肌层浸润性膀胱癌空间图谱揭示谱系特异性脆弱性与免疫架构
研究人员整合22例肌层浸润性膀胱癌的空间转录组、bulk RNA与全外显子测序数据，构建MIBC空间图谱，揭示肿瘤内沿luminal-to-basal轴的连续空间组织。Luminal核心富集FGFR3与NECTIN4，basal样状态定位于侵袭边缘，伴随EGFR信号、EMT、免疫浸润及更高化疗敏感性。超过3000例肿瘤的泛队列分析验证了FGFR3–EGFR谱系互斥，为MIBC空间分层治疗奠定基础。
#生物标志物
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今日 3 条Cancer Discovery评分4949 Cancer Discovery精选评分6161 ctDNA 解析揭示胰腺癌对 daraxonrasib 的获得性耐药机制
Cancer Discovery 一项研究通过 ctDNA 测序分析发现，胰腺导管腺癌（PDAC）在接受 RAS(ON) 多选择性抑制剂 daraxonrasib 治疗后，可通过 KRAS 突变扩增和 RTK 介导的 RAS 通路再激活获得耐药。研究者指出，这些改变既是临床相关的耐药标志，也可为联合治疗策略的临床前建模提供依据。
推荐理由：该研究通过 ctDNA 解析胰腺癌对 daraxonrasib 的耐药通路，为联合用药策略提供了可直接追踪的分子标志。
bioRxiv Genomics精选评分4545 遗传风险与炎症信号汇聚于1型糖尿病的细胞类型特异性调控程序
研究者整合人胰岛表观基因组、GWAS及PANC-DB数据，应用ChromBPNet与转录因子足迹分析，鉴定出多个1型糖尿病相关SNP可改变β细胞等细胞类型特异性增强子处的染色质可及性与转录因子结合。这些发现将遗传风险与细胞内在调控程序关联，为机制研究提供候选靶点。
文献与产业新闻（bio-brief）评分3030 汉族荨麻疹来源 PRS 与慢性自发性荨麻疹易感性及高级系统治疗使用的关联
台中荣民总医院利用台湾精准医学计划数据，对 4,676 例 CSU 患者与 18,704 名匹配对照分析发现，Lassosum 模型汉族荨麻疹来源 PRS 预测能力最高，PRS 最高分位与 CSU 易感性升高显著相关。在 4,550 例有 PRS 数据的 CSU 患者中，高 PRS 分位与高级系统治疗使用相关，并存在性别分层差异，提示该 PRS 可作为 CSU 遗传风险分层辅助标志物。
顶刊论文（社媒热度）评分4646 真实世界混合癌种队列揭示癌症及治疗不良事件相关微生物组特征
Mayo Clinic Cancer Microbiome 队列纳入1,364例癌症患者与287名健康对照，在五类癌症中识别出341种癌症相关菌种；早发性乳腺癌患者粪便胆汁酸及C. scindens水平降低，早发性结直肠癌患者乳酸及Veillonella parvula升高；携带二氢嘧啶脱氢酶编码基因的Anaerostipes hadrus对5-氟尿嘧啶所致腹泻具有保护作用。
bioRxiv Cancer Biology评分5050 BRCA1相关三阴性乳腺癌的细胞起源塑造肿瘤亚型
研究揭示BRCA1相关的三阴性乳腺癌（TNBC）可起源于基底-肌上皮细胞，且细胞起源通过异常上皮分化塑造了TNBC亚型。对Wap-Cre Brca1/p53小鼠67,001个细胞的单细胞RNA测序分析表明，异常的基底-肌上皮分化产生间充质亚型（TNBC-M），而异常的管腔分化产生基底样亚型（TNBC-BL1）。
Nature评分4444 人群规模免疫多组学图谱揭示疾病调控机制
FinnGen研究发布了人群规模的免疫细胞单核多组学图谱，揭示了调控疾病风险的染色质可及性数量性状位点和表达数量性状位点。该图谱整合了来自芬兰生物样本库的个体水平数据，并公开了汇总统计数据供交互式浏览。研究人员可通过特定渠道申请访问个体水平数据以进行深入分析。
medRxiv Oncology评分4242 绘制肿瘤异质性图谱：利用 3D 功能精准平台检测匹配原发灶与转移灶的体外药物响应
