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Swap-seq结合先导编辑与流式分选解析非编码调控元件
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事件综述
2026年10月9日，bioRxiv Genomics发表论文，介绍Swap-seq方法。该方法将成对先导编辑与流式分选相结合，在THP-1单核细胞中对PPIF基因的内源调控元件进行大规模删除，并通过流式分选定量测量表达变化。论文刻画了PPIF基因的远端与内含子增强子、CTCF绝缘子，并发现一类通过HDAC介导邻近增强子沉默来调控远端基因的沉默子。此外，研究人员利用该数据集对序列到功能模型进行基准测试，结果显示现有模型可捕捉调控元件的局部活性，但无法将其与远端靶基因正确关联。
由模型根据报道生成 · 2 小时前更新
最新进展10月9日 08:00
Swap-seq在THP-1细胞中绘制增强子、沉默子与拓扑元件图谱，并揭示现有调控模型在远端靶基因关联上的局限。报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
10月9日
- bioRxiv Genomics精选用先导编辑删除筛选系统绘制增强子、沉默子与拓扑元件图谱
作者开发 Swap-seq，将成对先导编辑与流式分选结合，在 THP-1 单核细胞中对 PPIF 基因的内源调控元件进行大规模删除并定量测量表达变化。论文刻画了远端与内含子增强子、CTCF 绝缘子，并发现一类通过 HDAC 介导邻近增强子沉默来调控远端基因的沉默子。利用该数据集对序列到功能模型做基准测试发现，现有模型可捕捉调控元件的局部活性，但无法将其与远端靶基因正确关联。
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