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Nature Biotechnology· Henry E. Miller·· 1 天前精选评分65

在标定度量下深度学习遗传扰动预测模型可超越基线

Deep learning perturbation models can outperform baselines on calibrated metrics

导读

该工作提出动态范围分数(DRF)标定框架和插值重复基线,用于评估扰动预测度量对生物学信号灵敏度。在14个数据集、18个度量上测试9个深度学习模型(scGPT、GEARS、PRESAGE、scLambda、CellFlow等)和4种基础模型嵌入探针,结果显示标定度量下多数模型可超越无信息基线,PRESAGE在Wessels23组合扰动任务上于15/18个度量超过加性基线。

推荐理由

该工作提出 DRF 标定框架与插值重复基线,说明先前基准因度量未标定而低估了深度学习模型在遗传扰动预测中的真实表现。

来源:Nature Biotechnology · nature.com