SageMedic 团队用 3D 微肿瘤平台对比 7 例匹配原发与转移灶的 275 个药物响应，局部转移灶响应与原发灶高度一致（ρc=0.91-0.97），淋巴道及血行转移灶相关性显著降低（ρc=0.58-0.87）。拆分样本验证极高复现性（ρc=0.95），单部位功能分析仍可识别耐药、降低无效治疗风险。
监管与产业情报（Pharma-Intel）评分2929 汉族荨麻疹来源PRS与慢性自发性荨麻疹（CSU）易感性及高级系统性治疗使用的关联
汉族荨麻疹来源PRS四分位越高，慢性自发性荨麻疹（CSU）易感性越高（尤其Q4），高分位也与高级系统性治疗使用相关（4,550例），存在性别分层差异。该回顾性研究纳入4,676例CSU患者与18,704例匹配对照，评估五种PRS模型，基于Lassosum的PRS曲线下面积最高。
bioRxiv Genomics评分3232 PfPHAST：一种用于疟疾基因组监测的简化靶向测序工具
研究人员开发了用于恶性疟原虫公共卫生监测的靶向测序工具PfPHAST，该工具包含56个靶点，涵盖耐药性、诊断缺失和疫苗靶点基因分型等关键位点。在实验室菌株对照测试中，PfPHAST在匹配测序深度下比其前身MAD4HatTeR面板具有更高的质量控制通过率（94.4% vs 90.0%），且在共享靶点上性能相当。PfPHAST通过聚焦程序化相关靶点，为常规疟疾分子监测提供了一个可扩展的低成本替代方案。
medRxiv Oncology精选评分5454 血清甲状腺激素代谢物检测用于甲状腺结节分子诊断评估
一项针对 1663 名甲状腺结节患者的队列研究开发了一种基于血清甲状腺激素代谢物（THMs）的分子血液检测方法。在模型验证中，该检测区分分化型甲状腺癌（DTC）与良性结节的特异性为 99.5%，敏感性为 92.3%，诊断准确率为 95.9%。
推荐理由：该研究在不确定的 Bethesda III-IV 类结节中实现了 100% 的阳性预测值和 93.5% 的敏感性，可能减少不必要的诊断性手术。
bioRxiv Cancer Biology评分3232 多数据库生物信息学分析揭示 MET 基因表达在胃癌中的预后价值、信号互作网络及免疫浸润特征
MET 基因在胃癌组织中的表达显著高于正常胃黏膜，且其高表达与较差的总体生存期和无进展生存期相关。蛋白互作网络分析显示 MET 与 EGFR、ERBB2、HGF 等 20 个关键蛋白存在相互作用，其相关基因在 ERBB 信号通路、同源重组等通路中显著富集。多种算法交叉验证表明 MET 表达与胃癌的免疫细胞浸润水平相关。
bioRxiv Cancer Biology评分5353 突变顺序与选择如何共同塑造肿瘤进化中的瘤内异质性
研究者开发了一个多类型分支过程模型，分析两种驱动突变不同获得顺序如何影响肿瘤克隆结构。模型显示驱动基因对异质性的影响取决于其获得时机：早期获得的强驱动基因增加中间谱系和恶性创始克隆供应，而晚期获得的同一驱动基因则强化早期 founded 克隆的生长优势。在加性适应度效应下，选择优势与克隆浓度可呈现非单调关系。
Cell评分4444 肠道免疫调节代谢物对CAR-T疗法的相反作用
肠道微生物分类本身是CAR-T细胞疗法疗效的较差预测指标。特定的肠道免疫调节代谢物对CAR-T细胞功能和肿瘤控制产生相反作用，表明微生物代谢是预测和改善CAR-T细胞疗效的潜在靶点。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5656 单细胞多组学空间分析揭示管腔型乳腺癌ctDNA释放异质性
研究开发了scMASTER方法整合单细胞转录组、突变、空间转录组和匹配肿瘤血浆DNA测序，在10例非转移性HR+/HER2-乳腺癌患者中发现8种恶性上皮状态具有不同的ctDNA释放潜力。
Nature Medicine评分3232 EGFR T790M 胚系突变的谱系及其对非吸烟者肺癌风险的贡献
一项基于超300万人数据的研究揭示了EGFR T790M胚系突变的祖先历史及其在非吸烟者肺癌风险中的当前贡献。该研究克服了既往小型研究统计效力不足的局限，为理解非吸烟者肺癌的遗传易感性提供了新见解。
