药用水蛭Hirudo verbana的染色体级基因组组装与转录组资源

围绕药用蛭的研究已形成一定基础：Hirudo medicinalis长期用于神经系统、再生与修复研究，也具有清除术后淤血等医疗用途，但早期可公开利用的基因组和转录组序列仍很有限^[2]。此后，研究者构建了H. medicinalis基因组草图，并对H. medicinalis、H. orientalis和H. verbana三种近缘药用蛭的唾液细胞开展转录组分析，获得有关吸血生活方式、唾液成分及已知抗凝基因的新认识^[1]。这些工作为进一步整合基因组结构与多组织表达证据奠定了基础。

本论文针对实验室药用蛭H. verbana，以PacBio HiFi长读长和Hi-C数据支持基因组组装；同时对同一批5份组织来源RNA制备品的匹配等分样进行Illumina RNA-seq和PacBio Kinnex Iso-Seq测序。最终资源包含一个总计177.66 Mb的核基因组主组装，结构为14个染色体尺度支架，另保留40条非主记录，共3.14 Mb；线粒体基因组模型为19,644 bp，并配有重复序列注释。转录组与基因组证据共同支撑了17,789个基因模型和30,131条转录本的预测。

组装质量方面，主组装的支架N50为13.70 Mb，Merqury共识质量值为63.49，以lophotrochozoa odb12评估的BUSCO完整度为92.3%。Hi-C及比较分析支持其染色体尺度的整体组织，但靶向验证也识别出局部连接点的不确定性，尤其是Chr04。值得注意的是，该资源通过共享标识符连接基因组序列、转录组证据、可变转录本、功能注释和模型级来源信息，可用于模型评估、序列检索以及分子和比较分析。

与主要依托H. medicinalis草图、EST库或特定组织转录组的既有资源相比^[1][2]，本研究把H. verbana推进到染色体级组装，并将多组织转录证据、基因模型及其来源纳入统一框架。其价值不只是增加序列数量，而是提升不同证据层之间的可追溯性和联动分析能力。不过，现有结果虽支持染色体尺度的总体组织，Chr04等区域的局部连接关系仍不能视为完全确定，相关不确定性还需进一步验证。