HP1 可不依赖 H3K9 甲基化驱动异染色质焦点形成、基因沉默与器官发生
HP1 can act independently of H3K9 methylation to promote heterochromatin focus formation, gene repression, and organogenesis
Delaney 等报道,秀丽隐杆线虫中 HP1 同源蛋白 HPL-2 可不依赖 H3K9 甲基化形成异染色质焦点、沉默基因并限制器官发生。HP1/HPL-2 与 H3K9 甲基转移酶 SETDB1/MET-2 通过结合不同辅因子分别形成异染色质焦点,与沉默活性对应的是这些焦点本身而非 H3K9me3。
异染色质的经典图景建立在组蛋白H3第9位赖氨酸甲基化(H3K9me)与HP1蛋白的识别之上:H3K9me为HP1类色域蛋白提供结合位点[2],这一轴心从裂殖酵母到哺乳动物维持着异染色质[1];在拟南芥中,经趋同演化而来的HP1等效蛋白ADCP1同样作为多价H3K9me阅读器,为异染色质形成与转座子沉默所必需[1]。但裂缝早已显现:在体外重构体系里,HP1与甲基化染色质的结合相当微弱,需要ACF1、SU(VAR)3-9等辅助因子协助,提示HP1识别染色质的靶点并不止H3K9me一处[3];体内证据也在动摇这条轴心——果蝇H3K9R突变体中着丝粒周围异染色质的HP1a结合明显减少,却仍有小部分个体能够完成发育,转座子沉默才是H3K9主要的发育功能[4];而HP1a在活跃基因启动子处的招募本就不依赖H3K9me,而是与HP2及开放染色质相关[5]。不过,HP1能否在完全没有H3K9甲基化的情况下沉默基因并驾驭发育进程,一直悬而未决。
Delaney等人的新工作正面回答了这个问题。他们发现,HP1同源蛋白HP1HPL-2可以在不依赖H3K9甲基化、也不依赖主要H3K9甲基转移酶SETDB1MET-2的条件下沉默基因并限制器官发生。机制上,HP1HPL-2与SETDB1MET-2各自通过结合不同的辅因子形成异染色质聚焦;与基因沉默以及器官发生的发育调控相吻合的,正是这些聚焦本身,而非H3K9me3。
相对已有认识,这项工作把此前零散的线索推到了功能层面。过去只知道HP1结合甲基化染色质需要辅助因子[3]、HP1a在某些基因座位的招募不依赖H3K9me[5]、H3K9本身对发育并非绝对必需[4];如今则表明,HP1的基因沉默与器官发生调控输出可以整体脱离H3K9甲基化及主要甲基转移酶而实现,解释的重心也随之从组蛋白标记转移到由辅因子驱动的异染色质聚焦形成上来。
当然,未决的问题仍然不少:两类聚焦分别借助哪些辅因子、以怎样的分子机制落实基因沉默与器官发生限制,两条通路在基因组上如何分工协同,以及这种不依赖H3K9me3的模式在其他物种中是否同样成立,都有待后续研究回答。
- 1.Plant HP1 protein ADCP1 links multivalent H3K9 methylation readout to heterochromatin formation · Cell Res 2019
- 2.Heterochromatin and RNAi are required to establish CENP-A chromatin at centromeres · Science 2008
- 3.HP1 binding to chromatin methylated at H3K9 is enhanced by auxiliary factors · Mol Cell Biol 2007
- 4.Direct interrogation of the role of H3K9 in metazoan heterochromatin function · Genes Dev 2016
- 5.HP1a recruitment to promoters is independent of H3K9 methylation in Drosophila melanogaster · PLoS Genet 2012
在秀丽隐杆线虫中证明 HP1 可不依赖 H3K9 甲基化形成异染色质焦点并沉默基因,为异染色质经典模型提供新的对照。
来源:Molecular Cell · cell.com
