Nat Chem：UCLA Backus团队建立SEE-CITE硅醚化学蛋白质组学方法用于小分子结合位点发现
Nat Chem：UCLA团队-硅醚探针绘制小分子结合位点
加州大学洛杉矶分校Keriann M. Backus团队在Nature Chemistry发表论文，建立SEE-CITE（Silyl Ether Enabled Chemoproteomic Interaction and Target Engagement）方法。
发生了什么
加州大学洛杉矶分校Keriann M. Backus团队在Nature Chemistry发表SEE-CITE（Silyl Ether Enabled Chemoproteomic Interaction and Target Engagement）方法，在光交联handle中引入可化学切断的硅醚基团，实现标记位点的精确定位，并支持结构多样化合物之间相对结合位点占据的头对头比较[1]。团队同时扩展了MSFragger/FragPipe算法，为光亲和标记数据定制定位评分，从而在蛋白质组学尺度上发现小分子结合位点。共同第一作者为Chau Ngo与Sho Takechi。据报道，该方法能识别已知药物结合位点（如COX5A相关位点）并揭示新的小分子结合位点[2]。
为什么重要
化学蛋白质组学领域长期面临两个问题：小分子在蛋白上具体结合在哪个残基，以及不同结构化合物在同一蛋白上的关系能否定量。SEE-CITE用可切断的硅醚连接臂将光亲和标记从'有没有结合'推进到'结合在哪个氨基酸'的位点解析层面，配合FragPipe位点评分可直接比较两个化合物在同一蛋白上的位点级相对占据率。对做化学探针、苗头化合物确证和脱靶谱绘制的人有用：原本需要分别做蛋白水平pull-down和位点突变才能回答的问题，现在可以在一次蛋白质组学实验里同时给出蛋白和残基两个维度的答案，且算法工具链公开可用。
还缺什么
材料未披露该方法在多少蛋白、多少位点上做过系统验证、回收率与位点定位精度的基准数据；FragPipe定制评分算法在外部数据集上的表现、待确认。该技术是否已申请专利或与药企开展合作、待确认。从实验室方法走向商业化蛋白质组学服务的进展、待确认。
- 1.Small-molecule binding-site discovery using silyl ether ... · nature.com 2026
- 2.Small-molecule binding-site discovery using silyl ether ... · read.qxmd.com 2026
SEE-CITE把光亲和标记从蛋白水平推进到残基水平定位，并配套扩展了FragPipe打分算法，便于在化学探针筛选和脱靶发现流程中直接复用。
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