染色质修饰、Polycomb/SWI-SNF 复合物与表观药物。
Li 等系统绘制了转座子（TE）在多种癌症中内部及之间的剪接图谱，并定义了一类肿瘤富集的基因非依赖性转录本 TEtrans。TEtrans 具有与宿主基因不同的调控程序，既可作为致癌 RNA 发挥作用，也能编码具有免疫原性的肿瘤抗原。该工作拓展了转座子在癌症中重新激活的功能图谱。
Why it matters: 原文系统绘制了跨癌种的转座子剪接图谱，并定义了一类新的肿瘤富集转录本，为 TE 重新激活的功能研究提供了可对照资源。
香港城市大学陈贵明教授团队在 Science Advances 发表论文，报道组蛋白 H2B 错义突变 H2BE113K 在不影响原发肿瘤生长的前提下显著促进乳腺癌细胞集落形成与肺转移，并通过招募染色质重塑蛋白 SMARCA5 至 G3BP2 启动子上调 G3BP2 表达。
Why it matters: 原文将 H2BE113K 与 SMARCA5-G3BP2 轴及乳腺癌肺转移直接连接，并提示 SMARCA5 抑制剂 ED2-AD101 可逆转促转移表型，为后续靶向治疗提供可检验假设。
对138例肾母细胞瘤的DNA甲基化谱分析识别出五个分子亚群，涵盖Beckwith-Wiedemann谱系肿瘤富集和一个WT1驱动亚组；按亚组引导重分析发现了此前未被识别的WT1致病性胚系变异，一例新发胚系变异促使患者进入肿瘤监测；随机森林分类器在独立验证队列中以约90%的准确率预测WT1驱动肿瘤。
SMCHD1在小鼠和人类中均被证实为Prader-Willi综合征位点的表观遗传抑制因子；在PWS小鼠模型中，发育后敲除Smchd1可在下丘脑等组织重新激活PWS基因并改善疾病表型，且全基因组结合虽广但靶向安全性表现良好。
Why it matters: 文章展示了在小鼠中靶向SMCHD1可重新激活沉默的PWS位点并改善疾病表型，为印记障碍的表观遗传基因激活疗法提供了可迁移的策略。
研究者整合354个人类和12个非人类猿类单倍型的单倍型解析Hi-C图谱、匹配组装及长读长转录组，发现使用供体特异性组装可使13.2%顺式Hi-C接触的基因组分离变化超25 kbp，并额外恢复2.8%有效接触对。
Why it matters: 利用泛基因组单倍型组装揭示结构变异重塑染色质接触，鉴定1790反复热点且90%以上为人类谱系特有。
普林斯顿大学Troyanskaya团队开发可解释AI迁移学习框架Seal，覆盖26个脑区、30种细胞类型和7个发育阶段，实现发育期人脑基因表达与变异效应的时空建模。应用于六种神经精神疾病GWAS，揭示共享与差异的调控架构；在Simons Simplex Collection自闭症全基因组数据中，发现瞬时胎儿兴奋性神经元中全新调控变异的显著负担，揭示细胞类型与发育阶段特异性的调控机制。
Why it matters: 该预印本提出可解释的AI迁移学习框架Seal，在时空分辨率下建模发育期人脑基因调控，揭示神经精神疾病风险的细胞类型与发育窗口特异性调控架构。
研究团队开发了 Droplet-MT 及配套计算流程，实现每文库约 1 万细胞的甲基化组与转录组联合测序。利用甲基化表观突变实现无需基因突变的克隆重建，参考标签转移仅需 0.2% CpG 覆盖即可分配克隆，降低测序成本。
Why it matters: 该方法实现万细胞级甲基化-转录组联测，利用甲基化突变重建克隆谱系，并在白血病纵向样本中区分恶性克隆动态与正常造血恢复。
张惠、张昊鹏、梁丽荣、武胜昔团队在 Advanced Science 发表研究，揭示表观遗传调控海马 CA2 区周围神经网（PNN）重塑，诱发发育期七氟醚神经损伤的新机制。七氟醚为常用吸入麻醉药，发育关键窗口期反复暴露可能导致远期认知损伤，CA2 区锥体神经元负责社交记忆编码，其结构可塑性维系记忆功能。该机制为临床观察到的神经发育风险提供分子层面解释。
Why it matters: 该报道总结了表观遗传调控海马 CA2 区 PNN 重塑导致发育期七氟醚神经损伤的新机制，为临床观察到的认知风险提供分子解释。
波恩大学医院研究人员将80岁供者的红细胞前体直接重编程为诱导神经干细胞（iNSCs），表观遗传时钟显示分子年龄从80岁逆转至20岁以下。与经多能干细胞中间阶段的两步法不同，这种直接转化在50至100天内逐步完成返老还童，使研究者能追踪表观遗传重置的动态过程。相关成果发表于Aging Cell（DOI: 10.1111/acel.70751）。
Why it matters: 波恩大学团队展示直接重编程可在50天内逐步重置表观遗传时钟，为研究神经退行性疾病相关的细胞返老还童机制提供可追踪模型。
研究者从单个小鼠胚胎干细胞构建单克隆类器官，利用 DNA Typewriter 谱系记录器揭示类器官异质性源于诱导前的可遗传表观遗传波动。紧密相关的创始细胞产生表型更相似的类器官，且在印记基因等甲基化敏感位点存在隐性的基因表达与染色质可及性差异。
Why it matters: 该研究用单克隆类器官和谱系记录器揭示了干细胞内在表观遗传波动决定命运偏向，为类器官异质性提供新解释。
