《Nature》发表 2856 例临床样本空间蛋白质组图谱
2856例临床蛋白组堆出的《Nature》,数据好申请
《Nature》发表题为 Spatial distribution of the proteome in the human body and in cancers 的研究,基于 2856 例临床 DIA-MS 蛋白质组数据生成超过 13,000 种蛋白质。
人体蛋白质在组织间的分布图谱,是这个领域过去十年持续积累的方向。人类蛋白质图谱(HPA)以定量转录组联合组织芯片免疫组化,在32种组织和器官中把蛋白定位做到单细胞水平,检测了九成以上推定的蛋白编码基因[1],其后又把数据细化到单细胞类型层面[6]。质谱侧同样在推进:29种健康组织的配对蛋白组与转录组共定量了13,640种蛋白[3],心脏则被做到16个解剖区域、10,700余种蛋白的单器官深度[4]。但拼图相当分散:癌症一侧的规模化数据主要来自细胞系,即949个细胞系、28种组织类型、8,498种蛋白[2];以正常健康背景为主的丰度数据库也难以直接回应肿瘤问题[5]。要在同一资源里同时纳入胎儿、肿瘤、邻近非肿瘤与健康成人组织,并覆盖全身主要组织类型,并不容易。
这条消息报道的,是2026年6月见刊于《Nature》的"Spatial distribution of the proteome in the human body and in cancers":研究堆叠了2856例临床样本的DIA-MS蛋白质组数据,定量超过13,000种蛋白质,覆盖58种主要组织类型、251种特定组织亚型和25种不同癌症,能够描绘跨组织类型和生理状态——胎儿、肿瘤、邻近非肿瘤及健康成人组织——的蛋白质组轨迹。消息还特别提到,这套数据申请门槛不高。
放在上述脉络里,推进是具体的:组织覆盖从HPA的32种扩到58种、251个亚型[1];蛋白质覆盖与29种健康组织图谱同为1.3万量级[3],但状态轴从健康成人延伸到了发育与肿瘤;癌症一侧则从949个细胞系[2]转向2856例临床样本的直接测量。以“轨迹”刻画蛋白组随状态变化的做法,也与跨50年生命周期的蛋白质组老化图谱思路相承[7]。对想做二次分析的人而言,数据可得性或许和发现本身同样重要。
当然,消息只交代了资源的规模与覆盖,未给出具体生物学发现和验证细节,成色还需回到原文检验;蛋白层面的差异能否像细胞系研究提示的那样,转化为转录层面看不到的标志物[2],以及如何与HPA的单细胞多模态数据整合[6],仍是留给后续工作的问题。
- 1.Proteomics. Tissue-based map of the human proteome · Science 2015
- 2.Pan-cancer proteomic map of 949 human cell lines · Cancer Cell 2022
- 3.A deep proteome and transcriptome abundance atlas of 29 healthy human tissues · Mol Syst Biol 2019
- 4.Region and cell-type resolved quantitative proteomic map of the human heart · Nat Commun 2017
- 5.PaxDb 5.0: Curated Protein Quantification Data Suggests Adaptive Proteome Changes in Yeasts · Mol Cell Proteomics 2023
- 6.The human protein atlas-Integrated omics for single cell mapping of the human proteome · Protein Sci 2023
- 7.Comprehensive human proteome profiles across a 50-year lifespan reveal aging trajectories and signatures · Cell 2025
原文给出一个覆盖 58 种组织与 25 种癌症、2856 例样本的空间蛋白质组参考数据集,便于跨组织蛋白表达分布的查询。
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