研究人员开发了BOB-seq v0.1方法，通过酰化和点击化学将生物正交条形码直接连接到细胞RNA的多个内部位置。在物种混合实验中，逆转录酶从RNA模板切换到其连接的条形码准确率超过99%。该方法无需文库片段化步骤，可通过poly(dT)或随机六聚体引物选择3'末端计数或全长异构体捕获。药物筛选实验显示该方法能识别全转录组范围内的靶向和非靶向RNA剪接效应。
推荐理由：该方法通过生物正交条形码直接标记RNA内部多位点，在物种混合实验中实现了超过99%的模板转换准确率。
研究发现BLTP3A是卵巢癌中溶酶体应激的解决因子，其功能缺失或M1098T变异会增强溶酶体损伤，从而持续激活STING通路并促进IFN-λ产生，重塑抗肿瘤免疫微环境。携带M1098T变异的患者总生存期更长，肿瘤中细胞毒性T细胞-髓系细胞区域富集。机制上，BLTP3A功能障碍破坏了CASM相关的溶酶体应激解决，导致STING信号持续而不增加cGAMP。
推荐理由：研究揭示了BLTP3A功能缺失通过STING通路增强抗肿瘤免疫的机制，为卵巢癌治疗提供了潜在靶点。
研究应用碱基编辑器扫描22个MAPK通路基因，构建了信号通路的化学-遗传相互作用图谱。分析发现耐药突变常出现在非直接药物靶点的蛋白中，并识别出KRAS N端的一个变构位点。研究还发现催化功能受损的CRAF突变体对结构相似的MEK抑制剂产生双向耐药和增敏作用。
研究发现肿瘤诱导的抑制性中性粒细胞依赖mSWI/SNF染色质重塑维持其病理状态。两种口服mSWI/SNF ATP酶拮抗剂（降解剂和催化抑制剂）在PD-1阻断耐药的同系肿瘤模型中实现免疫依赖性肿瘤控制，并增强检查点疗法疗效。
推荐理由：研究揭示了抑制性中性粒细胞依赖的染色质可塑性靶点，并展示了两种口服小分子在PD-1耐药模型中的协同潜力。
研究对49例原发性导管原位癌标本进行空间转录组学分析，发现肿瘤近端区域TREM2+巨噬细胞和肌成纤维样癌相关成纤维细胞富集，且TREM2+巨噬细胞丰度与后续侵袭性乳腺癌复发相关。配体-受体对分析识别出GRN-SORT1、SPP1-CD44和LGALS9-CD44等潜在的空间信号交互，并通过多重免疫染色在蛋白水平验证了这些发现。
推荐理由：研究通过空间转录组学揭示了导管原位癌中TREM2+巨噬细胞与侵袭性复发风险的关联，为开发预后标志物提供了线索。
研究者建立了一个血浆 GC/MS 代谢组学工作流程，用于区分乳腺癌患者和健康对照。该研究前瞻性收集了 360 份样本（BC=180，HC=180），在标准化预处理条件下使用定量 GC/MS 平台分析，并采用三种机器学习算法（Lasso LR、RFC、SVM）进行特征选择和模型开发。
LENTRA是一种抗原靶向慢病毒平台，可在体内选择性转导并遗传修饰肿瘤细胞，使其在肿瘤局部产生免疫检查点抑制剂、细胞因子或治疗性酶。在多种小鼠实体瘤模型中，局部产生抗CTLA-4或IL-12引发了强效抗肿瘤反应并避免了全身毒性。
一项前瞻性研究发现头颈鳞癌（HNSCC）中肿瘤代谢重编程导致谷氨酰胺剥夺和谷氨酰胺酶-1（GLS1）高表达，这限制了T细胞向肿瘤的迁移并削弱其功能。药理学抑制或基因敲除GLS1可增强肿瘤对免疫细胞介导的细胞毒性和免疫检查点抑制剂的敏感性，其机制涉及破坏谷胱甘肽依赖的ROS防御、抑制肿瘤增殖和增加MHC表达。
一项结合Nanopore直接RNA测序（RNA004化学）和Illumina测序的研究，在酿酒酵母复制性衰老过程中以单分子分辨率揭示了tRNA组的动态变化。研究发现，尽管tRNA总体丰度基本稳定，但存在与年龄相关的成熟tRNA 3‘端CCA尾末端A碱基切割、T环和反密码子区修饰改变，以及单分子水平上的修饰共现证据。该数据集为探索tRNA调控、翻译保真度与长寿机制提供了资源。
