工程化病毒样颗粒实现活细胞转录组学分析
Najia等人开发出“细胞自我报告”技术，利用工程化病毒样颗粒从活细胞中输出mRNA等分子分析物。该技术通过对细胞培养基进行采样，实现了对活细胞进行纵向、全转录组范围的基因表达分析。这一平台克服了传统转录组学方法的破坏性，能够原位揭示复杂生物系统中的基因表达动态。
#单细胞/空间组学
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今日 0 条Cell评分4444 Cell评分5454 跨物种纹状体单细胞图谱揭示细胞类型与亚区疾病易感性
研究通过人和小鼠纹状体的单核 RNA 测序与空间验证，定义了跨细胞类型、亚区和物种的神经元特化原则。这些发现为理解细胞和亚区分辨率下对脑功能与疾病的贡献奠定基础，包括成瘾风险、抗精神病药物反应、亨廷顿病易感性及药理学相关物种差异。
Cancer Discovery精选评分6161 ORION-FISH 整合空间蛋白与染色体状态揭示浆液性卵巢癌早期拷贝数变化
研究者开发了 ORION-FISH 方法，整合高plex组织成像与DNA-FISH工作流程，可在完整组织中同时检测染色体拷贝数变异和蛋白定义的细胞状态。应用于高级别浆液性卵巢癌及其前体病变，该方法揭示了MYC和CCNE1拷贝数增益的亚克隆异质性，以及这些变化与特定免疫微环境的关联。
推荐理由：该方法在保留组织架构的同时整合了多组学信息，可用于研究其他肿瘤类型的早期基因组进化与微环境相互作用。
顶刊论文（社媒热度）评分5050 Bonsai：一种重建树状表示以无失真可视化和探索高维数据的方法
Bonsai 是一种重建高维对象最可能树状关系的方法，可处理任意异质性测量噪声。它自动正则化噪声，准确恢复分化轨迹，保留高维距离并改善最近邻识别。应用于血细胞数据时，Bonsai 不仅准确恢复了已知谱系关系，还发现了一种源自髓系谱系的自然杀伤细胞亚型，并识别出区分髓系 NK 与淋巴系 NK 细胞的基因。
文献与产业新闻评分4343 单细胞 RNA 测序揭示 PDAC 肥大细胞免疫抑制程序：肿瘤驱动的活化、增殖及与 Treg 募集的关联
整合多套 scRNA-seq 数据分析显示，PDAC 组织中肥大细胞可分为静息、活化与增殖三种亚群，体外共培养证实胰腺癌细胞可驱动其活化与增殖。活化肥大细胞通过 MIF–(CD74/CXCR4) 信号轴与调节性 T 细胞（Treg）优先互作，伴随 Treg 扩增及高度活化免疫抑制表型。空间转录组与免疫荧光验证两者空间邻近，MC-Treg 特征基因高表达与患者不良预后相关。
文献与产业新闻评分4343 3D打印Cu-Mn金属平台通过双重代谢检查点阻断重塑肿瘤生态系统诱导系统性抗肿瘤免疫
研究人员开发了一种3D打印纳米多孔Cu-Mn合金（CuMn）金属平台，通过持续瘤内释放Mn²⁺并递送果糖激酶抑制剂，协同重编程肿瘤细胞糖酵解与肿瘤相关巨噬细胞的果糖代谢。在双侧乳腺癌模型中，单次瘤内植入该平台可抑制原发肿瘤生长并根除远端未治疗病灶，伴随巨噬细胞重编程与T细胞耗竭缓解。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7070 全基因组 perturb-seq 解析原代人 CD4+ T 细胞情境特异调控网络
研究人员在来自四位供者的 2200 万原代人 CD4+ T 细胞中对所有表达基因进行扰动，并在静息与刺激两种条件下用基于探针的 perturb-seq 平台测量转录组效应。
推荐理由：在原代人 CD4+ T 细胞上完成全基因组扰动并比较静息与刺激条件下的转录效应，可作为解码 T 细胞功能与自身免疫位点的参考资源。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6464 脑血管周巨噬细胞通过 cMAF 依赖的转录程序调控小鼠与人内皮细胞功能
该研究通过单细胞多组学与功能实验确定 cMAF 是脑血管周巨噬细胞的关键转录因子，条件性敲除会破坏其表型并引起脑动脉转录改变。cMAF 驱动 IGF1 表达以维持与脑内皮细胞通讯，该程序在小鼠与人之间保守。阿尔茨海默病中该程序上调但在 APOE4 携带者中消失，未表征的 cMAF 多态性对 AD 具有保护效应。
