稀有 k-mer 揭示着丝粒单倍群，关联人类多样性与少突胶质瘤 1p/19q 易位易感性
Cell 论文提出 ascairn 框架，利用稀有 k-mer 从短读长全基因组测序数据推断着丝粒单倍群，应用于逾 3,300 例基因组揭示着丝粒在全球人群中的广泛多样性。
Why it matters: 原文给出 ascairn 的分析思路与 142 例 1p/19q 共缺失案例的断裂点定位结果，可作为研究染色质结构与基因组不稳定性的方法参考。
染色质与 3D 基因组
全部主题增强子–启动子通讯、相分离、三维基因组与转录调控的机制研究。
最新精选
第 1–20 条 · 共 62 条顶刊论文（社媒热度）精选评分8080 顶刊论文（社媒热度）精选评分7474 单基因纳米成像解析远距离增强子转录控制机制
一项用实时单基因纳米成像的研究发现，远距离增强子和启动子在约 100 纳米内动态接触，并通过 cohesin 介导的环挤出被主动拉到一起。cohesin 介导的环挤出是转录爆发频率的关键决定因素，启动子被嵌入增强子处形成的 RNA 聚合酶 II 通用转录因子簇内以启动转录爆发。DOI：10.1016/j.cell.2026.09.028。
Why it matters: 用单基因纳米成像实时观测到 cohesin 环挤出把增强子和启动子拉到约 100 纳米内，把远距离基因激活从相关性研究推进到机制层面。
Cell精选评分7373 稀有 k-mer 解析着丝粒单倍群，揭示人类多样性与癌症易位关联
Shiraishi 等以稀有 k-mer 变异定义着丝粒单倍群，揭示此前被掩盖的大量着丝粒多样性，并将着丝粒结构差异与人类进化和疾病相关的基因组不稳定性联系起来。
Why it matters: 原文用稀有 k-mer 刻画着丝粒单倍群的结构差异，并把它和癌症相关基因组不稳定性直接联系起来。
Cell精选评分7777 单基因纳米成像揭示远端增强子转录控制机制
Cell 论文利用高分辨率实时单基因纳米成像追踪增强子-启动子通讯，发现远端增强子上存在 RNA Pol II 通用转录机器组成的纳米级簇。研究显示两个基因位点通过 cohesin 介导的环挤出被主动拉近，将启动子嵌入这类簇可提升通用转录因子活性并触发转录爆发起始。
Why it matters: 用单基因实时纳米成像直接呈现增强子-启动子环挤出过程，为转录爆发触发机制提供细胞内可视化证据。
监管与产业动态精选评分5959 H2BE113K 组蛋白突变如何通过染色质重塑促进乳腺癌肺转移
香港城市大学陈贵明教授团队在 Science Advances 发表论文，报道组蛋白 H2B 错义突变 H2BE113K 在不影响原发肿瘤生长的前提下显著促进乳腺癌细胞集落形成与肺转移，并通过招募染色质重塑蛋白 SMARCA5 至 G3BP2 启动子上调 G3BP2 表达。
Why it matters: 原文将 H2BE113K 与 SMARCA5-G3BP2 轴及乳腺癌肺转移直接连接，并提示 SMARCA5 抑制剂 ED2-AD101 可逆转促转移表型，为后续靶向治疗提供可检验假设。
bioRxiv Cancer Biology精选评分4444 放射治疗重塑髓母细胞瘤细胞3D基因组结构
研究人员以ONS-76髓母细胞瘤细胞为模型，结合RNA测序、蛋白质组学与Micro-C，首次在全基因组水平描绘辐射诱导的3D染色质重塑特征。单次2 Gy照射引发广泛转录组与蛋白组改变，鉴定LAMB3和AKR1B10为放射响应候选介导因子。Micro-C显示照射后整体结构稳定但促进A compartment活化、新TAD边界形成及短暂边界强化。
Nature Genetics精选评分6666 微核内 ecDNA 限制肿瘤细胞适应性并与神经母细胞瘤患者较好生存相关
研究者结合单微核测序与活细胞成像分析癌细胞，并对神经母细胞瘤患者活检样本进行检测，发现定位于微核内的 ecDNA 限制肿瘤细胞适应性并与患者较好生存相关。论文于 2026 年 10 月 12 日在线发表于 Nature Genetics，DOI：10.1038/s41588-026-02782-w。