研究者开发了可诱导的CRISPR干扰平台和定制sgRNA文库，用于特异性靶向RNA聚合酶III（Pol III）转录的基因及其核心组件。全基因组筛选在二倍体成纤维细胞和HEK293T细胞中发现了多个Pol III依赖性，但胶质母细胞瘤模型对单个Pol III基因和核心组件的抑制均表现出不敏感，尽管靶点抑制有效。
推荐理由：研究通过CRISPRi筛选发现胶质母细胞瘤对RNA聚合酶III转录组的扰动具有耐受性，为理解该癌症类型的代谢可塑性提供了线索。
研究构建了一个包含21种成人组织、459,856个单核转录组和染色质可及性图谱，识别了超过100万个候选顺式调控元件及其与基因的关联。图谱揭示了细胞身份主导、组织环境微调的调控模式，并基于此训练了序列功能模型来预测548,656个精细定位变体的染色质可及性效应。
推荐理由：该图谱整合了21种成人组织的多组学数据，为解析非编码遗传风险提供了细胞类型特异性的调控框架。
预印本研究系统比较 ChIP-seq 和 CUT&Tag 在 K562 和 MCF-7 细胞系中多种组蛋白标记的检测差异。分析表明 CUT&Tag 在低 GC 区域灵敏度有限，而在高可及性染色质中信号增强；在活性基因体和 Polycomb 抑制域中分别丢失 H3K36me3 和 H3K27me3 信号。启动子区域差异与 GC 含量和染色质可及性系统相关。
MIST3（NCT03654833）二期试验评估 bemcentinib（AXL 抑制剂）和 pembrolizumab（PD1 抑制剂）联合治疗 ICB 初治复发间皮瘤患者，达到主要终点，12 周疾病控制率为 46.2%（90% CI 29.2–63.8%）。
研究对来自11名捐献者4个脑区的约14万个细胞核进行了基因表达和染色质可及性分析，并与全基因组关联研究数据整合，以识别与复杂性状相关的特定神经细胞群。数据支持与阿尔茨海默病相关的推定增强子-基因关系，为解释性状相关遗传变异提供了资源。
一项针对23名新诊断胶质母细胞瘤患者和23名健康对照的前瞻性病例对照研究发现，患者的肠道细菌和真菌群落多样性均高于对照组（Shannon指数，16S p < 0.001；ITS p = 0.004），且生存期较短的患者多样性更高。
研究团队基于4377个肉瘤和间叶性肿瘤的甲基化谱开发了新版肉瘤分类器v13.1，涵盖116个肿瘤亚类和93个甲基化类别。在1547例独立验证队列中，73%的病例获得分类器预测，其中91%与原始组织病理学诊断匹配，并为6%组织学不确定病例提供了分子诊断重新分类。
推荐理由：该分类器在四个独立队列中验证了91%的诊断匹配率，并为6%的组织学不确定病例提供了分子诊断。
基于 482 名患者的 5390 万条 EHR 访问日志构建的新型团队内外信息共享测量指标，能显著预测未来急诊就诊和经急诊入院的住院情况。这一通过 EHR 进行的、可修改的团队信息共享维度，可减少急性护理利用率。研究获得了加州大学戴维斯分校 IRB 的批准（#1988738）。
研究发现2型脱碘酶（DIO2）在甲状腺癌等七种实体瘤的癌症相关成纤维细胞（CAF）中特异性表达，且与肌成纤维细胞样CAF亚型相关。高DIO2表达在胰腺癌和膀胱癌中与较差总生存期相关。TPO-CreERT2/BrafV600E/Trp53缺陷小鼠模型显示CAF特异性Dio2表达，遗传敲除Dio2可显著减少肿瘤生长。该研究提示DIO2可能成为靶向肿瘤微环境的新治疗策略。
推荐理由：研究通过多癌种单细胞数据发现CAF中DIO2表达与不良预后相关，并在小鼠模型中验证其促瘤功能。
基于NHS-Galleri试验ASCO 2026报告数据，估算多癌种早筛每年可能带来466人年/百万筛查人口的五年生命年增益。该分析使用干预组和对照组在十个癌种的IV期诊断数差异，乘以III期与IV期间五年限制平均生存时间差得出。