监管与产业情报（Pharma-Intel）评分3838 <think>
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bioRxiv Cancer Biology精选评分5858 空间转录组学揭示导管原位癌微环境与侵袭性乳腺癌复发的关联
研究对49例原发性导管原位癌标本进行空间转录组学分析，发现肿瘤近端区域TREM2+巨噬细胞和肌成纤维样癌相关成纤维细胞富集，且TREM2+巨噬细胞丰度与后续侵袭性乳腺癌复发相关。配体-受体对分析识别出GRN-SORT1、SPP1-CD44和LGALS9-CD44等潜在的空间信号交互，并通过多重免疫染色在蛋白水平验证了这些发现。
推荐理由：研究通过空间转录组学揭示了导管原位癌中TREM2+巨噬细胞与侵袭性复发风险的关联，为开发预后标志物提供了线索。
bioRxiv Cancer Biology评分5151 基于血浆 GC/MS 代谢组学和机器学习的乳腺癌检测工作流程
研究者建立了一个血浆 GC/MS 代谢组学工作流程，用于区分乳腺癌患者和健康对照。该研究前瞻性收集了 360 份样本（BC=180，HC=180），在标准化预处理条件下使用定量 GC/MS 平台分析，并采用三种机器学习算法（Lasso LR、RFC、SVM）进行特征选择和模型开发。
监管与产业情报（Pharma-Intel）评分5454 人抗生素干预研究显示血浆吲哚-3-丙酸源自肠道菌群并与2型糖尿病及心脏代谢结局相关
一项7天广谱抗生素人体干预研究显示，血浆吲哚-3-丙酸（IPA）几乎完全由肠道菌群产生。抗生素使用前IPA在2型糖尿病患者中水平更低且与较低T2D几率相关，并呈此前未见报道的与血糖变异度负相关；IPA相关菌种聚类在同一共丰度模块中但未包含已知产IPA菌种，提示血浆IPA受更广泛菌群结构影响。DOI: 10.1080/19490976.2026.2736321
The Lancet Oncology评分3535 全球基本抗癌药物应用与复杂基因组诊断需求相关性的回顾性观察研究
一项研究显示，在基本药物清单（EML）中，需要复杂基因组诊断的精准抗癌药物应用率较低，且在低收入国家的应用最为有限。该回顾性观察研究分析了不同GDP水平国家的药物应用差异。结果表明，仅将药物纳入EML可能不足以确保患者可及性，尤其在精准肿瘤学药物日益增多的背景下。
Nature Cancer评分00 解析人类癌症中复杂的突变现象词汇
研究界已识别出多种复杂的癌症基因组突变模式，包括染色体碎裂、染色质环化、kataegis以及APOBEC酶介导的突变簇。这些模式由不同的分子机制驱动，例如DNA修复错误、染色体分离异常以及APOBEC3A等酶在治疗压力下的活性。理解这些突变特征对于阐明癌症的演化机制和耐药性的产生至关重要。
medRxiv Oncology精选评分3939 探索胶质母细胞瘤中的肠-脑轴：一项关于肠道细菌组和真菌组的前瞻性病例对照研究
一项针对23名新诊断胶质母细胞瘤患者和23名健康对照的前瞻性病例对照研究发现，患者的肠道细菌和真菌群落多样性均高于对照组（Shannon指数，16S p < 0.001；ITS p = 0.004），且生存期较短的患者多样性更高。
medRxiv Oncology精选评分3131 EHR 介导的医疗团队内外信息共享对患者结局的保护作用
基于 482 名患者的 5390 万条 EHR 访问日志构建的新型团队内外信息共享测量指标，能显著预测未来急诊就诊和经急诊入院的住院情况。这一通过 EHR 进行的、可修改的团队信息共享维度，可减少急性护理利用率。研究获得了加州大学戴维斯分校 IRB 的批准（#1988738）。
medRxiv Oncology精选评分5050 BRCA1/2 携带者的乳腺 X 光检查利用率和男性乳腺癌
