转录暂停与延伸调控因子介导体细胞超突变
该研究发现转录暂停因子 NELF、SEC 组分 MLLT1/MLT3 及 INT-PP2A 是体细胞超突变（SHM）所必需的，NELF 缺失时 AID 虽能被招募至染色质却无法对靶标脱氨。
推荐理由：该研究把 NELF-PolII 转录暂停与 AID 介导的体细胞超突变直接关联，给出了抗体亲和力成熟中 AID 底物来源的机制解释。
表观遗传
全部主题染色质修饰、Polycomb/SWI-SNF 复合物与表观药物。
36条精选相关主题染色质与 3D 基因组肿瘤原始研究
最新精选
第 1–20 条 · 共 36 条顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分7070 bioRxiv Genomics精选评分4545 遗传风险与炎症信号汇聚于1型糖尿病的细胞类型特异性调控程序
研究者整合人胰岛表观基因组、GWAS及PANC-DB数据，应用ChromBPNet与转录因子足迹分析，鉴定出多个1型糖尿病相关SNP可改变β细胞等细胞类型特异性增强子处的染色质可及性与转录因子结合。这些发现将遗传风险与细胞内在调控程序关联，为机制研究提供候选靶点。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5858 肿瘤抑制基因样突变标记白血病中剂量约束的依赖性
在急性早幼粒细胞白血病中，转录因子EBF3基因存在复发性杂合功能缺失突变，看似是肿瘤抑制基因，但对白血病生存却至关重要。研究发现，PML::RARA融合癌蛋白通过p300依赖性内含子增强子激活EBF3表达，但EBF3过量又会抑制增殖；患者突变通过杂合失活将EBF3活性优化在两端适应性约束的区间内。p300抑制可通过将EBF3压制至存活阈值以下来利用此约束。
推荐理由：研究通过急性早幼粒细胞白血病模型，解释了为何一个看似肿瘤抑制基因的突变反而标记了癌细胞依赖的基因，并指出p300抑制可能利用这种剂量约束。
Nature精选评分6161 TBK1/ULK1信号轴将溶酶体应激与TFEB激活相偶联
通过溶酶体的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析，研究发现了一条不依赖营养的mTORC1信号调控通路，介导溶酶体对压力的适应，其失调是滤泡淋巴瘤发生的基础。
推荐理由：研究揭示了溶酶体应激通过TBK1/ULK1信号轴激活TFEB的机制，为理解滤泡淋巴瘤发生提供了新的分子基础。
Nature精选评分7474 组蛋白阅读器MLLT1和MLLT3通过相分离机制富集AID赋予位点特异性
研究发现组蛋白阅读器MLLT1和MLLT3通过相分离机制在基因组特定位点富集激活诱导胞苷脱氨酶（AID），从而调控抗体基因的体细胞超突变和类别转换重组。实验表明MLLT1/3缺失会损害AID的基因组定位和功能，而相分离能力是这一过程的关键机制。
推荐理由：研究揭示了组蛋白阅读器通过相分离机制调控AID靶向特异性的分子机制，为理解抗体多样性和淋巴瘤发生提供了新视角。
bioRxiv Cancer Biology精选评分7070 RNA 剪接因子突变通过毒害蛋白复合物驱动髓系肿瘤发生
研究对 62 名髓系肿瘤患者和 20 名健康供体进行长/短读长单细胞转录组（10X-ONT，n=21）和免疫表型分辨的低细胞蛋白质组分析，发现剪接因子突变在造血分化过程中以突变特异性方式使蛋白质-转录组动态解耦。
推荐理由：研究结合长读长单细胞转录组和低细胞蛋白质组，揭示了剪接因子突变通过毒害蛋白复合物驱动肿瘤发生的新机制。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5858 胰腺癌表观遗传进展涉及亚型中间祖细胞的替代谱系重编程路径
研究通过单细胞 ATAC-seq 和 RNA-seq 分析 39 例患者的 33 个原发肿瘤和 7 个转移灶，发现 GATA6+/KRT17+ 共可及性标识的经典-基底亚型中间祖细胞状态（SIP）与较好临床结局相关。
