早期胚胎程序在癌症中的广泛表达对生存的影响呈阶段依赖性
利用 EmbryoRadar（一套植入前各阶段机器学习分类器）系统分析大型癌症队列发现，人类肿瘤广泛表达早期胚胎基因程序，且所相似阶段不同对生存影响相反。与受精卵和 2 细胞期胚胎阶段的转录相似性独立预测更佳总生存；而滋养外胚层相关程序在乳腺癌和黑色素瘤中与更差生存相关，机制涉及 MYBL2 驱动的细胞周期进程。
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第 1–20 条 · 共 96 条bioRxiv Cancer Biology精选评分4949 bioRxiv Cancer Biology精选评分4242 烟草致癌物NNK在胰腺导管癌变中诱导持续性DNA损伤与同源重组修复失调
烟草致癌物NNK慢性暴露可致胰腺导管上皮细胞持续DNA损伤与同源重组修复失调，引发染色体不稳定。5天急性暴露激活ATM-γH2AX依赖性HR修复，50天慢性暴露则出现RAD51、BRCA1/2、FANCD2、PLK1转录上调但修复保真度下降。γH2AX在NNK处理细胞、KRAS驱动癌前病变及吸烟者胰腺组织中显著升高，与PDAC患者肿瘤进展和不良预后相关。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6161 微生物驱动的神经上皮前馈环路推动胃食管交界处肿瘤发生
该研究发现胆汁酸重塑富集口腔普雷沃氏菌（Prevotella melaninogenica），其琥珀酸经 SUCNR1+ 簇状细胞与迷走感觉神经元形成微生物-神经元-上皮前馈环路，推动胃食管交界处（GEJ）肿瘤发生。遗传或药理学干预，包括已获批的 CGRP 拮抗剂 rimegepant，可抑制肿瘤进展。
Why it matters: 研究解析微生物-神经-上皮环路驱动胃食管交界处肿瘤的机制，并用已获批CGRP拮抗剂rimegepant验证干预可能。
bioRxiv Cancer Biology精选评分4949 NIK 稳定化重塑胰腺走向慢性胰腺炎与胰腺脂肪变性
在胰腺特异性 NIK 稳定化小鼠模型中，持续的非经典 NF-κB 信号驱动慢性胰腺炎与胰腺脂肪变性，表现为腺泡细胞死亡、腺泡-导管化生（ADM）及进行性脂肪替代。Relb 敲除可完全挽救该表型，表明该过程依赖 RelB 介导的非经典 NF-κB 通路；研究还鉴定 GPA33 为 ADM 的新表面标志物。
bioRxiv Cancer Biology精选评分4848 scIRES-seq 揭示小细胞宫颈癌 CTCs 的多组学分子异质性
研究者建立 scIRES-seq 单细胞多组学框架，可对同一细胞同时刻画免疫表型、遗传变异、表观基因组与基因表达。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5858 胞外谷胱甘肽降解经 GGT 通路驱动乳腺癌肝转移
胞外谷胱甘肽降解通过 GGT 通路为乳腺癌细胞提供胱氨酸，使其在缺乏胱氨酸的肝转移微环境中维持增殖并抵抗铁死亡。GGT1 在人乳腺癌肝转移灶中表达上调且与不良预后相关；小鼠模型中过表达 Ggt1 增强肝和肺转移能力。该过程不依赖 system Xc-，需要 GCLC 活性。
Why it matters: 原文把肝转移微环境胱氨酸缺失与胞外谷胱甘肽降解耦合起来，给出了 GGT1 作为转移驱动因子的机制证据。
bioRxiv Cancer Biology精选评分6363 SOS1 与 RAS 感知 GA3P 维持 RAS 突变肿瘤自增强代谢-信号回路
本研究在 RAS 突变肿瘤中发现糖酵解中间代谢物 GA3P 直接结合 SOS1 与 RAS，形成自增强代谢-信号回路，抑制 MAZ 或 GLUT6 可选择性杀伤 RAS 突变癌细胞。
Why it matters: 原文指出 RAS 突变肿瘤依赖 MAZ-GLUT6-GA3P-SOS1-RAS 自增强代谢-信号回路，可作为广谱 RAS 靶向的合成致死切入点。
bioRxiv Genomics精选评分5959 ecCLIP 与 Pythia 联合构建 RBP-RNA 高分辨率结合图谱并实现结构感知预测
