微重力和流体对人基因组组织与动态的影响
The effect of microgravity and flows on the organization and dynamics of the human genome.
研究发现模拟微重力与流体条件下人基因组组织与动态的变化——细胞核形状和大小发生改变,核仁等液相结构受浮力与对流缺失影响,但基因组组织与动态整体保持稳定。流体引起DNA损伤,而模拟微重力本身不引起DNA损伤,揭示了细胞核与基因组对机械应力的稳健性。
基因组在细胞核内以染色质纤维形式分级折叠,形成从环、拓扑关联结构域、A/B 区室到染色体领地等多层级三维组织 [1],其物理属性直接受机械力调控,并影响转录与复制等关键过程 [5]。所有地球生命都在持续存在的重力作用下演化,但重力对基因组组织与功能的作用至今未被直接揭示。此前的工作表明,微管吸吸与微操纵等机械应力可使异染色质软化、染色质黏度增加 [2];压缩与剪切应力可激活 SRF、YAP 等力学转导因子 [4],细胞可能通过整合素–细胞骨架–胞外基质网络间接感知重力 [4]。在轨实验已记录到微gravity 引起的 DNA 损伤与染色体异常 [3],但地面模拟实验受困于旋转引起的流体运动这一混杂因素,已有研究指出快转速下肌管形成抑制实际由流体而非微gravity 造成 [7]。
为破解这一难题,该研究搭建了可定制三维旋转路径的自定义随机定位机器(RPM),通过外框线性锯齿与内框恒速(42°/s)组合路径,将净残余加速度降至约 0.1 g(对应单细胞受力约 0.001 pN),每 8.5 秒完成一次全旋转。研究建立静态、密封、流动、微gravity 四种条件,配合无气泡密封样品与 24 小时长贴壁培养,避免了多细胞球体形成。对转基因 HeLa 细胞在旋转后立即开展活细胞成像的结果显示:核面积在微gravity 与流动条件下分别增加约 14% 与 27%,核体积分别增加约 18% 与 15%(P < 10⁻³),核偏率仅在流动条件下增加约 13%;核膜厚度保持在 0.3 ± 0.02 μm,核膜动力学大体不变,仅在高波数处微gravity 条件下增加约 30%(P < 0.02)。
在基因组层面,以 H2B-GFP 作为染色质密度代理并结合位移相关光谱分析全核染色质动力学后发现 [6],染色质密度分布标准差 σ_I 在两种扰动条件下变化均小于 5%,基因组组织与动力学在所考察的时空尺度上表现出对微gravity 与流动的意外稳健性。骨架层面,微gravity 条件下出现点状肌动蛋白聚集异常,细胞体积与细胞质收缩,与已知的微gravity 细胞骨架响应相符。
相较于既往主要依赖固定后成像、常被流体干扰的微gravity 研究,该工作将流体运动显式设为独立对照 [7],并结合活细胞即时成像,把核形与核大小的变化与基因组组织及动力学的响应区分开来。然而,所用的约 0.1 g 残余加速度仍高于真实在轨微gravity,染色体异常与端粒层面是否伴随这些物理参数变化,力学扰动为何未能传导至基因组,其因果机制仍有待进一步解析。
- 1.The spatial organization of the human genome · Annu Rev Genomics Hum Genet 2013
- 2.Heterochromatin-Driven Nuclear Softening Protects the Genome against Mechanical Stress-Induced Damage · Cell 2020
- 3.Interplay of space radiation and microgravity in DNA damage and DNA damage response · NPJ Microgravity 2017
- 4.How cells (might) sense microgravity · FASEB J 1999
- 5.Chromatin and lamin A determine two different mechanical response regimes of the cell nucleus · Mol Biol Cell 2017
- 6.Transcription-dependent mobility of single genes and genome-wide motions in live human cells · Nat Commun 2024
- 7.Clinorotation inhibits myotube formation by fluid motion, not by simulated microgravity · Eur J Cell Biol 2023
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