Why it matters: 该研究显示微核内 ecDNA 限制肿瘤细胞适应性并与神经母细胞瘤患者较好生存相关，为 ecDNA 的肿瘤角色提供了与染色体外主流观点相反的机制参照。
bioRxiv Genomics精选评分6565 供体特异性组装揭示结构变异驱动人类染色质接触反复差异，鉴定1790热点且90%以上为人类特有
研究者整合354个人类和12个非人类猿类单倍型的单倍型解析Hi-C图谱、匹配组装及长读长转录组，发现使用供体特异性组装可使13.2%顺式Hi-C接触的基因组分离变化超25 kbp，并额外恢复2.8%有效接触对。
Why it matters: 利用泛基因组单倍型组装揭示结构变异重塑染色质接触，鉴定1790反复热点且90%以上为人类谱系特有。
bioRxiv Genomics精选评分6868 单细胞多模态图谱揭示21三体破坏染色质架构阻断B淋巴细胞生成
研究者开发ChromE-seq单细胞检测技术，联合染色质构象、转录、可及性及甲基化数据，构建约40万个人胎儿肝造血细胞多模态图谱，发现染色质接触先于谱系特异性转录或持久存在，揭示3D染色质预备与记忆现象。
Why it matters: 新方法ChromE-seq揭示胎儿造血中3D染色质预备与记忆，阐明21三体导致B淋巴细胞发育受阻的调控回路崩解。
bioRxiv Genomics精选评分6262 用先导编辑删除筛选系统绘制增强子、沉默子与拓扑元件图谱
作者开发 Swap-seq，将成对先导编辑与流式分选结合，在 THP-1 单核细胞中对 PPIF 基因的内源调控元件进行大规模删除并定量测量表达变化。论文刻画了远端与内含子增强子、CTCF 绝缘子，并发现一类通过 HDAC 介导邻近增强子沉默来调控远端基因的沉默子。利用该数据集对序列到功能模型做基准测试发现，现有模型可捕捉调控元件的局部活性，但无法将其与远端靶基因正确关联。
Why it matters: Swap-seq 在内源基因组背景下对增强子、沉默子与拓扑元件做大规模平行删除并量化表达影响，为序列到功能模型提供现有扰动数据缺失的真实对照。
监管与产业动态精选评分7070 长读长测序揭示 SETDB1 优先沉默年轻 LTR 逆转录子，LINE 元件经平行通路抑制
研究团队利用端粒到端粒小鼠基因组组装的长读长 RNA 测序，在单座位分辨率下解析 SETDB1 对转座子的沉默作用。SETDB1 敲低导致年轻 LTR（ERVK、ERV1）去抑制，伴随 H3K9me3 丢失和 Pol II 富集，符合直接 H3K9me3 介导的沉默；而 LINE/L1 元件转录激活但无 H3K9me3 丢失，提示存在平行抑制机制。
Why it matters: 长读长测序揭示SETDB1对年轻LTR逆转录子的直接沉默机制，且发现LINE元件通过平行通路被抑制，修正了异染色质介导的转座子控制模型。
中文产业新闻精选评分7474 白凡团队构建胃癌演进表观调控图谱，揭示癌前预备状态与酸驱动免疫抵抗亚型
白凡团队在 Cancer Cell 发表研究，构建胃癌发生演进的表观调控图谱，揭示癌前表观预备状态及酸驱动的免疫治疗抵抗亚型。
Why it matters: 该研究构建了胃癌演进全程表观图谱，关联癌前状态与酸驱动免疫抵抗，为患者分层提供新依据。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6969 胃肿瘤染色质开放性轨迹揭示癌前表观遗传启动状态与酸驱动免疫治疗耐药亚型
研究基于 439 例患者 650 份多阶段样本构建胃肿瘤染色质开放性图谱，发现肠化生阶段已存在类似癌的表观遗传启动状态，并在晚期肿瘤中划分出三种表观基因组亚型。增殖型与间质炎症型对免疫治疗敏感，假胃型则因 FOSL2 上调 H+/K+ ATPase 塑造酸性微环境、抑制 CD8+ T 细胞而固有耐药，敲低 FOSL2 或使用临床在售酸抑制剂 vonoprazan 均可恢复免疫治疗敏感性。
Why it matters: 研究建立胃肿瘤多阶段染色质开放性图谱，识别出酸驱动免疫治疗耐药亚型并提示 vonoprazan 可作为逆转耐药的干预手段。
