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顶刊论文(社媒热度)· Cell·· 15 小时前精选评分83

类器官异质性的波动测试

A fluctuation test for gastruloid heterogeneity.

导读

研究者从单个小鼠胚胎干细胞构建单克隆类器官,利用 DNA Typewriter 谱系记录器揭示类器官异质性源于诱导前的可遗传表观遗传波动。紧密相关的创始细胞产生表型更相似的类器官,且在印记基因等甲基化敏感位点存在隐性的基因表达与染色质可及性差异。

深度解读

在相同条件下并排生长的类器官之间仍会出现难以预测的差异,这是领域内长期的应用障碍:脑类器官兴起之初的综述就指出,变异性与结构不可复现限制了其成为研究人脑发育和疾病的可靠工具 [1],近年的综述也仍把变异与成熟不齐列为iPSC来源类器官走向临床前应用的主要瓶颈 [6]。既有的应对大体沿两条路径:一是刻画变异来源,例如对21个背侧前脑类器官、共166,242个细胞的单细胞测序显示,95%的类器官产生的细胞类型组合几乎无法区分 [2],肾脏类器官的转录变异则主要与批次和成熟进度相关 [3];二是以工艺压制变异,如挤出式生物打印可获得细胞数与构型高度一致的肾脏类器官 [5]。但一个根本问题悬而未决:条件一致时的类器官间差异,究竟是培养过程诱导的,还是从起点就继承下来的?

新报道的工作在原肠胚类器官(gastruloid)上回答了这个问题。研究者借鉴经典波动试验的逻辑,以平行培养物之间的差异格局来区分变异是预先随机发生还是环境诱导,并将这一思路移植到由单个干细胞起始培养的类器官体系。结果显示,类器官间的变异性大部分是继承而来而非诱导产生,并且可以追溯到奠基细胞自身状态的波动。这项工作背后的研究在单克隆原肠胚类器官中开展谱系记录,证实可遗传的异质性源自奠基小鼠胚胎干细胞中预先存在、可遗传的状态波动 [7],且这些波动会在多次细胞分裂后继续塑造后代细胞的命运 [8]。

这一结论把讨论焦点从工艺端推向了起点。以往关于变异来源的证据多指向外部或过程性因素,如批次效应与成熟不同步 [3]、手动操作带来的通量与一致性限制 [5];肠道类器官的研究虽已证明均一环境中的细胞可凭借YAP1表达的细胞间差异启动对称性破缺、自组织出隐窝绒毛等不对称结构 [4],但那是发育过程中才出现的细胞间差异,而新工作把异质性的源头定位到单个奠基细胞的初始状态。两相对照,其推进在于提示:变异未必是养出来的,而可能是带来的,单纯优化培养条件未必能消除它。

当然,消息本身并未触及这些状态波动的分子基础,也没有给出干预手段;以小鼠胚胎干细胞体系得到的结论能否推广到人源脑、肾等类器官,仍是后续需要回答的问题。

推荐理由

该研究用单克隆类器官和谱系记录器揭示了干细胞内在表观遗传波动决定命运偏向,为类器官异质性提供新解释。

来源:顶刊论文(社媒热度) · doi.org

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