分子胶水无处不在:嘌呤代谢物与硫嘌呤药物充当 PPAT–NUDT5 拴系胶水
Molecular glue everywhere: Metabolites join the party.
Witus 等在 Nature 报道,内源性嘌呤核苷酸与硫嘌呤药物可充当分子胶水,将 PPAT 拴系至其抑制剂 NUDT5,阻断嘌呤合成。该机制依赖具有可塑性及协同作用的结合口袋,提示代谢物本身也可介导蛋白-蛋白相互作用。
分子胶的故事始于植物激素生长素,随后以免疫调节酰亚胺类药物(IMiDs)为代表的合成小分子把它推向药物发现前沿:这类单价小分子通过稳定天然相互作用或诱导新生相互作用使蛋白质彼此靠近,热力学上的共同特征是配体将两个亚基间原本微弱的微摩尔级亲和力增强到纳摩尔水平[1,2]。不过,已知分子胶多来自植物信号或人工设计的药物,这种作用方式在人类细胞中是否存在内源对应物,长期以来并不清楚[7]。
嘌呤从头合成(DNPB)的调控提供了另一条线索。通路限速酶PPAT(磷酸核糖焦磷酸酰胺转移酶)早就被证明受终产物嘌呤核苷酸的别构反馈抑制:枯草芽孢杆菌的PPAT是200 kDa四聚体,可结合8分子AMP,分别位于催化位点和亚基间的调节位点[4]。在哺乳动物细胞中,DNPB的十步反应由六种酶催化,它们聚集成“嘌呤体”,其组装与解聚随胞内嘌呤水平动态变化[3]。近两年,NUDT5进入这一画面:嘌呤补救时,它以不依赖催化活性的支架方式结合PPAT,促进后者寡聚、抑制其酶活并驱动嘌呤体解聚,从而压制DNPB;破坏这一互作会解除抑制并导致硫嘌呤耐药[5,6]。但细胞究竟如何感知嘌呤丰度、什么分子把NUDT5与PPAT拉到一起,仍是悬案。
Witus等人在Nature上的新工作解开了这个结[7]。他们发现嘌呤核苷酸本身就是分子胶:这些内源代谢物把限速酶PPAT与其抑制蛋白NUDT5拴在一起,阻断嘌呤合成,使细胞得以感知嘌呤水平并建立必要的反馈控制,作者称之为“代谢物胶”。自1950年代起用于临床的硫嘌呤类药物同样胶合这一复合物,却采取与内源核苷酸不同的取向以获得增强的功能。与多数已知分子胶不同,PPAT-NUDT5的胶袋能调整自身构象以容纳化合物的显著改变,从而提高胶效力、改善靶向活性;口袋的可塑性与协同相互作用,也正呼应了分子胶领域强调的界面协同结合原则[1]。
就领域推进而言,这项研究把两条线索接到了一起:相对经典的别构反馈抑制[4]和NUDT5-PPAT互作的表型描述[5,6],它给出了偶联嘌呤感知与通路抑制的具体分子实体,并把分子胶从植物信号与治疗药物[2]延伸到内源代谢物介导的营养感知,且表明这种内源调控模式可被用于治疗获益[7]。留下的问号同样不少:嘌呤之外还有哪些代谢物在充当分子胶,口袋可塑性能否转化为理性设计新胶的原则,个体间胶效力的差异如何影响硫嘌呤类的疗效与耐药[5,6],以及分子胶定义与热力学边界的长期争论[2]是否需要为代谢物改写,都有待后续工作回答。
- 1.Molecular glues for protein-protein interactions: Progressing toward a new dream · Cell Chem Biol 2024
- 2.Defining molecular glues with a dual-nanobody cannabidiol sensor · Nat Commun 2022
- 3.Reversible compartmentalization of de novo purine biosynthetic complexes in living cells · Science 2008
- 4.Structure of the allosteric regulatory enzyme of purine biosynthesis · Science 1994
- 5.NUDT5 regulates purine metabolism and thiopurine sensitivity by interacting with PPAT · Science 2025
- 6.A non-enzymatic role of Nudix hydrolase 5 in repressing purine de novo synthesis · Science 2025
- 7.Metabolite glues as a means of purine sensing and chemotherapeutic response · Nature 2026
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