作者在 HEK293T 中用 ecCLIP 对 67 个内源标签 RBP 做出均一高分辨率 CLIP-seq 结合图谱，并据此训练结构感知神经网络 Pythia 从序列与结构预测 RBP 结合；用 MPRC 在 5 个 RBP 上验证了序列/结构分解，把 ecCLIP 加入 Borzoi 衍生模型 Borzuki 后改善了 RNA 半衰期预测与 3′UTR 变异效应评估。
Why it matters: ecCLIP 把内源标签捕获与无连接建库整合进 CLIP-seq，做 RBP 结合图谱的同行可直接复用这套流程。
medRxiv Oncology精选评分4141 FORESEE 试验：功能精准肿瘤学在 HER2 阴性转移性乳腺癌中的前瞻性可行性研究
FORESEE 试验（NCT04450706）评估患者来源类器官（PDO）药物检测联合基因组分析指导 HER2 阴性转移性乳腺癌治疗选择的可行性。15 例入组患者中，10 例活检肿瘤含量充足，仅 4 例成功建立 PDO（40%），主要终点未达成（预设至少 46% 患者获得临床可操作结果）。PDO 成功病例中药物敏感性结果均在 12 周内返回，医生在 100% 可评估病例中据此指导后续治疗。
medRxiv Oncology精选评分4848 甲基化定义的肿瘤亚组可指导肾母细胞瘤遗传易感性的识别
对138例肾母细胞瘤的DNA甲基化谱分析识别出五个分子亚群，涵盖Beckwith-Wiedemann谱系肿瘤富集和一个WT1驱动亚组；按亚组引导重分析发现了此前未被识别的WT1致病性胚系变异，一例新发胚系变异促使患者进入肿瘤监测；随机森林分类器在独立验证队列中以约90%的准确率预测WT1驱动肿瘤。
medRxiv Oncology精选评分5757 cBioPortal 患者键合并致过半 DNMT3A 实体瘤突变实为克隆性造血污染
MedRxiv 预印本指出，三项 MSK 克隆性造血队列以同一患者 ID 同时提交血液对照和肿瘤样本，使 cBioPortal 按患者键合并时把血液中的克隆性造血变异误算入对应实体瘤。
Why it matters: 研究量化了三项 MSK 血液对照将克隆性造血变异带入 cBioPortal 实体瘤矩阵的程度，并给出可在合并前直接套用的两条过滤规则。
bioRxiv Cancer Biology精选评分4444 放射治疗重塑髓母细胞瘤细胞3D基因组结构
研究人员以ONS-76髓母细胞瘤细胞为模型，结合RNA测序、蛋白质组学与Micro-C，首次在全基因组水平描绘辐射诱导的3D染色质重塑特征。单次2 Gy照射引发广泛转录组与蛋白组改变，鉴定LAMB3和AKR1B10为放射响应候选介导因子。Micro-C显示照射后整体结构稳定但促进A compartment活化、新TAD边界形成及短暂边界强化。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5252 参考校准的空间统计框架量化组织学基质-肿瘤细胞空间关联及其几何上限
本文提出一种参考校准的空间统计框架，可在不预设相互作用范围或模型的情况下，从分割组织学图像中恢复基质-肿瘤细胞空间偏倚的存在、范围与强度。框架整合资源选择函数、最近邻距离分布、交叉 J 函数与径向分布函数，并以保留基质架构的样本特异性参考态跨越已知偏倚连续体；控制组织分析显示基质架构对可恢复相互作用范围构成几何限制，事件比例则独立限制统计灵敏度。
Why it matters: 原文给出了组织特异参考态下空间关联的可恢复范围与几何上限，可作为其他组织学空间统计方法的对照基线。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5050 头颈癌中恶性和基质部分上皮间质转化程序与西妥昔单抗治疗结局
头颈鳞癌单细胞与 bulk 联合分析显示，传统 bulk pEMT 评分主要反映基质成纤维细胞程序而非恶性细胞程序。用单细胞训练的 12 基因分类器恢复恶性 pEMT 程序后，在 40 例铂联合西妥昔单抗治疗患者中预测长 PFS（AUC 0.78 和 0.82），效果与 Basal 亚型评分相当（0.93），且在两个异种移植 panel 中得到验证。
