增强子–启动子通讯、相分离、三维基因组与转录调控的机制研究。
在急性早幼粒细胞白血病中，转录因子EBF3基因存在复发性杂合功能缺失突变，看似是肿瘤抑制基因，但对白血病生存却至关重要。研究发现，PML::RARA融合癌蛋白通过p300依赖性内含子增强子激活EBF3表达，但EBF3过量又会抑制增殖；患者突变通过杂合失活将EBF3活性优化在两端适应性约束的区间内。p300抑制可通过将EBF3压制至存活阈值以下来利用此约束。
推荐理由：研究通过急性早幼粒细胞白血病模型，解释了为何一个看似肿瘤抑制基因的突变反而标记了癌细胞依赖的基因，并指出p300抑制可能利用这种剂量约束。
研究鉴定了介导激活诱导脱氨酶染色质招募及其停滞聚合酶II底物生成的分子因子和机制。这些发现揭示了体细胞超突变过程中的关键调控环节。
推荐理由：研究揭示了体细胞超突变中关键酶招募和底物生成的分子机制，为理解抗体多样性提供了新视角。
通过对28,279名多人群个体进行GWAS分析，研究发现BACH2通过限制NRF2介导的γ-珠蛋白基因转录激活来抑制胎儿血红蛋白表达。功能实验证实BACH2缺失可增强NRF2在γ-珠蛋白启动子和LCR区域的染色质占据，诱导HbF表达。该机制独立于已知的BCL11A通路，为血红蛋白疾病治疗提供了新靶点。
推荐理由：研究通过多人群GWAS和功能实验揭示了BACH2-NRF2轴调控胎儿血红蛋白的新机制，为镰状细胞病和β地中海贫血提供了潜在治疗靶点。
研究发现组蛋白阅读器MLLT1和MLLT3通过相分离机制在基因组特定位点富集激活诱导胞苷脱氨酶（AID），从而调控抗体基因的体细胞超突变和类别转换重组。实验表明MLLT1/3缺失会损害AID的基因组定位和功能，而相分离能力是这一过程的关键机制。
推荐理由：研究揭示了组蛋白阅读器通过相分离机制调控AID靶向特异性的分子机制，为理解抗体多样性和淋巴瘤发生提供了新视角。
研究通过单细胞精子基因组测序直接测量了人类 17q21.31 位点 H1 和 H2 单倍型之间的重组率，发现单交换事件几乎完全被抑制，但基因转换或双交换事件的发生率超过基因组平均水平。在 All of Us 基因组中鉴定出 99 种不同的 H1-H2 重组单倍型，并利用大型亲本-胚胎数据集发现 H2 可加性增加女性染色体交叉率。祖先重组图将 H1-H2 基因流动定年至约 10-50 万年前。
Dorsal 转录因子在携带多个结合位点的基因处形成簇，该过程对活体果蝇胚胎的存活至关重要。这些簇并非开启基因，而是增强已激活基因的表达输出。这一发现挑战了关于生物分子凝聚体如何控制转录的主流观点。
推荐理由：热度：2 个信源报道同一事件
研究发现药理学抑制SWI/SNF ATPase活性或髓系细胞特异性敲除Arid1a可抑制肿瘤生长并增强检查点阻断疗效。单细胞分析显示SWI/SNF抑制降低了TAMs中与不良预后相关基因（如Spp1）增强子的可及性，增加了干扰素刺激基因启动子的可及性。增强的免疫治疗反应依赖于ARID1A缺陷TAMs上CD86的表达和CD8+ T细胞。
推荐理由：研究通过药理学抑制和基因敲除两种方法验证了靶向巨噬细胞染色质重塑可增强免疫检查点阻断疗效，并揭示了CD86共刺激的关键作用。
研究通过长短读长全基因组测序在47个正常组织和168个样本中鉴定出普遍存在的嵌合结构变异，中位影响285.2 kb/基因组。近半数断点被独立验证，且8.3%的变异与功能元件重叠。研究还开发了仅用短读长测序检测重复元件改变的方法，并在15种癌症类型中分析了肿瘤特异性重复变异，发现其规模与正常组织嵌合变异相似。追踪cfDNA中的重复变化为肿瘤监测提供了无创方法。
推荐理由：研究将正常组织中的重复元件结构变异与肿瘤样本进行比较，为利用液体活检进行肿瘤监测提供了方法学参考。
研究利用292名供体的单倍型分辨长读长基因组组装，解析了HERV-K(HML-2)内源性逆转录病毒原病毒的结构变异和编码能力。发现多个先前认为固定的位点实际存在结构多态性，包括13个位点存在串联阵列（最多含6个原病毒拷贝），并在8q11.23发现一个新全长原病毒。标准参考基因组未能代表许多个体中保留的编码能力，短读长基因分型在病毒阅读框相关位点有32.5%的供体-变异对无法解析。
