含简化氮杂环丁烷基团的设计型肽基核苷类抗生素的定向生物合成
Directed biosynthesis of the designer peptidyl nucleoside antibiotics featuring a simplified azetidine-containing moiety
研究人员在工业多氧霉素(POL)生产菌中定向生物合成出一系列含简化氮杂环丁烷基团的设计型POL类似物。其中POL-AX、POL-HX和POL-KX三个含l-A2CA基团的类似物对白色念珠菌和大豆疫霉抑制活性增强。分子对接分析显示这些类似物能更好嵌入几丁质合酶活性口袋,为靶向几丁质生物合成的下一代抗真菌剂研发奠定基础。
真菌与类真菌病原体引起的感染在过去数十年间持续增多,已成为全球性健康威胁,而临床上可用的抗真菌药物种类有限,耐药问题又不断加剧,开发新药始终是迫切的医学需求[1][5]。由于哺乳动物细胞不含细胞壁,以细胞壁为靶点的药物具有内在的选择性优势,其中几丁质的合成可被多氧菌素和尼柯霉素等核苷类抗生素抑制[3][5];但在靶向细胞壁的候选药物中,几丁质合成酶抑制剂尼柯霉素类虽曾进入开发却已中止,真正推进到后期临床的是作用于β-1,3-葡聚糖合酶的棘白菌素类[4]。与此同时,人们对肽基核苷抗生素的生物合成已有酶学层面的积累,例如尼柯霉素肽基部分中β-羟化组氨酸的形成,依赖氨基酸先共价拴系于载体蛋白结构域、再进行下游修饰的策略[2],可多氧菌素的化学多样性与治疗潜力却长期挖掘不足。
发表于 Synthetic and Systems Biotechnology 的一项新研究由此切入。多氧菌素(POL)本是一类结构相近、靶向真菌细胞壁合成的环境友好型杀菌剂,作者通过理性设计构建了一系列带有简化氮杂环丁烷结构单元的类似物,并以工业多氧菌素生产菌作为细胞工厂实现了定向生物合成。其中三个含 l-A2CA(l-氮杂环丁烷-2-羧酸)结构单元的类似物 POL-AX、POL-HX 与 POL-KX,对白色念珠菌的抑制活性得到增强,甚至对卵菌植物病原大豆疫霉(Phytophthora sojae)也显示出更强的抑制作用;系统的分子对接分析表明,这三个分子能够更好地嵌入几丁质合成酶的活性口袋,为活性的提升提供了直接解释。
这项工作把理性设计、定向生物合成与活性验证串成了一条完整链条:对肽基部分做“简化”而非复杂化的改造,同样可以改善配体与几丁质合成酶活性口袋的适配;而依托产生菌自身的合成能力,新类似物能够在工业菌株中被直接制造出来,为这类抗生素后续的结构拓展提供了可复用的路径。活性数据同时覆盖人类病原真菌与卵菌植物病原,也提示简化改造后的多氧菌素在医药和农业两个方向都有继续开发的潜力,正回应了当前对抗真菌新药的迫切需求[1][5]。
当然,分子对接仍属计算层面的推断,报道中并未提供类似物与几丁质合成酶复合物的结构证据或酶动力学数据,“更好地嵌入活性口袋”的解释还有待实验检验;这些类似物的选择毒性、体内表现以及能否真正走向临床或田间应用,也仍是尚未回答的问题。
- 1.Cinnamaldehyde and its derivatives, a novel class of antifungal agents · Fitoterapia 2016
- 2.Formation of beta-hydroxy histidine in the biosynthesis of nikkomycin antibiotics · Chem Biol 2002
- 3.Antibiotics that inhibit fungal cell wall development · Annu Rev Microbiol 1994
- 4.Update on antifungals targeted to the cell wall: focus on beta-1,3-glucan synthase inhibitors · Expert Opin Investig Drugs 2001
- 5.Microbial natural products as a source of antifungals · Clin Microbiol Infect 2003
来源:文献与产业新闻 · pubmed.ncbi.nlm.nih.gov