bioRxiv Cancer Biology精选评分5151 T-DXd 通过 HER2 非依赖的载荷释放杀伤皮肤与葡萄膜黑色素瘤异种移植瘤
Trastuzumab deruxtecan（T-DXd）在多种皮肤与葡萄膜黑色素瘤皮下 PDX 模型中均显示出抑瘤效果，且 ERBB2 敲除移植瘤的初始应答与亲本株相近，提示活性不依赖 HER2；研究者在外源检出肿瘤来源的 CTSL，提出 linker 切割和载荷释放可发生在肿瘤细胞外。
Why it matters: 原文用 ERBB2 敲除模型与 CTSL 定位数据，说明 T-DXd 在黑色素瘤中可绕过 HER2 依赖释放载荷，为 ADC 的旁观者效应提供了具体机制。
bioRxiv Genomics精选评分6565 供体特异性组装揭示结构变异驱动人类染色质接触反复差异，鉴定1790热点且90%以上为人类特有
研究者整合354个人类和12个非人类猿类单倍型的单倍型解析Hi-C图谱、匹配组装及长读长转录组，发现使用供体特异性组装可使13.2%顺式Hi-C接触的基因组分离变化超25 kbp，并额外恢复2.8%有效接触对。
Why it matters: 利用泛基因组单倍型组装揭示结构变异重塑染色质接触，鉴定1790反复热点且90%以上为人类谱系特有。
bioRxiv Genomics精选评分6262 具有中晚全新世选择特征的基因-环境互作位点揭示饮食依赖的遗传效应
Wijnhoven 等人结合全基因组 GxE 图谱与跨越约 1 万年的等位基因频率轨迹，检验环境响应变异是否促成近期人类适应。在 45 个独立位点中，有 3 个显示显著定向选择特征，分别关联尿酸、LDL-C 和胆固醇水平，呈现平行频率上升且加速点重叠于 4700-7200 年前。
Why it matters: 该预印本结合GxE图谱与万年等位基因频率轨迹，揭示饮食依赖的基因效应在中晚全新世受定向选择，提示基因-环境互作是近期人类进化的重要被低估成分。
bioRxiv Genomics精选评分6262 Seal：发育期人脑基因调控与变异效应的时空AI建模框架
普林斯顿大学Troyanskaya团队开发可解释AI迁移学习框架Seal，覆盖26个脑区、30种细胞类型和7个发育阶段，实现发育期人脑基因表达与变异效应的时空建模。应用于六种神经精神疾病GWAS，揭示共享与差异的调控架构；在Simons Simplex Collection自闭症全基因组数据中，发现瞬时胎儿兴奋性神经元中全新调控变异的显著负担，揭示细胞类型与发育阶段特异性的调控机制。
Why it matters: 该预印本提出可解释的AI迁移学习框架Seal，在时空分辨率下建模发育期人脑基因调控，揭示神经精神疾病风险的细胞类型与发育窗口特异性调控架构。
bioRxiv Genomics精选评分6161 斑马鱼 Negr1 多效性疾病位点的细胞与分子普查
作者在斑马鱼 Negr1 基因座构建敲入报告系统，结合单细胞转录组学、全脑配准与单神经元投射图谱，发现 Negr1 在脑部和视网膜神经元亚类、径向胶质细胞、星形胶质样细胞中呈分级表达，在少突胶质前体细胞中最一致；投射图谱揭示嗅球投射神经元、视顶周脑室投射神经元和小脑红核样细胞形成三大保守中枢。该多模态整合方法为人类疾病位点的高分辨病因学研究提供范式。
Why it matters: 在斑马鱼中构建 Negr1 敲入报告系统，结合单细胞转录组与全脑投射图谱，揭示其在神经元与少突胶质前体细胞的分级表达及三大投射中枢，为多效性疾病位点的细胞溯源提供多模态范式。
bioRxiv Genomics精选评分6767 雅维斯卡两源植物基因组揭示逆转座子衍生着丝粒及 DMT 与 β-咔啉合成的不同路径
研究组装了雅维斯卡两源植物基因组：Psychotria viridis 为六倍体 (2n=6x=66)，Banisteriopsis caapi 为二倍体 (2n=2x=20)；两者着丝粒均富集 CRM 型 Ty3/Gypsy 逆转座子，B. caapi 另含 LINE 元件与 CRM 衍生卫星序列。
Why it matters: 揭示了雅维斯卡两种源植物的基因组差异与生物碱合成酶，连接民族植物学历史与分子机制。