推荐理由：原文在单细胞多组学基础上明确 cMAF 是脑血管周巨噬细胞的关键转录因子，并指出该程序在阿尔茨海默病 APOE4 携带者中被削弱，为 AD 血管机制提供可直接比较的对照。
中文产业新闻精选评分7070 Cell新方法Spatial Hi-C-RNA在组织原位同时读取三维基因组与全转录组
《Cell》发表论文Integrative spatial profiling of 3D genome organization and gene expression in tissue。
推荐理由：把3D基因组结构与全转录组在同一组织原位同时读出，相比单独的空间转录组或单细胞Hi-C是方法层面的并行扩展。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7373 兴奋性神经元中异常表达的 ERBB4 驱动阿尔茨海默病病理
在小鼠阿尔茨海默病模型中，单核 RNA 测序发现一类早期响应的兴奋性神经元异位表达 ERBB4，是 AD 早期主要改变之一。在兴奋性神经元中条件性敲除 Erbb4 可减轻突触丢失、反应性胶质增生、淀粉样斑块沉积和认知缺陷；在野生型神经元中过表达 Erbb4 则在不出现淀粉样斑块的情况下重现 AD 样表型，该过程依赖下游 mTOR 信号。
推荐理由：论文在小鼠模型与人类 AD 转录组中提供 ERBB4 驱动兴奋性神经元异常并连接淀粉样与 tau 病理级联的因果证据，为神经退行性疾病早期干预给出可检验的候选靶点。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6161 跨器官单细胞分析绘制高血压细胞图谱并体内验证非编码变异影响血压
该研究在血管紧张素 II 处理小鼠、Dahl 盐敏感大鼠和自发性高血压大鼠三种模型中，对六个器官/组织进行单细胞分析，鉴定出保守的血管平滑肌细胞程序和跨节段肾小管程序等与血压、肾损伤相关的基因程序。
推荐理由：提供了三种动物模型、六个器官的高血压单细胞图谱，并在体内用基因编辑验证非编码变异 rs28451064 对血压的功能性影响，可作为该领域可复用的细胞资源。
顶刊论文（社媒热度）评分5252 力学不稳定通过适应性不良免疫-纤维化轴抑制长骨再生
该研究构建了可调内固定的小鼠骨折延迟愈合模型，发现力学不稳定通过适应性不良的免疫-纤维化轴抑制长骨再生。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6262 成年猕猴生命周期多模态脑细胞图谱
Cell发表研究，构建23只雌性食蟹猴8个脑区共2,955,873个核的转录组与染色质可及性多模态图谱，覆盖成年生命周期。分析发现脑桥与延髓多细胞网络是此前未被识别的灵长类脑衰老热点，白质脆弱性是核心特征。整合人类脑衰老与神经退行性病变数据集后，定义了与长寿和神经退行性病变相关的转录因子与染色质重塑程序。
推荐理由：近三百万个核的多组学数据可作为研究灵长类脑衰老的参考基线，脑桥延髓被识别为此前未被关注的老化热点区域。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7070 Spatial Hi-C-RNA：在同一组织切片上同时绘制3D基因组与转录组图谱
Spatial Hi-C-RNA 是一种多模态平台，可在同一组织切片上以近单细胞分辨率同时绘制全基因组染色质接触与转录组图谱。在小鼠脑、发育胚胎和人黑色素瘤中，该方法生成与组织解剖结构吻合的多模态图谱，并揭示 A/B 区室、拓扑关联域与染色质环等多尺度特征与区域及细胞类型特异的转录程序相关。
推荐理由：该平台在同一组织切片上同时获得染色质接触与转录组数据，使原位结构功能关系研究不必再依赖解耦的实验。
顶刊论文（社媒热度）评分4848 Hi-Cformer 支持单细胞 Hi-C 数据多尺度染色质接触图建模分析
