DartUniFrac 实现宏规模微生物组分析
DartUniFrac 是一种新的微生物组分析算法，结合加权 Jaccard 相似性与草图算法，将 UniFrac 的计算速度提升最多三个数量级，可扩展至百万级样本的成对比较和数十亿分类单元规模，并提供 GPU 加速实现。DOI: 10.1038/s41587-026-03260-8
推荐理由：DartUniFrac 利用草图算法将 UniFrac 的计算速度提升最多三个数量级，使百万级样本的成对比较成为可能。
方法与资源
全部主题新技术、工具、数据集与图谱，以及会让既有数据打折的方法学发现。
最新精选
第 81–90 条 · 共 90 条顶刊论文（社媒热度）精选评分5959 顶刊论文（社媒热度）精选评分6161 巨胞饮介导的可回收LYTAC（McR-TAC）实现受体非依赖性蛋白降解
研究人员开发了一种由聚两性离子和靶蛋白配体组成的可回收嵌合体McR-TAC，通过巨胞饮作用以受体非依赖性方式降解细胞膜和胞外蛋白。该嵌合体在酸性内吞区室中与靶蛋白解离，并通过内质网-高尔基体转胞吞途径被排出细胞，从而启动新一轮降解。在三阴性乳腺癌小鼠模型中，McR-TAC可持续降解PD-L1或MIF蛋白并抑制肿瘤生长。
推荐理由：该研究通过巨胞饮介导的可回收机制，解决了LYTAC技术对受体依赖和不可回收的限制，为靶向蛋白降解提供了新思路。
顶刊论文（社媒热度）精选评分5959 供体互补型引物编辑实现精确的千碱基级和文库兼容的DNA插入
研究团队开发了供体互补型引物编辑（DoPE），该方法结合3'-突出双链DNA供体、一对突出互补的引物编辑向导RNA和PE2*引物编辑器，可在避免双链断裂的情况下精确插入长达12.5 kb的DNA序列。
推荐理由：该方法避免了双链断裂，支持单步插入长达12.5 kb的DNA片段，为基因编辑提供了新的文库兼容性工具。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6060 Prime Assembly 工具实现大片段 DNA 的精确基因组整合
研究者开发了名为 Prime Assembly (PA) 的可编程基因替换工具，利用 prime editing 在基因组和供体 DNA 上产生 3'-flap 实现精确退火。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7272 AIntibody 公布计算抗体设计盲测基准，锚定实验亲和力与可开发性
AIntibody 挑战赛面向 29 家机构征集 511 份 AI 抗体设计方案，围绕亲和力成熟、HCDR3 聚类排序与文库外 CDR 设计三个任务开展实验评测。少数团队做出了亲和力低于 100 pM 的可开发抗体，但成功未能跨任务迁移；除一组外，多数方法在 HCDR3 聚类排序上差于随机挑选，文库外设计表现也参差不齐。
推荐理由：AIntibody 作为 CASP 式盲测基准，29 家机构共 511 份 AI 抗体方案被实验验证，可作为评估计算抗体设计方法的参考坐标。
顶刊论文（社媒热度）精选评分5858 SpotMAX 多维点状结构自动检测与量化通用框架
研究人员推出 SpotMAX 通用框架，用于显微镜点状结构自动检测与量化，支持三维及多维数据，并集成细胞分割与追踪模块及图形用户界面。在大规模 3D 基准上，SpotMAX 与现有最优工具及专家人工标注表现相当或更优，已应用于秀丽隐杆线虫减数分裂交叉、酵母线粒体 DNA 动态及小鼠干细胞端粒长度等生物学问题。该框架可灵活整合其他 AI 模型，DOI：10.1126/sciadv.adw3811。
推荐理由：原文在大规模3D基准上与现有工具和专家标注对比，展示了跨多个生物学问题的通用表现，可作为显微镜点状结构分析的可迁移方法。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7272 VLP 工具包实现原代人髓系细胞靶向基因编辑与 CRISPR 池化筛选
一种 VLP 递送工具包 SLICeVLP 可以在原代人单核细胞、巨噬细胞与树突状细胞中实现高效 CRISPR 敲除、碱基编辑与表观沉默，并支持池化功能缺失筛选与 Perturb-seq。
推荐理由：这套 VLP 工具包把 CRISPR 筛选从细胞系推进到原代人髓系细胞，为髓系细胞疗法靶点筛选提供新的方法学路径。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6565 dsRNAscan 绘制人类 dsRNAome 图谱，揭示保守性、分子间双链 RNA 及 ADAR 依赖相关特征
作者开发了 dsRNAscan 工具，在人类基因组中预测出约 500 万条双链 RNA，其中约 240 万条为结合 A-to-I 编辑位点与 RNA 结构探测数据的高置信度结果，并富集于双链 RNA 结合蛋白结合位点。
推荐理由：dsRNAscan 公开了人类 dsRNAome 资源与约 240 万条高置信度双链 RNA 预测，读者可直接将其与 ADAR 依赖及免疫感知分析对接。
顶刊论文（社媒热度）精选评分7070 Spatial Hi-C-RNA：在同一组织切片上同时绘制3D基因组与转录组图谱
Spatial Hi-C-RNA 是一种多模态平台，可在同一组织切片上以近单细胞分辨率同时绘制全基因组染色质接触与转录组图谱。在小鼠脑、发育胚胎和人黑色素瘤中，该方法生成与组织解剖结构吻合的多模态图谱，并揭示 A/B 区室、拓扑关联域与染色质环等多尺度特征与区域及细胞类型特异的转录程序相关。
推荐理由：该平台在同一组织切片上同时获得染色质接触与转录组数据，使原位结构功能关系研究不必再依赖解耦的实验。
顶刊论文（社媒热度）精选评分6464 自闭症致病突变重塑蛋白互作网络并驱动神经发育异常
研究人员用亲和纯化-质谱绘制了100个高置信度ASD基因的蛋白互作网络，鉴定出超过1800个相互作用，并结合AlphaFold预测和脑类器官验证发现不同致病错义突变会趋同重塑这些网络。以FOXP1为例，不同患者来源变异会破坏其与FOXP4的相互作用，影响皮层神经发生和神经活动。论文DOI为10.1126/science.ady4523。
推荐理由：原文系统绘制了100个高置信度ASD基因的蛋白互作网络并用脑类器官验证FOXP1变异的功能后果，为后续机制研究和靶点筛选提供了可比较的参考底图。