顶刊论文（社媒热度）精选评分8282 tRNA 丰度影响前列腺癌谱系依赖与治疗耐药
本研究在前列腺癌模型中通过小 RNA 测序鉴定 tRNA1Arg(UCU) 为调控谱系转换与治疗耐药的关键 tRNA，并发现 TARDBP、ZSCAN29 直接结合其基因组位点。
Why it matters: 原文把特定 tRNA 丰度与前列腺癌谱系可塑性及 AR 靶向耐药串成一条机制链，为非经典 tRNA 调控肿瘤谱系依赖提供了参考框架。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6363 衰老相关 SATB1 缺失重塑初始 CD4+ T 细胞的 3D 基因组结构与转录程序
原文发现小鼠初始 CD4+ T 细胞中染色质组织者 SATB1 随年龄表达下降，CTCF 介导的染色质相互作用范围随之扩大，3D 基因组出现 TAD 边界弱化与增强子-启动子重连，并伴随促炎和促活化基因上调。条件性敲除 SATB1 可在年轻细胞中重现上述 3D 基因组与转录改变，提示 SATB1 耗竭是免疫与机体衰老的候选机制。
Why it matters: 原文将 SATB1 随年龄下降与 CTCF 介导的染色质相互作用范围扩大联系起来，为免疫衰老的染色质机制提供了一个可检验的候选解释。
顶刊论文（社媒热度）精选评分3939 微重力和流体对人基因组组织与动态的影响
研究发现模拟微重力与流体条件下人基因组组织与动态的变化——细胞核形状和大小发生改变，核仁等液相结构受浮力与对流缺失影响，但基因组组织与动态整体保持稳定。流体引起DNA损伤，而模拟微重力本身不引起DNA损伤，揭示了细胞核与基因组对机械应力的稳健性。
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顶刊论文（社媒热度）精选评分7979 千人免疫多组学图谱解析非编码变异致病的染色质—表达级联
研究对 1,108 名芬兰人的约 1000 万个外周血单个核细胞同时进行 snATAC-seq 和 snRNA-seq，识别 51,083 个顺式 eQTL、338,100 个顺式染色质可及性 QTL、11.9 万余个推定致病变异及 59.3 万余条 peak-gene 链接。
Why it matters: 为非编码变异到疾病机制的因果链提供了千人多组学参考图谱，并用 MPRA 实验验证万余条精细定位结果。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7272 人类遗传学研究揭示 BACH2-NRF2 轴在胎儿血红蛋白激活中的作用
该研究在 28,279 人中开展多祖先全基因组关联研究，发现 BACH2 缺失通过增强 NRF2 在 γ-珠蛋白基因上的染色质占据激活胎儿血红蛋白（HbF）表达，且该过程不依赖 BCL11A。
Why it matters: 该研究在 28,279 人队列中定位出独立于 BCL11A 的 BACH2-NRF2 通路调控 HbF，可作为现有 BCL11A 靶向疗法的对照路径。
Nature精选评分6464 转录暂停和延伸调控因子介导体细胞超突变
研究鉴定了介导激活诱导脱氨酶染色质招募及其停滞聚合酶II底物生成的分子因子和机制。这些发现揭示了体细胞超突变过程中的关键调控环节。
Why it matters: 研究揭示了体细胞超突变中关键酶招募和底物生成的分子机制，为理解抗体多样性提供了新视角。
Nature精选评分6363 人类遗传学研究揭示BACH2-NRF2轴在胎儿血红蛋白激活中的作用
通过对28,279名多人群个体进行GWAS分析，研究发现BACH2通过限制NRF2介导的γ-珠蛋白基因转录激活来抑制胎儿血红蛋白表达。功能实验证实BACH2缺失可增强NRF2在γ-珠蛋白启动子和LCR区域的染色质占据，诱导HbF表达。该机制独立于已知的BCL11A通路，为血红蛋白疾病治疗提供了新靶点。
Why it matters: 研究通过多人群GWAS和功能实验揭示了BACH2-NRF2轴调控胎儿血红蛋白的新机制，为镰状细胞病和β地中海贫血提供了潜在治疗靶点。