Hi-Cformer 是基于 Transformer 的方法，通过专门注意力机制同时建模单细胞 Hi-C 染色质接触图的多尺度块，从稀疏数据中学习稳健的低维细胞表征。该方法改善了细胞类型分离，并准确填补类 TAD 边界、A/B 区室等与细胞异质性相关的染色质相互作用信号。基于所学嵌入，可在数据集内和跨数据集场景下实现准确稳健的细胞类型注释。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6969 OneCell CUT&Tag 实现单细胞染色质、转录组与表面标志物同步检测并捕捉表观重编程
OneCell CUT&Tag 可在单细胞水平同步获得高分辨率表观基因组、全转录组与表面标志物数据，起始量低至单个细胞，无需计算聚合为 metacell。原文展示了乳腺基底细胞的表观预激活、基底到腔上皮转分化过程中表观与转录重塑的不同步性，以及 H3K27me3 在合子表达程序中的作用。DOI: 10.1038/s41587-026-03259-1
推荐理由：该方法将染色质、转录组与表面标志物的联合测量起始量降至单个细胞且无需 metacell 聚合，为稀有发育与疾病样本的多组学分析提供可迁移流程。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6969 皮层类器官中放射状胶质谱系进展出现时间解耦
研究人员将MADM（双标记马赛克分析）谱系示踪技术应用于小鼠胚胎干细胞来源的皮层类器官，发现其中放射状胶质祖细胞（RGP）缺乏在体条件下观察到的严格时间程序化谱系进展。
推荐理由：对依赖类器官模拟皮层发育的工作，原文给出在体与体外谱系进展的直接差异，可校准类器官模型的适用范围。
Cell评分4949 Integrative spatial profiling of 3D genome organization and gene expression in tissue
Spatial Hi-C-RNA 技术可同时从同一组织样本中绘制三维基因组结构和基因表达图谱。该技术揭示了空间基因组组织如何塑造细胞身份、发育及肿瘤演化，其提供的信息超出了仅凭转录组学所能捕获的范围。
文献与产业新闻评分5959 单细胞转录组驱动的级联响应水凝胶与仿生纳米细胞起搏器用于衰老骨修复
Gu HY 等在 Biomaterials 发表研究，以单细胞转录组识别出昼夜节律紊乱为衰老骨修复障碍的关键驱动，并设计仿生纳米细胞起搏器（AMC）配合 ROS 响应水凝胶。
顶刊论文（社媒热度）评分3535 骨淋巴管在骨骼健康与修复中的多模态证据
研究人员整合空间转录组学、scRNA-seq 与高分辨成像，在小鼠和人骨组织中鉴定出 Prox1+ 淋巴管内皮细胞（LECs），确立骨淋巴管为骨骼微环境的正向调控组分。分析表明骨膜仅含稀少 LECs，且部分小鼠模型灵敏度不足以检出骨淋巴管。该研究是对同期发表的 Meng 等（2026）Matters Arising 论文的回应。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7373 PD-1阻断通过释放局部HBV相关B细胞应答抑制肝细胞癌
该机制研究与NCT04615143二期围手术期抗PD-1试验并行，通过单细胞多组学与配对scRNA-seq/BCR-seq发现，PD-1阻断在乙肝相关肝细胞癌中可激活肿瘤三级淋巴结构内针对HBcAg的体细胞高突变B细胞应答。
推荐理由：原文用单细胞多组学与小鼠实验，揭示HBV相关HCC中抗PD-1疗效可由肿瘤内抗病毒B细胞应答介导，补充了以T细胞为主的传统认知。
文献与产业新闻精选评分7373 Bonsai：以最大似然树重建实现高维单细胞数据的无失真可视化与探索
Bonsai 是发表于 Nature Biotechnology 的贝叶斯方法，把单细胞表达数据用最大似然树表示且无需可调参数，配套网页工具见 https://bonsai.unibas.ch 。
推荐理由：原文给出 Bonsai 的概率模型、相对 UMAP/PHATE 的成对距离系统基准，并附带可复现的网络工具、配套代码与公开数据集。
文献与产业新闻精选评分6969 Nature Medicine：多组学图谱揭示重度抑郁症成年海马体神经发生失调
