对包括三种非吸血蚊子在内的七个物种进行基因组和全脑图谱比较分析，揭示了与吸血行为丢失相关的趋同基因缺失。这些缺失涉及唾液血小板聚集抑制剂Aegyptin、血液激活丝氨酸蛋白酶以及两个与血液成分味觉检测相关的离子型受体分支。非吸血雌蚊的触角叶体积更小，表明其嗅觉输入减少，这些发现为解析复杂吸血性状的遗传基础提供了进化切入点。
小鼠运动皮层根据其独特的皮层下投射被划分为16个空间组织模块。这些模块的特异性与皮层连接模式及细胞类型组成沿两个空间轴共变，从而定义了运动皮层模块如何以精细的粒度整合到全脑精确连接的神经元网络中进而影响运动的规则。
研究发现2型脱碘酶（DIO2）在甲状腺癌等七种实体瘤的癌症相关成纤维细胞（CAF）中特异性表达，且与肌成纤维细胞样CAF亚型相关。高DIO2表达在胰腺癌和膀胱癌中与较差总生存期相关。TPO-CreERT2/BrafV600E/Trp53缺陷小鼠模型显示CAF特异性Dio2表达，遗传敲除Dio2可显著减少肿瘤生长。该研究提示DIO2可能成为靶向肿瘤微环境的新治疗策略。
推荐理由：研究通过多癌种单细胞数据发现CAF中DIO2表达与不良预后相关，并在小鼠模型中验证其促瘤功能。
该研究整合 IBD 单细胞与 Xenium 空间转录组数据，构建包含近 430 万细胞的图谱，发现 FCN1⁺IL1B⁺ 巨噬细胞与炎症相关成纤维细胞（IAF）在 N1、N14 病理微生态位中空间共定位，并通过双向 CRISPR 扰动验证 GLIS3 为该免疫-基质互作环路的核心转录因子，为 IBD 抗纤维化靶点开发提供机制依据。
研究人员开发了荧光蛋白磁带（FPTT），一种基于多光谱单体荧光蛋白和自组装蛋白纤维的工具，用于在活细胞和体内进行多重、可扩展、纵向的单细胞生理活动记录。FPTT以3小时分辨率记录了海马神经元中剂量依赖性、可逆的内源性cFos转录历史达8天。
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两项发表于 Cancer Cell 的研究揭示了 B 细胞在抗 PD-1 治疗中的关键作用。在肝细胞癌患者中，治疗反应由浆细胞而非 T 细胞驱动，抗 PD-1 治疗促进了三级淋巴结构的形成和针对 HBV 抗原的抗体产生。这些抗体与肿瘤细胞表面的 HBcAg 结合后，可触发补体反应攻击肿瘤。
Cancer Cell本期研究中，Kehl等人构建了骨髓驻留恶性肿瘤患者骨髓T细胞的单细胞图谱，识别出处于潜伏状态的肿瘤反应性T细胞群体。一个15基因特征可识别该亚群，该亚群在免疫治疗中扩增并能预测临床反应。
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CIRI3工具实现了对太字节级RNA测序数据中环状RNA的检测与定量。该工具采用动态多线程任务分区和阻断式搜索策略，速度比现有工具快一个数量级，且准确性更高。研究团队利用CIRI3分析了2,535个癌症相关样本中的差异剪接环状RNA，并构建了预训练模型和作为CIRIonco数据库提供的生物标志物网络。
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紫外线在酵母单链DNA中诱导产生一系列非典型突变，包括AT>AM、GT>GV、AC>AA、AT>TT和TA>TT等替换类型。缺乏Rad30的突变谱显示Pol η在CPD和6-4-PP旁路中起主要作用，而pol ε突变体（pol2 M644G）能特异性减少亚端粒区的经典和非经典UV突变。
