藏于眼前：dsRNAscan 照亮人类 dsRNA 组

双链RNA（dsRNA）作为病毒感染的标志性分子，长期以来被视为先天免疫激活的核心触发因素^[1]。然而，自身来源的dsRNA在正常生理或应激条件下也会积累，并通过PKR、MDA5等传感器引发类似抗病毒的免疫反应，其失调与Aicardi-Goutières综合征等自身免疫病密切相关^[1]。研究已揭示内源dsRNA主要源于转座子重复序列、线粒体双向转录产物以及顺反义转录本形成的分子间双链结构^[3,5]。ADAR1通过腺苷脱氨编辑抑制自身dsRNA的免疫原性，且其功能延伸至编辑非依赖性调控线粒体dsRNA^[5]。但现有的dsRNA鉴定手段高度依赖ADAR编辑位点的检测，受限于转录水平、测序深度及ADAR表达量，难以捕捉未编辑的dsRNA^[6]；实验性结构探测如DMS-MaPseq虽能在体定量RNA二级结构^[2]，却难以全基因组规模系统绘制dsRNA图谱；计算预测工具虽结合热力学模型提升了准确性^[4]，但仍缺乏针对人类全基因组dsRNA组的整体性资源。此外，关于是否存在大量顺反义转录本衍生的分子间dsRNA并被ADAR编辑，此前研究得出的结论并不一致^[7]。

为此，Andrews和Bass开发了dsRNAscan计算工具，对人类全基因组进行扫描，预测出约500万个潜在dsRNA，绝大多数位于重复序列与基因间区^[6]。利用A-to-I编辑位点与RNA结构探测数据训练的机器学习模型，他们筛选出约240万个高置信度预测，这些序列显著富集于已知dsRNA结合蛋白的结合位点^[6]。进一步分析揭示了数百个脊椎动物保守的dsRNA，以及数千个编辑富集区域，推测源于正义与反义转录本配对形成的分子间dsRNA^[6]。通过量化细胞质免疫传感器可及的分子内与分子间dsRNA表达比例，发现该比值在癌细胞系中与ADAR依赖性呈相关^[6]。所有预测结果已整合为人类dsRNA组资源数据库，供研究者在线检索与分析^[6]。

这项工作在多个层面推进了认知。首先，它提供了不依赖编辑检测的全基因组dsRNA预测图谱，弥补了以往仅能通过编辑位点间接推断dsRNA存在的局限^[6]。其次，大规模预测的分子间dsRNA候选者为顺反义转录本形成完美双链并被ADAR编辑的可能性提供了新证据，与先前认为此类编辑罕见的观点形成对比^[7]，提示细胞背景或检测灵敏度可能影响结论。再次，dsRNA保守性分析与ADAR依赖性相关性揭示了dsRNA组进化与免疫调控的潜在联系，呼应了ADAR1在核与线粒体转录本中双重调控机制的发现^[5]。数据库的公开发布^[8]也为后续功能研究奠定了资源基础。

尽管如此，dsRNAscan基于序列互补性预测，尚未结合细胞类型特异性的转录组动态或RNA结构在体的实时构象，预测的功能相关性仍需实验验证。高置信度集合虽经机器学习筛选，但假阳性率未完全明确；保守性dsRNA的生物学功能、分子间dsRNA在免疫激活中的定量贡献，以及ADAR依赖性相关性的因果机制，均有待进一步解析。未来结合单细胞结构探测、原位捕获技术及遗传扰动，将有助于厘清dsRNA组在生理病理过程中的精确角色。