bioRxiv Genomics· Semakuba, F. D., Nsengimaana, B., Katairo, T., Mbabazi, M., Murie, K., Hathaway, N., Wiringilimaana, I., Muwanika, J. V., Lum, K., Davlieva, M., Asua, V., Kiyaga, S., Tukwasibwe, S., Nakasaanya, J., Achom, K. B., Ayitewala, A., Mulondo, J., Watyekele, E., Nsobya, S. L., Kamya, M. R., Agaba, B. B., Rosenthal, P. J., Conrad, M. D., Ssewanyana, I., Greenhouse, B., Aranda-Diaz, A., Briggs, J. ·· 3 天前评分32
PfPHAST：一种用于疟疾基因组监测的简化靶向测序工具
PfPHAST: Plasmodium falciparum Public Health Amplicon Sequencing Tool, a Streamlined Panel for Malaria Genomic Surveillance
导读
研究人员开发了用于恶性疟原虫公共卫生监测的靶向测序工具PfPHAST，该工具包含56个靶点，涵盖耐药性、诊断缺失和疫苗靶点基因分型等关键位点。在实验室菌株对照测试中，PfPHAST在匹配测序深度下比其前身MAD4HatTeR面板具有更高的质量控制通过率（94.4% vs 90.0%），且在共享靶点上性能相当。PfPHAST通过聚焦程序化相关靶点，为常规疟疾分子监测提供了一个可扩展的低成本替代方案。
来源：bioRxiv Genomics · biorxiv.org