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研究揭示了小鼠大脑血清素能投射组按功能相关性而非靶区物理邻近性进行组织的架构。背侧和中缝核的血清素神经元分为五个投射组，分别优先支配海马体、基底 ganglia、皮层、间脑内侧或脑干/外侧丘脑。空间转录组分析显示每个投射组对应独特的转录组簇组合，且投射特异性血清素耗竭产生了可分离的行为表型。
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研究构建了来自44名转移性乳腺癌患者126个肿瘤样本的空间单细胞转录组图谱，涵盖520,850个细胞。通过分析疾病进展中多个时间点的样本，检测到治疗诱导的肿瘤细胞内驱动耐药的转录变化，并追踪了进展过程中亚克隆肿瘤细胞的选择。
推荐理由：研究分析了44名转移性乳腺癌患者多个时间点的样本，可帮助理解治疗诱导的转录变化和耐药性机制。
系统性全脑血清素能轴突侧支投射图谱揭示了五个优先靶向功能相关脑区的投射组。每个投射组与特定的空间转录组学特征和行为特征相关联。该研究阐明了血清素神经元在大脑中广泛投射的组织架构。
研究使用单核RNA测序和ATAC测序分析了拉丁裔、白人和非裔美国人死后脑组织样本，发现微胶质细胞、星形胶质细胞和神经元中与阿尔茨海默病相关的细胞类型特异性特征在所有三个人群中共享。研究还识别了星形胶质细胞和少突胶质细胞中与疾病表型相关的连续基因表达因子，并揭示了六个跨越人群的认知障碍亚组，这些亚组由分子特征区分而非神经病理学。
推荐理由：研究通过跨人群的单细胞多组学分析，揭示了与阿尔茨海默病相关的细胞类型和分子程序，为理解疾病异质性提供了新视角。
研究通过mRNA电穿孔核DNA标记和光片活体成像技术，发现人类胚胎在植入前晚期阶段出现染色体错误分离，包括多极纺锤体形成、滞后染色体和错位。开发了开源半自动分割方法追踪单个细胞核，显示大多数标记细胞位于外部，与胎盘命运一致。这些发现对植入前非整倍体遗传检测的临床应用提出疑问。
推荐理由：通过优化的光片活体成像和深度学习分割方法，直接观察到人类胚胎植入前阶段的染色体错误分离模式。
研究发现丘脑输入通过NRXN1介导的物理接触驱动人类皮层祖细胞产生兴奋性神经元。通过皮层和丘脑类器官融合模型结合单核RNA测序，发现丘脑输入缺失NRXN1会减少其轴突与皮层外放射状胶质细胞的接触，并削弱上层兴奋性神经元的产生。该机制揭示了丘脑在人类皮层发育过程中对兴奋性神经发生的关键调控作用。
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研究者开发了3DEEP组织透明化方法，通过去除基因组DNA实现对完整组织数百微米深度的空间转录组分析。将该技术应用于新生小鼠皮肤，通过对毛囊按分子推断的发育年龄排序，将单次空间快照转化为器官发生的四维分子图谱。
推荐理由：该方法通过单次空间快照推断发育时间，为研究其他器官形成过程提供了可迁移的技术路线。
一项针对芝加哥成年人的热广泛关联研究识别出33种与极端高温相关的急性护理诊断。研究分析了2011年至2023年间372,140名成年人的916,904次急诊和急症护理就诊记录，发现体液平衡与肾脏疾病、皮肤病、多发性硬化等多种诊断在高温暴露后0-3天的累积风险升高。该研究通过分析完整的诊断谱系，改进了高温相关发病率的临床特征描述。