推荐理由：通过单细胞表观基因组分析揭示了胰腺癌进展中不同的谱系重编程路径及其与临床预后的关联。
Nature Genetics精选评分4646 CCNB1IP1 调控进化是灵长类皮质尺寸与折叠逐渐增加的基础
研究人员通过树鼩进行多物种比较，发现 CCNB1IP1 基因表达的进化改变与灵长类大脑皮质的扩张和折叠相关。研究进一步探讨了 CCNB1IP1 可能通过顺式调控和分子机制影响这些过程的途径。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5555 联合KL-50与belinostat治疗高级别IDH突变胶质瘤的临床前研究
研究在IDH突变胶质瘤患者来源模型中评估新型DNA交联剂KL-50单药及与组蛋白去乙酰化酶抑制剂belinostat联用的效果。MMR缺陷使TMZ耐药性增加2.2-30.4倍，而KL-50在部分MMR缺陷模型中保持抗增殖活性并增强细胞毒性。
推荐理由：研究在MMR缺陷模型中验证了KL-50单药活性，并发现与belinostat联用可协同下调DNA修复通路和PKMYT1表达。
bioRxiv Cancer Biology精选评分4747 低剂量多柔比星通过 Caveolin-1 依赖性途径驱动乳腺癌细胞上皮化作为癌症可塑性机制
低剂量多柔比星可诱导间充质样 MDA-MB-231 乳腺癌细胞发生上皮化转变，表现为 Caveolin-1 和 E-钙黏蛋白表达增加以及细胞形态更为紧密。该处理还导致脂锚定 GFP-tH 探针从质膜向胞质重分布，并伴随自噬体积累和自噬流受损。这些发现揭示了低剂量化疗药物在表型重编程过程中对质膜组织、上皮可塑性和自噬的广泛重塑作用。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5454 转录网络揭示小细胞肺癌的肿瘤可塑性
研究利用单细胞多组学解析小细胞肺癌的细胞状态，发现一个中间状态是神经内分泌向非神经内分泌谱系转换的必经之路。通过构建布尔贝叶斯模型 BoBa-T，鉴定出 RORB 是神经内分泌状态的守门因子，其失活可驱动细胞进入中间状态并上调免疫相关程序，在免疫健全宿主中抑制肿瘤生长。
推荐理由：研究通过单细胞多组学构建了布尔贝叶斯模型来预测转录因子网络，为理解小细胞肺癌的可塑性提供了可迁移的分析方法。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6464 m6A驱动的瘤内胆固醇生物合成促进去势抵抗性前列腺癌进展
研究发现METTL3与核孔蛋白NUP93相互作用，介导m6A修饰mRNA的核输出，功能耦联胆固醇生物合成，从而促进去势抵抗性前列腺癌进展。过表达野生型METTL3或NUP93可提高细胞内雄激素水平并激活AR信号，而METTL3的药理学抑制或靶向去甲基化可抑制CRPC恶性表型。
推荐理由：研究通过功能丧失和功能获得实验验证了METTL3-NUP93轴的具体作用，并展示了药理学抑制的潜在治疗前景。
bioRxiv Genomics精选评分4242 整合Nanopore与Illumina测序揭示酵母中与年龄相关的tRNA修饰及CCA尾动态
一项结合Nanopore直接RNA测序（RNA004化学）和Illumina测序的研究，在酿酒酵母复制性衰老过程中以单分子分辨率揭示了tRNA组的动态变化。研究发现，尽管tRNA总体丰度基本稳定，但存在与年龄相关的成熟tRNA 3‘端CCA尾末端A碱基切割、T环和反密码子区修饰改变，以及单分子水平上的修饰共现证据。该数据集为探索tRNA调控、翻译保真度与长寿机制提供了资源。
bioRxiv Genomics精选评分4848 Deconvolution of HIV-1 Mutational Signatures Reveals Dominant and Donor-Specific APOBEC3-Associated Mutagenesis Across Anatomical Compartments
