FGF2刺激和SOS抑制下Y1肾上腺皮质细胞的时间分辨蛋白质组与磷酸化蛋白质组数据集

Y1小鼠肾上腺皮质肿瘤细胞系是肿瘤研究与ACTH介导类固醇生成的经典模型：早在1979年，对Y1突变克隆的分析就证明腺苷酸环化酶与cAMP依赖性蛋白激酶是ACTH刺激类固醇生成通路的必需组分^[3]，随后盐诱导激酶等分子也被纳入Y1的ACTH/cAMP信号^[4]；抑制Tcf/β-catenin复合物则被证明可增加肾上腺皮质肿瘤细胞凋亡并损害增殖与类固醇生成^[5]。人类肾上腺皮质肿瘤的分子刻画长期停留在转录本层面，如cDNA微阵列鉴定的IGF-II簇与类固醇生成簇可预测恶性程度^[2]；而在KRAS/BRAF突变背景的类器官中，上游受体活性已被证明能显著放大MAPK/ERK信号转导效率^[1]。FGF受体及其通路也已在肾上腺皮质肿瘤中被作为潜在治疗靶点加以研究^[6]。然而，Y1在接受生长因子扰动后的时序性蛋白与磷酸化层面数据一直稀缺，这正是本研究切入之处。

作者指出，Y1携带KRAS基因扩增，其肿瘤表型由SOS介导的激活和持续升高的ERK水平维持；而丝裂原FGF2在该体系中诱导的却是非典型细胞毒性应激与细胞死亡而非增殖，对KRAS-ERK动力学构成强扰动。加之其团队近期发现SOS并非Y1中KRAS激活的唯一负责者，GEF与GAP的调控格局更为复杂，作者由此构建了0至30分钟时间分辨的DIA蛋白组与TMT/DDA磷酸化蛋白组数据集：在FGF2刺激、或联合SOS抑制剂、有或无FBS的条件下各设技术三次重复，分别使用Q Exactive和Thermo Lumos质谱仪。鉴于SOS1上已出现可被现代抑制剂利用的可药口袋^[7]，且RAS-GTP结合可将SOS1催化活性提高至多500倍并形成正反馈环路^[8]，SOS抑制是可操作的扰动手段。分析共获得14,512个磷酸位点和8,919个蛋白组，其中10,471个磷酸位点和111个蛋白组呈统计学显著的差异丰度（limma，FDR<0.05%）。

相比既往对肾上腺皮质肿瘤的转录层面刻画^[2]和Y1中单条通路的功能研究^[5]，这项工作把观测推进到分钟级、全蛋白组与磷酸化位点层面，使研究者得以追踪FGF2触发的生死开关与SOS依赖激活受损引发的替代应激反应之间的潜在机制，并为常微分方程等动力学建模框架提供了目前仍然稀缺的时间序列输入。

需要说明的是，这仍是一份预印本，数据要待正式发表后才会上传JPOST Repo；实验设计为技术三次重复，30分钟窗口也只覆盖早期信号事件。FGF2为何在Y1中导向细胞死亡、SOS之外的GEF与GAP如何支撑KRAS激活，这些问题仍有待后续研究回答。