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研究结合单分子足迹法与长读长测序，在果蝇基因组中量化了染色质可及性和转录因子结合在顺式调控元件间的共现频率。分析显示，顺式调控元件形成了具有共享单分子染色质可及性谱的特异性网络，且共可及性常见于通过染色质环化而靠近的远端元件之间。共可及的顺式调控元件在其细胞类型特异性可及性上表现出强协调性，表明协调的增强子激活是调控基因表达的广泛机制。
Brl1 和 Brr6 在酿酒酵母中形成具有膜重塑活性的环状复合物，介导核孔复合体组装过程中的内外核膜融合。分子动力学模拟表明该复合物通过形成跨双层通道驱动脂质交换以实现膜融合。系统发育分析和功能实验证实 CLCC1 是后生动物中保守的核孔膜融合因子。
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Tabula Sapiens 2.0 发布，新增了九名新供体数据，细胞数量翻倍并增加了四种新组织。该图谱包含来自近所有人类转录因子的转录本，为研究其潜在调控作用提供了见解。研究还分析了表达衰老相关经典基因的细胞转录组，揭示了衰老的异质性和背景依赖性。
一项涵盖46个队列、61.1万至114万参与者的荟萃分析鉴定出1260个与Big Five人格特质相关的先导遗传变异，其中824个为新发现。常见遗传变异解释了每个特质4.8-9.3%的方差，且遗传关联在不同地理、报告者和年龄组间高度一致。多基因指数分析和孟德尔随机化表明人格特质与 consequential behaviours 和 life outcomes 存在广泛的潜在因果关联。
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研究人员通过 de novo 设计开发出泛罗丹明结合蛋白 Rhobin，其结合可逆、亮度高、尺寸小且在多种条件下稳定。Rhobin 在哺乳动物细胞中实现了多种亚细胞结构的活细胞和固定细胞成像，其亮度超越现有标签，并支持 STED 超分辨成像和长时程活细胞单分子成像。该蛋白还能够在 75°C 下对极端嗜酸热硫化叶菌进行活体成像，这是现有标签无法实现的。
多组学研究应采用参考物质作为通用校准器，并与研究样本共同分析，将结果报告为样本与参考物质的比值以确保数据可重复性。该方法使多组学数据更适合人工智能工具分析，符合国际人用药品注册技术协调会 M10 指南对生物分析方法验证的要求。中国国家计量科学研究院等机构学者共同提出了这一标准化框架。
Tabula Sapiens 2.0 图谱绘制了近全部人类转录因子在 701 种细胞类型/组织组合中的表达谱，并揭示了衰老在不同组织和细胞类型中的异质性。该扩展图谱基于对多种人体组织的单细胞 RNA 测序数据分析。
研究通过109个人类和22个小鼠样本的单核RNA测序，构建了纹状体亚区神经元特化的全面图谱。定义了罕见的神经元亚群和沿背外侧-腹内侧轴的转录梯度，并发现物种间存在显著差异。整合全基因组关联和药理学研究，识别了人类富集的阿片受体表达位点和腹侧偏向的慢性抗精神病药物作用位点。配对的单细胞转录组和体细胞三核苷酸重复扩展测量揭示了亨廷顿病中亚区和神经元亚型的脆弱性差异。
推荐理由：通过跨物种单细胞图谱揭示了纹状体细胞类型和亚区在神经退行性疾病中的差异脆弱性，为靶向治疗提供了新方向。
研究团队开发了一种通过工程化病毒样颗粒（VLPs）实现活细胞自我报告转录状态的方法，可在不裂解细胞的情况下纵向追踪基因表达动态。该方法在原发性细胞球团的急性炎症刺激和多能干细胞多日分化等复杂生物环境中可靠捕获转录状态变化，并实现了共培养中不同细胞类型的多重读数以及微生理共培养系统内内皮细胞动态的选择性追踪。