Science 发表研究利用 894 只犬的 1640 个甲基组构建表观遗传时钟，证实表观遗传衰老早期最快且能预测死亡率。大型犬和雄性犬表现出加速的分子衰老，性别差异集中在 X 染色体，体型差异显著富集于转座子区域，提示转座子可能介导体型相关的寿命差异。
Why it matters: 利用犬类寿命差异这一天然实验，研究揭示表观遗传时钟可预测死亡率，并鉴定转座子为体型相关寿命压缩的潜在介导因子。
研究团队利用端粒到端粒小鼠基因组组装的长读长 RNA 测序，在单座位分辨率下解析 SETDB1 对转座子的沉默作用。SETDB1 敲低导致年轻 LTR（ERVK、ERV1）去抑制，伴随 H3K9me3 丢失和 Pol II 富集，符合直接 H3K9me3 介导的沉默；而 LINE/L1 元件转录激活但无 H3K9me3 丢失，提示存在平行抑制机制。
Why it matters: 长读长测序揭示SETDB1对年轻LTR逆转录子的直接沉默机制，且发现LINE元件通过平行通路被抑制，修正了异染色质介导的转座子控制模型。
2026年10月Science发表的Dog Aging Project研究在犬中分析表观遗传衰老与转座子失调，发现两者共同反映体型相关的寿命压缩现象。
Why it matters: 原文以犬为模型把体型、寿命与表观遗传衰老联系在一起，为跨物种衰老机制研究提供可参照的分子表型。
白凡团队在 Cancer Cell 发表研究，构建胃癌发生演进的表观调控图谱，揭示癌前表观预备状态及酸驱动的免疫治疗抵抗亚型。
Why it matters: 该研究构建了胃癌演进全程表观图谱，关联癌前状态与酸驱动免疫抵抗，为患者分层提供新依据。
该研究发现 tRNA 1 Arg (UCU) 剂量下降可驱动前列腺癌从 AR 依赖性腺癌向神经内分泌样谱系转化，并导致对 enzalutamide 等 AR 通路抑制剂耐药；回补该 tRNA 可恢复 AR 通路活性并逆转耐药。
Why it matters: 该研究把前列腺癌谱系可塑性追溯到单一 tRNA 同工解码子的翻译控制，为 AR 抑制剂耐药补充了翻译层面的机制视角。
研究基于 439 例患者 650 份多阶段样本构建胃肿瘤染色质开放性图谱，发现肠化生阶段已存在类似癌的表观遗传启动状态，并在晚期肿瘤中划分出三种表观基因组亚型。增殖型与间质炎症型对免疫治疗敏感，假胃型则因 FOSL2 上调 H+/K+ ATPase 塑造酸性微环境、抑制 CD8+ T 细胞而固有耐药，敲低 FOSL2 或使用临床在售酸抑制剂 vonoprazan 均可恢复免疫治疗敏感性。
Why it matters: 研究建立胃肿瘤多阶段染色质开放性图谱，识别出酸驱动免疫治疗耐药亚型并提示 vonoprazan 可作为逆转耐药的干预手段。
研究者基于 650 例胃组织样本构建染色质开放性图谱，发现化生阶段已出现类似癌的表观遗传启动状态，可许可肿瘤发生。晚期胃癌分为三种表观基因组亚型，其中假胃型亚型通过 FOSL2 驱动 H+/K+ ATPase 表达酸化微环境，抑制 CD8+ T 细胞，酸阻断剂 vonoprazan 可逆转该免疫耐受表型。
Why it matters: 原文把染色质层面的亚型与微环境酸度和免疫治疗耐受连成一条机制链，并指出 vonoprazan 可逆转耐受表型，提示已有药物可作为干预候选。
Porat等发现线粒体DNA是哺乳动物细胞表面的组成成分，并构建细胞表面ATAC-See方法对其进行检测。在人和小鼠原代B细胞及单核细胞表面，该细胞外DNA由分泌型核酸酶DNASE1L3清除，其水平失调与自身免疫相关。
Why it matters: 原文将线粒体DNA定位到哺乳动物细胞表面并关联到自身免疫，可为DNASE1L3缺陷相关自身免疫病的机制研究提供新方向。
Molecular Cell 发表的研究（DOI: 10.1016/j.molcel.2026.09.032）发现，表观遗传酶 KDM4C 与 SETD2 直接控制 MYC 局灶性过度复制与扩增的起始和演进：H3K4 甲基化通过 H3K9/K36 三去甲基酶 KDM4C 启动 MYC 扩增，而 H3K36 三甲基转移酶 SETD2 限制拷贝数增加。
Why it matters: 原文用遗传和药理实验给出染色质-凋亡轴控制 MYC 扩增起始与演进的直接证据，并提示 KDM4C 抑制可限制 MYC 扩增型肿瘤。
Nature发表的研究显示，预先经历2型炎症（巴西日圆线虫感染）的小鼠在4-6周后接受致死性H1N1流感攻击时全部存活，对照组在第5-6天全部死亡。保护与病毒载量或T细胞应答无关，由神经-气道相关巨噬细胞（NAM）介导的疾病耐受驱动；NAM-DTR小鼠和过继转移实验证明NAM是必要且充分的，IL-4-STAT6-PPARγ与ARG1染色质程序是其表观遗传印记。
Why it matters: NAM-DTR小鼠和过继转移实验直接证明NAM巨噬细胞是致死性流感耐受的必要充分条件，机制定位在IL-4-STAT6-PPARγ和ARG1染色质程序。