推荐理由：通过长读长测序揭示了标准参考基因组未能充分代表的人类内源性逆转录病毒结构多态性，为相关疾病研究提供了更精确的遗传背景。
研究发现肿瘤诱导的抑制性中性粒细胞依赖mSWI/SNF染色质重塑维持其病理状态。两种口服mSWI/SNF ATP酶拮抗剂（降解剂和催化抑制剂）在PD-1阻断耐药的同系肿瘤模型中实现免疫依赖性肿瘤控制，并增强检查点疗法疗效。
推荐理由：研究揭示了抑制性中性粒细胞依赖的染色质可塑性靶点，并展示了两种口服小分子在PD-1耐药模型中的协同潜力。
研究构建了一个包含21种成人组织、459,856个单核转录组和染色质可及性图谱，识别了超过100万个候选顺式调控元件及其与基因的关联。图谱揭示了细胞身份主导、组织环境微调的调控模式，并基于此训练了序列功能模型来预测548,656个精细定位变体的染色质可及性效应。
推荐理由：该图谱整合了21种成人组织的多组学数据，为解析非编码遗传风险提供了细胞类型特异性的调控框架。
预印本研究系统比较 ChIP-seq 和 CUT&Tag 在 K562 和 MCF-7 细胞系中多种组蛋白标记的检测差异。分析表明 CUT&Tag 在低 GC 区域灵敏度有限，而在高可及性染色质中信号增强；在活性基因体和 Polycomb 抑制域中分别丢失 H3K36me3 和 H3K27me3 信号。启动子区域差异与 GC 含量和染色质可及性系统相关。
结合 micro-C 和成像数据的模拟揭示了从核小体到簇再到结构域的染色质组织一致性视图。结果显示，大多数常染色质区域形成紧凑结构域，但短调控元件高度暴露于表面。该研究为理解染色质三维组织提供了新视角。
逆转录转座子可通过一种不依赖典型包膜蛋白的机制感染邻近细胞。该机制利用一种小型类融合蛋白介导细胞间的直接传播。这一发现揭示了逆转录因子横向传播的新途径。
研究发现TRAM蛋白能够促进原myddosome从TLR-TIRAP复合体中释放，形成胞质myddosome并维持持久信号转导。通过CRISPR筛选和生化实验证实TRAM缺失导致MyD88复合体滞留于细胞膜，信号提前终止。该机制区别于TRAM在TRIF通路中的已知功能，为炎症疾病治疗提供新方向。
推荐理由：研究揭示了TRAM在Toll样受体信号通路中促进myddosome成熟的新机制，为炎症和免疫调节提供了潜在靶点。
研究发现连接组蛋白 H1.0 通过多条途径装载到核小体上。H1.0 可直接结合核小体和 DNA，而 DNA 结合的 H1.0 具有流动性但不会装载到核小体上。组蛋白伴侣通过增强 H1.0 与核小体的结合、提高其流动性以及通过 DNA 滑动机制来促进 H1.0 的装载。
研究通过发现和验证队列分析了10种癌症类型，发现每种癌症都存在一组与免疫检查点抑制剂（ICI）治疗后生存改善相关的染色质调节因子（CR）基因突变。跨癌种存在一组复发性CRs与ICI疗效改善相关，且多个CR突变共现可进一步改善生存。CR突变组肿瘤突变负荷（TMB）更高，肿瘤微环境存在癌种特异性差异。
推荐理由：研究识别了多个癌种中与免疫检查点抑制剂疗效改善相关的染色质调节因子突变组合，为生物标志物开发提供线索。
Cohesin 在细胞分裂过程中的保留对于组织相关基因的转录再激活具有关键作用。研究人员通过体内标记、细胞周期同步和急性蛋白耗竭等方法，揭示了 cohesin 在分裂期退出时首先接触染色质的行为。该发现阐明了 cohesin 在转录调控中的一个新机制。
项洋等人鉴定出ECAS染色质相关复合物，该复合物将延伸模块与剪接体相关内含子结合复合物耦联。AQR/XAB2依赖的ECAS功能驱动RNA聚合酶II的延伸、新生RNA加帽及共转录剪接，并在MLL重排白血病起始、维持及白血病干细胞功能中起关键作用。
推荐理由：研究将转录延伸与RNA剪接功能耦联于一个复合物，为理解白血病发生提供了新的分子机制视角。
Gao 等人揭示临床药物 5-氮杂胞苷通过耗竭 RNA 上的 5-甲基胞嘧啶诱导转录抑制，而非仅作为 DNA 去甲基化剂。m5C 的缺失破坏了 MBD6 介导的 H2AK119ub 去除和 SRSF2 介导的 H3K27ac 沉积，从而通过细胞周期紊乱和 DNA 修复缺陷引发白血病细胞死亡。
推荐理由：研究揭示了 5-氮杂胞苷通过 RNA m5C 耗竭而非仅通过 DNA 去甲基化发挥作用的机制，为理解其细胞毒性提供了新视角。