对来自 Last Gift 快速尸检项目中 21 名 HIV 感染者的血液、脾脏、肠道和脑组织样本分析显示，APOBEC3 相关的突变特征占所有 HIV-1 env DNA 序列突变的约 50%。
Nature Biotechnology精选评分6161 光不稳定寡核苷酸结合拓扑光梯度实现空间分辨的单细胞转录组与表观基因组分析
研究团队开发了 scSTAMP-seq 方法，利用光不稳定寡核苷酸和数字微镜器件产生的拓扑光梯度，在单细胞水平上实现 mRNA、DNA 可及性和 DNA 甲基化的空间解析。该方法在人类 iPSC 来源的胃泌样体中验证了 CDX2、SOX17 等谱系标记基因的空间表达模式，并分析了染色质调节因子的分布。数据已存入 GEO（GSE237524），代码开源在 GitHub。
推荐理由：该方法通过光控寡核苷酸和拓扑光梯度实现了单细胞水平上转录组和表观基因组的同时空间解析，为研究组织发育和疾病机制提供了新工具。
Molecular Cell精选评分4949 连接组蛋白 H1.0 通过组蛋白伴侣介导的多条途径装载到核小体上
研究发现连接组蛋白 H1.0 通过多条途径装载到核小体上。H1.0 可直接结合核小体和 DNA，而 DNA 结合的 H1.0 具有流动性但不会装载到核小体上。组蛋白伴侣通过增强 H1.0 与核小体的结合、提高其流动性以及通过 DNA 滑动机制来促进 H1.0 的装载。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分6262 视黄酸自调控环路调控前额叶-运动皮层区域化
研究定义了发育中人前额叶皮层中的视黄酸相关基因调控网络，发现MEIS2是该网络的关键枢纽。小鼠中条件性敲除Meis2导致前额叶区域部分重编程为运动皮层样特征，同时视黄酸合成酶ALDH1A3表达和信号传导显著减少。这些发现揭示了RA→MEIS2→ALDH1A3→RA的自调控环路，该环路强化前额叶富集的视黄酸梯度并组织运动-前额叶轴。
推荐理由：研究揭示了视黄酸信号在前额叶皮层发育中的自调控环路机制，为理解神经精神疾病提供了新的分子基础。
Cell精选评分3535 RNA磷酸骨架表观转录组学：天然RNA硫代磷酸酯及其写入机制的发现
研究在厌氧古菌中发现了天然RNA硫代磷酸酯，这是一种RNA磷酸骨架的立体特异性修饰，将表观转录组的范围扩展到了碱基和核糖修饰之外。Esti酶将这些修饰安装于保守的rRNA和tRNA热点区域，这些对环境敏感的标记能稳定tRNA并在高温下支持细胞生长。
Molecular Cell精选评分5050 Cohesin 在细胞分裂中的保留通过 Cdk9 介导的 RNAPol2 激活促进转录重启
Cohesin 在细胞分裂过程中的保留对于组织相关基因的转录再激活具有关键作用。研究人员通过体内标记、细胞周期同步和急性蛋白耗竭等方法，揭示了 cohesin 在分裂期退出时首先接触染色质的行为。该发现阐明了 cohesin 在转录调控中的一个新机制。
顶刊论文（社媒热度 · Vault）精选评分6060 5-氮杂胞苷通过耗竭染色质相关 RNA 的 5-甲基胞嘧啶诱导白血病细胞毒性
研究发现 5-氮杂胞苷（5-azaC）通过优先掺入 RNA 并耗竭染色质相关 RNA（caRNA）上的 5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰，诱导白血病细胞死亡。机制上，m5C 耗竭破坏了 MBD6 介导的 H2AK119ub 去泛素化，并损害 SRSF2 招募及 p300 介导的 H3K27ac 沉积，导致细胞周期和 DNA 修复相关基因转录抑制。
推荐理由：研究揭示了 5-氮杂胞苷通过耗竭染色质相关 RNA 上的 m5C 修饰诱导白血病细胞死亡的新机制，为理解其临床作用提供了额外视角。