Nature Medicine发表一项研究，构建了迄今最大规模的成年人类海马体多组学图谱，在重度抑郁症中识别出神经发生、基因调控与神经环路的紊乱。分析揭示了与应激、细胞衰老和神经可塑性相关的分子通路，并提示潜在治疗靶点。DOI:10.1038/s41591-026-04571-8
推荐理由：原文给出迄今最大规模的成年人类海马体多组学图谱，读者可据此定位抑郁相关的分子通路与潜在靶点。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6060 胰腺导管腺癌细胞类型分辨转录组与患者生存的预后映射分析
该研究整合152例PDAC患者的单核RNA-seq（120万细胞）与空间转录组（310万细胞），构建细胞类型级转录组与总生存的预后图谱。团队开发交互平台ctPANDA供研究者查询细胞类型水平的预后信息，并发现PLOD2在8种细胞类型中高表达均提示预后不良，对应的概念验证PLOD2降解剂在体内可抑制PDAC进展。DOI：10.1016/j.ccell.2026.05.012。
推荐理由：将152例PDAC患者单核与空间转录组与生存数据整合，并公开ctPANDA交互平台，为靶点发现提供可直接复用的细胞类型级预后框架。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6060 Geneformer 引导多组学整合识别 Pbx1 为造血干细胞衰老网络枢纽
Science Advances 发表的研究用微调 Geneformer 结合单细胞转录组测序、表观遗传分析和转录因子筛选，识别 Pbx1 为造血干细胞衰老的关键调控因子。
推荐理由：原文展示微调 Geneformer 结合多组学识别造血干细胞衰老调控因子的流程，可作为类似深度学习模型在其他细胞衰老研究中迁移的方法参考。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6767 重度抑郁症中成人海马神经发生失调
未用药重度抑郁症（MDD）患者海马组织多组学分析显示，成人齿状回亚颗粒区的神经发生谱系在MDD中出现停滞。转录调控、应激相关重编程和干扰素信号在多个发育阶段参与失调，兴奋性与抑制性神经元转录因子网络异常，伴随细胞应激、兴奋-抑制失衡、突触可塑性受损、代谢能力下降和免疫激活，且与自身免疫、神经发育和神经退行性疾病存在机制重叠。DOI：10.1038/s41591-026-04571-8
推荐理由：原文在未用药MDD患者海马组织中整合多组学数据，为成人海马神经发生停滞提供了人类直接分子证据，可作为后续机制研究与靶点筛选的参考。
中文产业新闻评分6363 Nature Biotechnology 发表 OneCell CUT&Tag，可从单细胞同时检测染色质修饰与转录组
Nature Biotechnology 发表 OneCell CUT&Tag 方法，可从低至 1 个细胞同时获取组蛋白修饰、全长转录组和细胞表面标志物信息。标题指出，在细胞身份判定中，研究者通常依赖 RNA 表达，而该方法显示在细胞命运转换过程中染色质变化可能先于 RNA 表达变化。
中文产业新闻精选评分7171 Science发表高血压跨器官单细胞图谱，绘制65.8万细胞解析系统性病变
Science发表的一项研究在3种高血压动物模型中，对6个器官或组织开展单细胞与多组学测序，并整合人类GWAS与基因组编辑数据，从细胞层面拆解高血压这一系统性疾病。
推荐理由：跨器官单细胞图谱把动物模型多组学与人类GWAS放在同一坐标系里，读者可据此在细胞类型层面定位高血压相关信号。
顶刊论文（社媒热度）评分5656 研究整合 24 个脊椎动物物种单细胞图谱，揭示视网膜无长突细胞多样性的深层进化根源
研究者整合 24 个脊椎动物物种的单细胞与单核转录组图谱，鉴定出 42 种正交无长突细胞（AC）类型，多数在羊膜动物乃至脊椎动物间呈一一对应关系，分子核心特征保守但丰度与表达存在物种差异。
顶刊论文（社媒热度）精选评分8181 CD40+MHC-II+ 星形胶质细胞通过抗原提呈促进中枢神经系统自身免疫