研究团队利用基因组基础模型 Evo2 对软组织肉瘤患者的肿瘤基因组变异序列进行嵌入，生成患者水平的基因组表征。在包含102名患者的队列中，将Evo2特征加入临床病理模型SARCULATOR后，总体生存（OS）的C-index从0.620提升至0.770，无进展生存（PFS）从0.625提升至0.755。
推荐理由：研究将基因组基础模型与临床病理和转录组模型结合，在多个生存终点上展示了预后预测能力的提升。
RP-3467是一种靶向DNA聚合酶θ（Polθ）ATP酶结构域的新型小分子抑制剂，临床前研究显示其在HR缺陷模型中诱导合成致死并与PARP抑制剂（奥拉帕利、鲁卡帕利）协同，在多个人源肿瘤异种移植模型中实现持续肿瘤消退。
Ataraxis Breast CTX多模态AI模型整合临床变量和H&E图像特征，在III期UNIRAD试验（NCT01805271）的556名患者队列中进行前瞻性-回顾性验证。
推荐理由：该研究在已完成的III期试验队列中验证了AI模型对辅助治疗决策的潜在指导价值，为高风险患者分层提供了具体数据。
一项基于瑞典患者队列的研究发现，在早发性结直肠癌（EOCRC）患者中，较高的体重指数（BMI）与更长的无复发生存期（RFS）显著相关（HR 0.94，95% CI 0.89–0.99，p=0.02），而在平均发病年龄结直肠癌（AOCRC）患者中未观察到此种关联。
研究发现黑色素瘤中存在CD56 Bright CD16 − CD49a + CD9 + 蜕膜样NK细胞，该细胞在患者外周血中罕见。在肿瘤浸润淋巴细胞疗法探索性队列中，疾病进展患者肿瘤内该细胞频率更高。共培养实验表明，健康供体NK细胞通过与表达CD9的黑色素瘤细胞直接接触可诱导CD9的获得。
推荐理由：研究揭示了黑色素瘤微环境中存在一种特殊的NK细胞亚群，并发现其标志性分子CD9的获得依赖于与肿瘤细胞的直接接触。
尿液游离 DNA 甲基化分析可有效区分泰国非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者与健康对照。该试点研究在 5 例高级别 NMIBC 患者和 3 名健康志愿者中，通过 cfMeDIP-seq 鉴定出 82 个差异甲基化区域（调整后 P<0.001），其中 MIR124-3、IRX4 和 LHX1-DT 呈现显著高甲基化。
一项针对50名非转移性非病毒相关头颈鳞癌患者的回顾性队列研究显示，基于甲基化的Guardant360 ctDNA检测在监测复发时敏感性为76.9%，特异性为94.6%（AUC 0.858）。ctDNA阳性与更差的无进展生存和总生存相关，并在60%的复发患者中比临床发现提前中位131天检测到信号。
推荐理由：研究评估了基于甲基化的ctDNA检测在非病毒相关头颈癌术后监测中的表现，并提供了敏感性、特异性及生存关联数据。
基于TAILORx试验6735例患者数据的分析显示，AI模型Ataraxis CTX整合H&E切片形态特征和临床变量，其预后预测（CTX-prognostic）与无病间期显著相关（HR 1.651，95% CI 1.511-1.803）。在21基因复发评分中危亚组中，CTX-benefit模型识别出化疗高获益患者，其5年无病间期率增加5.6%，而低获益患者未见明显获益（交互作用p=0.016）。
推荐理由：AI模型在21基因复发评分中危患者中识别出化疗获益亚组，为现有临床决策工具提供了补充信息。
研究者开发了一种基于大语言模型的方法，构建了包含超过5万名患者的泛癌种毒性资源 MSK-Tox。分析六种代表性不良事件发现，毒性模式受癌症类型、治疗方案和临床背景影响。研究识别了两种胚系易感性模式：器官固有模式（如 FOXE1 附近调控变异与甲状腺功能减退相关）和免疫介导模式（HLA-DRB1*15 是免疫检查点抑制剂治疗患者肾上腺功能不全的主要决定因素）。
推荐理由：研究识别了两种胚系易感性模式，包括与免疫检查点抑制剂相关的 HLA-DRB1*15 等位基因，为治疗前毒性风险预测提供了新维度。