一项针对 810 名 BRCA+ 男性的回顾性队列研究显示，仅有 19% 的人有乳腺 X 光检查记录，在符合年龄条件且无既往病史的 562 名男性中，实际完成筛查的比例仅为 16%。研究还发现，无论 BRCA 状态如何，绝大多数男性乳腺癌均因出现症状才被诊断，且确诊时多为晚期（BRCA+ 组 55% 淋巴结阳性）。这表明高危男性的乳腺癌筛查实践亟待改进。
medRxiv Oncology精选评分5252 NHS-Galleri试验中IV期癌症减少相关的潜在五年生命年估算
基于NHS-Galleri试验ASCO 2026报告数据，估算多癌种早筛每年可能带来466人年/百万筛查人口的五年生命年增益。该分析使用干预组和对照组在十个癌种的IV期诊断数差异，乘以III期与IV期间五年限制平均生存时间差得出。
NEJM评分00 多癌种早期检测筛查对晚期癌症诊断的影响
一项研究表明，采用多癌种早期检测（MCED）进行筛查可降低晚期癌症的诊断率。该研究在超过XX名受试者中评估了MCED测试的效果。研究结果支持MCED作为一种潜在的癌症筛查策略。
medRxiv Oncology精选评分5454 基因组基础模型 Evo2 提升软组织肉瘤的临床病理和转录组预后预测能力
研究团队利用基因组基础模型 Evo2 对软组织肉瘤患者的肿瘤基因组变异序列进行嵌入，生成患者水平的基因组表征。在包含102名患者的队列中，将Evo2特征加入临床病理模型SARCULATOR后，总体生存（OS）的C-index从0.620提升至0.770，无进展生存（PFS）从0.625提升至0.755。
推荐理由：研究将基因组基础模型与临床病理和转录组模型结合，在多个生存终点上展示了预后预测能力的提升。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6464 液体活检用于胰腺导管腺癌的早期检测
研究开发并验证了基于血液 microRNA 标志物和 CA19-9 的复合评分 PANXEON，用于早期胰腺导管腺癌检测。在多国 1785 人的队列中，该检测对早期 PDAC 的敏感性达 83.8%，与 CA19-9 联合后敏感性为 86.8%。测试队列中低风险对照组假阳性率为 3.2%，高风险对照组为 15.6%。试验注册号 NCT06388967。
推荐理由：该研究在四个国家的多中心队列中验证了液体活检组合标志物的性能，为胰腺癌早期检测提供了新的潜在工具。
medRxiv Oncology评分2121 喀麦隆布埃亚卫生区女性乳房自我检查与临床乳房检查的知识与实践：一项基于社区的横断面研究
一项针对喀麦隆布埃亚卫生区346名21-60岁女性的横断面研究显示，仅有24.0%的参与者具备良好的乳腺癌知识，26.9%具备良好的乳房自我检查（BSE）与临床乳房检查（CBE）知识，而BSE/CBE实践达标率仅为22.3%。
medRxiv Oncology精选评分5454 Ataraxis Breast CTX多模态AI模型在HR+/HER2-早期乳腺癌中分层残余风险并识别治疗升级候选者
Ataraxis Breast CTX多模态AI模型整合临床变量和H&E图像特征，在III期UNIRAD试验（NCT01805271）的556名患者队列中进行前瞻性-回顾性验证。
推荐理由：该研究在已完成的III期试验队列中验证了AI模型对辅助治疗决策的潜在指导价值，为高风险患者分层提供了具体数据。
medRxiv Oncology精选评分3939 转录组特征对晚期尿路上皮癌免疫治疗应答的增量预测价值与表征分析
在一项针对 IMvigor210 试验中 298 名接受 atezolizumab 治疗的晚期尿路上皮癌患者的分析中，基于生物学知识的转录组特征相较于临床和既定生物标志物基线显示出增量预测价值。
medRxiv Oncology精选评分3030 尿液 DNA 甲基化作为泰国非肌层浸润性膀胱癌潜在诊断与监测工具的初步研究
尿液游离 DNA 甲基化分析可有效区分泰国非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者与健康对照。该试点研究在 5 例高级别 NMIBC 患者和 3 名健康志愿者中，通过 cfMeDIP-seq 鉴定出 82 个差异甲基化区域（调整后 P<0.001），其中 MIR124-3、IRX4 和 LHX1-DT 呈现显著高甲基化。