本研究通过狂犬病毒条形码相互作用检测、单细胞 RNA 测序、体外共培养及体内细胞特异性 CRISPR-Cas9 遗传扰动等方法，发现表达 CD40 和 MHC-II 的星形胶质细胞通过与 CD4+ T 细胞直接互作，增强 EAE 小鼠模型中致病性 Th17 反应。
推荐理由：该研究在 EAE 小鼠模型和多发性硬化样本中确认 CD40+MHC-II+ 星形胶质细胞通过抗原提呈促进 CNS 自身免疫，为后续靶点筛选和干预策略提供了机制参考。
顶刊论文（社媒热度）评分4444 空间多组学描绘结直肠癌微转移复发播散图谱
Liu et al. 在 Cancer Cell 报道，利用空间多组学绘制结直肠癌原发灶及配对肝、肺转移灶的微转移图谱。发现肝微转移为早期演化、干细胞样且免疫抑制的残留病灶状态，并与一个六基因复发签名相关。
Cell评分4949 跨越成年猕猴寿命的多模态脑细胞图谱
一项研究构建了包含295万个细胞核的多模态单核图谱，覆盖八个猕猴脑区并横跨整个成年寿命期。该图谱揭示了衰老过程中脑细胞存在区域特异性和共享的脆弱性模式。这一框架为剖析灵长类大脑衰老、长寿和神经退行性变的分子程序提供了基础。
中文产业新闻评分6161 Nature Biotechnology：单核多模态空间转录组技术解析肿瘤新抗原与T细胞原位互作
Nature Biotechnology发表一种单核多模态空间转录组技术，可在同一组织切片同步完成肿瘤体细胞突变分型、全转录组与TCR全长克隆测序，保留原位空间信息，用于解析肿瘤新抗原与同源CD8⁺ T细胞的空间互作。
中文产业新闻评分6464 Nature论文用双色谱系标记在单克隆精度追踪脑类器官发育，发现体外时序与体内不一致
生物谷报道Nature一项研究用双色标记在单克隆精度下追踪人脑类器官中放射状胶质前体细胞（RGP）的增殖分化，发现体外皮层类器官的发育时序与活体大脑并不一致，为评估脑类器官作为神经发育模型的时序参考价值提供了直接证据。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7575 化学诱导皮肤肿瘤主要起源于上毛囊 Lgr6+/Lrig1+ 长寿命干细胞
化学诱导皮肤肿瘤主要起源于上毛囊的 Lgr6+ 和/或 Lrig1+ 长寿命干细胞，而非 Lgr5+ 或 Krt19+ 毛囊膨隆部干细胞。
推荐理由：用谱系示踪与单细胞转录组组合锁定化学诱导皮肤肿瘤的细胞起源，并揭示Hras与Kras通路在克隆选择中的竞争关系，为细胞起源研究提供可迁移的多组学范式。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7474 ALS 运动神经元在死亡前进入一种疾病关联的新细胞状态
研究人员在 SOD1-G93A 小鼠模型中纵向追踪脊髓运动神经元的单核转录组与染色质可及性，并结合空间转录组，发现易感α运动神经元在死亡前进入一种新转录状态，称为疾病关联运动神经元（DMs）。研究进一步刻画了驱动健康运动神经元向 DM 转变的转录因子网络，并在人 ALS 脊髓单核 RNA 测序数据中验证 DM 标志的保守性，同时小鼠中差异可及性区段的人同源区富集 ALS 遗传风险位点。
推荐理由：该研究在 ALS 小鼠模型中识别出运动神经元死亡前的疾病关联细胞状态，并把该分子特征与人类 ALS 遗传风险位点关联起来，提供了可被后续工作直接对照的转录框架。
中文产业新闻精选评分7373 北大清华华大合作开发SPAC-seq空间CRISPR筛选测序技术登上Cell封面
北大、清华与华大合作开发的空间CRISPR筛选测序技术SPAC-seq登上Cell封面，并配套推出将基因扰动与空间表型及细胞微环境关联的统计框架TARDIS，实现空间分辨功能基因组学研究。
推荐理由：SPAC-seq 将 CRISPR 筛选与空间转录组耦合，配套 TARDIS 统计框架让研究者能在组织原位解析不同位置的基因功能贡献。
Cell评分4949 早期人类大脑皮层代谢图谱揭示糖酵解重塑与磷酸戊糖途径对细胞命运转换的调控
研究绘制了发育中人类大脑皮层的代谢图谱，揭示糖酵解和磷酸戊糖途径活性是调控放射状胶质细胞命运的关键因素。这两种代谢途径控制着外层放射状胶质细胞和抑制性神经元的生成。该图谱为理解代谢在皮层发育中的关键作用提供了新视角。