研究通过发现和验证队列分析了10种癌症类型，发现每种癌症都存在一组与免疫检查点抑制剂（ICI）治疗后生存改善相关的染色质调节因子（CR）基因突变。跨癌种存在一组复发性CRs与ICI疗效改善相关，且多个CR突变共现可进一步改善生存。CR突变组肿瘤突变负荷（TMB）更高，肿瘤微环境存在癌种特异性差异。
推荐理由：研究识别了多个癌种中与免疫检查点抑制剂疗效改善相关的染色质调节因子突变组合，为生物标志物开发提供线索。
一项针对999名新诊断胶质母细胞瘤患者的多中心研究表明，基于白质通路受累情况的病变-纤维束密度指数（L-TDI）比传统肿瘤体积能更稳健地预测总生存期。L-TDI在不同阈值和肿瘤区域均显示出与生存期的强关联，其预后价值在调整已知临床变量后依然存在，而肿瘤体积的预后价值则高度依赖于分析设计且主要局限于对比增强区域。这些发现凸显了将胶质母细胞瘤视为全脑疾病进行预后评估的重要性。
研究发现肛门鳞癌（ASCC）患者相比高级别鳞状上皮内病变（HSIL）患者具有较低的微生物丰富度和独特的厌氧菌群特征。在121名参与者中，ASCC组鉴定出6种富集的厌氧菌，包括具核梭杆菌和微小单胞菌等，这些菌种与氨基酸代谢和厌氧代谢通路相关，且在纵向采样中持续存在。
推荐理由：通过前瞻性宏基因组分析识别出6种与肛门鳞癌相关的厌氧菌，为理解微生物在癌变进程中的作用提供了新线索。
对 AACR Project GENIE BPC PANC v1.0-public 数据集的回顾性分析显示，在晚期胰腺癌患者中，影像学与肿瘤内科医生记录的疾病进展存在显著不一致。
对74名多发性骨髓瘤患者的372份样本分析表明，外周血浆循环肿瘤DNA（cfDNA）在检测骨髓定义的拷贝数异常和突变方面不劣于骨髓血浆cfDNA，其恢复率分别为77.4%对72.0%和69.2%对65.4%。
一项基于瑞典马尔默饮食与癌症队列的病例对照研究发现，CA-125的Sialyl-Thomsen-nouveau（STn）糖基化变体可预测临床诊断前数年的卵巢癌。
推荐理由：研究比较了新型糖基化变体与常规CA-125在卵巢癌早期检测中的表现，为改进现有筛查策略提供了具体数据。
一项研究发现，人工智能模型可通过分析血液代谢组学特征识别早期卵巢癌。该模型在两个独立回顾性队列（血清队列 N=91，血浆队列 N=83）中分别实现了高达 99.0% 的敏感性和 99.8% 的特异性。研究识别出 239 个一致的代谢物变化，表明存在一种涉及肿瘤与宿主的分布式代谢反应系统型，支持进一步开发基于代谢组学的卵巢癌早期检测方法。
研究团队开发了一种从单次H&E活检推断患者特异性肿瘤增殖和扩散率的计算方法。该方法通过拟合细胞核点模式的分析两点相关函数和功率谱密度，在11个多中心队列中恢复了机制性参数。
研究通过整合已验证的分期系统（STAR-CAP）和非癌死亡率模型（OCCAM），评估了局部前列腺癌患者在放疗基础上添加或延长雄激素剥夺疗法（ADT）的10年远处转移绝对风险降低（ARR）。
推荐理由：该模型整合了癌症特异性风险和合并症，揭示了传统风险分组内患者从ADT中获益的巨大异质性，有助于个体化治疗决策。
一项涉及16,255名个体（包括3,341例癌症病例）的多队列研究发现，肠道微生物组的改变与肺癌、肾癌和乳腺癌等多种癌症类型相关。在法国、荷兰、芬兰和拉脱维亚四个欧洲人群的1,640名个体中，癌症诊断前采集的样本已显示出与确诊患者相似的微生物组改变，但其程度较轻。这些发现表明，微生物组特征或可用于对癌症高风险人群进行分层。
研究构建了来自44名转移性乳腺癌患者126个肿瘤样本的空间单细胞转录组图谱，涵盖520,850个细胞。通过分析疾病进展中多个时间点的样本，检测到治疗诱导的肿瘤细胞内驱动耐药的转录变化，并追踪了进展过程中亚克隆肿瘤细胞的选择。
推荐理由：研究分析了44名转移性乳腺癌患者多个时间点的样本，可帮助理解治疗诱导的转录变化和耐药性机制。