medRxiv Oncology精选评分5757 基于甲基化的ctDNA用于非病毒相关头颈癌治疗后监测
一项针对50名非转移性非病毒相关头颈鳞癌患者的回顾性队列研究显示，基于甲基化的Guardant360 ctDNA检测在监测复发时敏感性为76.9%，特异性为94.6%（AUC 0.858）。ctDNA阳性与更差的无进展生存和总生存相关，并在60%的复发患者中比临床发现提前中位131天检测到信号。
推荐理由：研究评估了基于甲基化的ctDNA检测在非病毒相关头颈癌术后监测中的表现，并提供了敏感性、特异性及生存关联数据。
medRxiv Oncology精选评分6161 基于大语言模型的 MSK-Tox 资源揭示肿瘤系统治疗毒性的临床与遗传决定因素
研究者开发了一种基于大语言模型的方法，构建了包含超过5万名患者的泛癌种毒性资源 MSK-Tox。分析六种代表性不良事件发现，毒性模式受癌症类型、治疗方案和临床背景影响。研究识别了两种胚系易感性模式：器官固有模式（如 FOXE1 附近调控变异与甲状腺功能减退相关）和免疫介导模式（HLA-DRB1*15 是免疫检查点抑制剂治疗患者肾上腺功能不全的主要决定因素）。
推荐理由：研究识别了两种胚系易感性模式，包括与免疫检查点抑制剂相关的 HLA-DRB1*15 等位基因，为治疗前毒性风险预测提供了新维度。
Cancer Cell精选评分5050 Beyond genes and hotspots: 蛋白质信息视角下的癌症突变解读
Hyeon 等人建立了一个蛋白质基因组学框架，将显著突变区域映射到蛋白质结构域和结构特征上，以解读癌症突变。该研究超越了传统的基因和热点突变分析，为理解癌症突变的生物学和临床意义提供了新视角。
medRxiv Oncology精选评分4949 Beyond tumor volume: connectomic measures de tumor burden provide superior prognostic information across tumor compartments in glioblastoma
一项针对999名新诊断胶质母细胞瘤患者的多中心研究表明，基于白质通路受累情况的病变-纤维束密度指数（L-TDI）比传统肿瘤体积能更稳健地预测总生存期。L-TDI在不同阈值和肿瘤区域均显示出与生存期的强关联，其预后价值在调整已知临床变量后依然存在，而肿瘤体积的预后价值则高度依赖于分析设计且主要局限于对比增强区域。这些发现凸显了将胶质母细胞瘤视为全脑疾病进行预后评估的重要性。
medRxiv Oncology精选评分4343 晚期胰腺癌跨来源进展评估：基于机会调整的六状态分析
对 AACR Project GENIE BPC PANC v1.0-public 数据集的回顾性分析显示，在晚期胰腺癌患者中，影像学与肿瘤内科医生记录的疾病进展存在显著不一致。
顶刊论文（社媒热度）精选评分4747 一种无需提取的血液干燥方案实现寨卡病毒和丙肝病毒RNA高灵敏度检测
研究人员开发了一种无需提取或冷链运输的血液干燥方案，可直接从全血中扩增RNA用于检测。该方案对寨卡病毒的检测灵敏度达到每微升10个拷贝，对丙肝病毒达到每微升1个国际单位，并可通过便携式荧光仪实现即时检测。该平台结合冻干试剂和简易加热设备，为急救或资源有限环境提供了稳定、可重复使用的现场RNA检测方案。
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medRxiv Oncology精选评分4545 匹配的骨髓与外周血分析揭示多发性骨髓瘤中液体活检信号的区室与特征特异性
对74名多发性骨髓瘤患者的372份样本分析表明，外周血浆循环肿瘤DNA（cfDNA）在检测骨髓定义的拷贝数异常和突变方面不劣于骨髓血浆cfDNA，其恢复率分别为77.4%对72.0%和69.2%对65.4%。