研究利用光片显微镜和整合体积重建与空间转录组学的多模式连续切片工作流程，分析了51例患者的319个空间检测数据，揭示了癌前病变向浸润性疾病转变的基因表达特征和结构特征。在乳腺癌中，MGP和PLAT的缺失与浸润转变相关；在前列腺癌中，GDF15、ALDH1A3、ANPEP和FASN的上调与浸润进展相关，敲低这些基因可抑制PC-3细胞的增殖和迁移。非三阴性乳腺癌的转变区域富集了肿瘤相关巨噬细胞。
推荐理由：通过整合光片显微镜与空间转录组学，该方法可直接定位并分析癌前向浸润转变的驱动因素。
一项研究通过对30例骨髓增殖性肿瘤患者的血液或骨髓样本进行基因组分析，评估了影响疾病演变或预测疾病稳定性的因素。该研究由Leongamornlert及其同事完成，相关文章发表于Cancer Discovery。
乳腺和前列腺癌在向侵袭性疾病进展中表现出显著的相似性，为揭示恶性转化的共同机制提供了独特视角。通过整合三维体积重建与多模态空间分析，研究揭示了癌前病变到癌症的转变是一个连续的三维过程，并识别出与侵袭相关的共有分子程序。
Najia等人开发出“细胞自我报告”技术，利用工程化病毒样颗粒从活细胞中输出mRNA等分子分析物。该技术通过对细胞培养基进行采样，实现了对活细胞进行纵向、全转录组范围的基因表达分析。这一平台克服了传统转录组学方法的破坏性，能够原位揭示复杂生物系统中的基因表达动态。
研究通过人和小鼠纹状体的单核 RNA 测序与空间验证，定义了跨细胞类型、亚区和物种的神经元特化原则。这些发现为理解细胞和亚区分辨率下对脑功能与疾病的贡献奠定基础，包括成瘾风险、抗精神病药物反应、亨廷顿病易感性及药理学相关物种差异。
研究者开发了 ORION-FISH 方法，整合高plex组织成像与DNA-FISH工作流程，可在完整组织中同时检测染色体拷贝数变异和蛋白定义的细胞状态。应用于高级别浆液性卵巢癌及其前体病变，该方法揭示了MYC和CCNE1拷贝数增益的亚克隆异质性，以及这些变化与特定免疫微环境的关联。
推荐理由：该方法在保留组织架构的同时整合了多组学信息，可用于研究其他肿瘤类型的早期基因组进化与微环境相互作用。
Bonsai 是一种重建高维对象最可能树状关系的方法，可处理任意异质性测量噪声。它自动正则化噪声，准确恢复分化轨迹，保留高维距离并改善最近邻识别。应用于血细胞数据时，Bonsai 不仅准确恢复了已知谱系关系，还发现了一种源自髓系谱系的自然杀伤细胞亚型，并识别出区分髓系 NK 与淋巴系 NK 细胞的基因。
Spatial Hi-C-RNA 技术可同时从同一组织样本中绘制三维基因组结构和基因表达图谱。该技术揭示了空间基因组组织如何塑造细胞身份、发育及肿瘤演化，其提供的信息超出了仅凭转录组学所能捕获的范围。
一项研究构建了包含295万个细胞核的多模态单核图谱，覆盖八个猕猴脑区并横跨整个成年寿命期。该图谱揭示了衰老过程中脑细胞存在区域特异性和共享的脆弱性模式。这一框架为剖析灵长类大脑衰老、长寿和神经退行性变的分子程序提供了基础。
研究绘制了发育中人类大脑皮层的代谢图谱，揭示糖酵解和磷酸戊糖途径活性是调控放射状胶质细胞命运的关键因素。这两种代谢途径控制着外层放射状胶质细胞和抑制性神经元的生成。该图谱为理解代谢在皮层发育中的关键作用提供了新视角。
2000 HIV 人类功能基因组学合作项目是一项观察性研究，旨在评估长期联合抗逆转录病毒治疗对 HIV 感染者的肝脏纤维化、肝脏脂肪变性和心血管风险的影响。该研究计划招募 1910 名年龄≥18岁、接受 cART 治疗≥6个月且病毒载量<50 copies/mL 的 HIV 感染者，由拉德堡德大学医学中心主导，并与 ViiV Healthcare 等机构合作。