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原文
bioRxiv Genomics· Valgardson, J., Swigut, T., Wysocka, J. ·· 1 天前精选评分72

RbP模型预测哺乳动物基因组中的增强子靶基因选择

Regulation by partition predicts enhancer target selection in mammalian genomes

导读

研究团队提出RbP模型,将增强子的调控输出按靶启动子的基因组距离、接触程度和内在特征分配,以预测哺乳动物基因组中的增强子靶基因选择。团队以piggyBac介导的SPIE-seq分析724个克隆系中的29,954处定位插入,检出18,440个增强子—基因对的增强子依赖性表达变化。

推荐理由

SPIE-seq以29,954处插入量化增强子作用,RbP模型无需重训练即可跨物种、细胞类型及扰动方向迁移。

来源:bioRxiv Genomics · biorxiv.org

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