MetaSBT与分类感知Sequence Bloom Trees大规模表征微生物暗物质
MetaSBT是基于分类感知Sequence Bloom Trees的可扩展k-mer聚类框架,1,000至100,000基因组下索引、查询、增量更新均呈线性扩展。
推荐理由:MetaSBT用基于Bloom filter的SBT结构替代传统比对聚类,在10万基因组规模下保持线性时间和内存,为大规模宏基因组数据库的增量更新与未知微生物分类提供了可复用方案。
新技术、工具、数据集与图谱,以及会让既有数据打折的方法学发现。
MetaSBT是基于分类感知Sequence Bloom Trees的可扩展k-mer聚类框架,1,000至100,000基因组下索引、查询、增量更新均呈线性扩展。
推荐理由:MetaSBT用基于Bloom filter的SBT结构替代传统比对聚类,在10万基因组规模下保持线性时间和内存,为大规模宏基因组数据库的增量更新与未知微生物分类提供了可复用方案。
北京大学伊成器课题组与合作者在Nature发文,开发了基于AlphaFold3接触概率的AI框架ContactSeek,用于系统识别碱基编辑器中决定编辑特异性的关键氨基酸残基。研究整合AlphaFold3预测的接触概率与高通量测序获得的脱靶编辑信息,据此对Cas蛋白和脱氨酶进行工程化改造,显著提升了编辑特异性,为基因编辑工具的精准设计提供了新范式。
推荐理由:该工作把AlphaFold3接触概率与高通量脱靶数据耦合的思路可迁移到其他碱基编辑器或Cas蛋白的特异性改造。
北大、清华与华大合作开发的空间CRISPR筛选测序技术SPAC-seq登上Cell封面,并配套推出将基因扰动与空间表型及细胞微环境关联的统计框架TARDIS,实现空间分辨功能基因组学研究。
推荐理由:SPAC-seq 将 CRISPR 筛选与空间转录组耦合,配套 TARDIS 统计框架让研究者能在组织原位解析不同位置的基因功能贡献。