到 66.59% 和 67.19%。
medRxiv Oncology精选评分5858 从单次H&E活检推断肿瘤动力学参数实现虚拟放疗试验
研究团队开发了一种从单次H&E活检推断患者特异性肿瘤增殖和扩散率的计算方法。该方法通过拟合细胞核点模式的分析两点相关函数和功率谱密度，在11个多中心队列中恢复了机制性参数。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分5353 DIAL：一种可编程启动子编辑框架用于精确控制转基因表达
研究人员开发了名为 DIAL 的高度模块化可扩展框架，用于构建可编辑启动子以实现转基因表达的精细可调和可遗传改变。DIAL 通过重组酶介导的间隔序列切除来调节合成锌指转录因子与核心启动子之间的距离，从而产生可调的单峰表达设定点。该框架支持小分子控制的时序表达调控，并可通过慢病毒递送在原代细胞和诱导多能干细胞中实现多个稳定表达水平。
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顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分5656 工程化基因组附着位点实现植物和人类细胞的高效位点特异性整合
研究开发了一种DNA中心策略，通过理性设计嵌合附着位点优化位点特异性重组。高活性att变体在HEK293T细胞中整合效率达51.9%（较野生型提高1.7倍），在水稻原生质体中达35.6%（提高4.4倍）。优化系统在人类细胞中实现CD19 CAR表达框31%和鸟氨酸氨甲酰转移酶表达框25%的靶向整合效率；在水稻中实现5.8 kb除草剂抗性框24%的稳定整合，长读长测序显示插入完整精确且可遗传。
推荐理由：通过理性设计嵌合附着位点，该方法在植物和人类细胞中均显著提高了位点特异性整合效率，为基于重组酶的基因编辑提供了通用策略。
文献与产业新闻（bio-brief · Vault）精选评分2828 使用 UHPLC-MS/MS 和标准加入法对卡瓦（Piper methysticum）提取物进行化学标准化分析
研究采用 UHPLC-MS/MS 结合标准加入法对经植物学认证的卡瓦提取物进行化学标准化分析，发现基质效应对不同活性成分的定量存在显著干扰：脱甲氧基醉人素存在 23.2% 的离子抑制，而 7,8-二氢醉人素和 flavokavain A 分别出现 30.1% 和 43.2% 的信号增强。该方法可有效校正植物基质效应，为卡瓦膳食补充剂的质量控制及安全性研究提供关键分析基础。
Cell精选评分3737 Metax 实现宏基因组精确跨域分类分析
Metax 是一款利用全基因组覆盖度证据的跨域宏基因组分析工具，可提升物种水平微生物分析的准确性并区分真实分类群与人为假象。该工具在多种数据集中实现了稳健的物种分类分析、病原体检测、污染评估以及疾病相关细菌和病毒特征的发现。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分5858 海荨麻水母毒液通过靶向蛋白聚糖引起细胞死亡和疼痛
研究发现海荨麻水母毒液通过靶向宿主蛋白聚糖生物合成通路引起细胞死亡和疼痛。全基因组 CRISPR 筛选显示，外源性肝素可在生理相关剂量下阻断毒液的细胞毒性，并在暴露后 1 小时仍具有治疗效果。体内实验中，肝素可缓解毒液诱导的急性自发痛、热痛觉过敏和机械性异常性疼痛。
推荐理由：研究通过全基因组 CRISPR 筛选确定了毒液作用的关键宿主通路，并验证了临床常用药物肝素的治疗潜力。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分6262 邻近性引导的图学习揭示肿瘤相关邻近抗原
研究团队开发了一种表面蛋白邻近性图谱绘制流程，在12种受体酪氨酸激酶和28个肿瘤细胞系统中生成了248张邻近性图谱。基于此构建的MetaMap分析框架定义了空间蛋白群落，并提出了肿瘤相关邻近抗原（TAPA）的概念。研究验证了EGFR-CDCP1作为TAA-TAPA配对能增强多种治疗方式下的肿瘤细胞杀伤效果。
推荐理由：研究者通过空间邻近性图谱识别出EGFR-CDCP1这对抗原组合，为多特异性药物的设计提供了新的靶点选择依据。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分4949 通过O-to-C骨架编辑从异恶唑合成吡咯
研究实现了异恶唑到吡咯的O-to-C原子替换，可在单锅序列中获得吡咯。N-炔丙基烯胺酮被确定为连接这两种杂环的关键中间体，为合成具有挑战性的吡咯骨架提供了与传统方法正交的逆合成断键策略。研究还开发了一个能够预测控制反应结果的构象特征的计算机模型。
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Cancer Cell精选评分3737 集成学习在计算病理学中的应用
Luo等人开发了一种集成方法，将五个预训练病理学基础模型整合为玻片级表征以利用其互补信息。该方法在肿瘤分型、生物标志物和治疗反应预测方面均取得提升。该研究展现了集成与多模态方法在计算病理学中的潜力。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分6363 人类胚胎植入前晚期活体成像揭示新生有丝分裂错误
研究通过mRNA电穿孔核DNA标记和光片活体成像技术，发现人类胚胎在植入前晚期阶段出现染色体错误分离，包括多极纺锤体形成、滞后染色体和错位。开发了开源半自动分割方法追踪单个细胞核，显示大多数标记细胞位于外部，与胎盘命运一致。这些发现对植入前非整倍体遗传检测的临床应用提出疑问。
推荐理由：通过优化的光片活体成像和深度学习分割方法，直接观察到人类胚胎植入前阶段的染色体错误分离模式。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分5757 CRISPR-Cas 通过 CRISIS 机制调控嵌入式抗噬菌体防御系统的表达
研究发现细菌中广泛存在一种名为 CRISIS 的调控机制，I 型 CRISPR-Cas 系统通过非经典 crRNA 样 RNA 引导 Cascade 效应复合物抑制多种先天免疫基因簇的启动子，从而调控其基础表达水平。当 CRISPR-Cas 系统因突变或抗 CRISPR 蛋白而受损时，这些嵌入式防御系统的转录会爆发性增强，导致更高水平的先天免疫，但以宿主适应性为代价。