开源图像分析软件 ImageJ / Fiji 及其生态（Kevin Eliceiri）

iBiology Techniques 系列对开源图像分析软件 ImageJ（及 Fiji）及其生态的概览，由威斯康星大。

• 软件定位与历史：ImageJ 是自 1997 年、源于 NIH 的免费开源图像分析软件，面向几乎没有编程基础的生物学家也可扩展；定位为科研工具而非替代 Photoshop，支持 2D/3D 分析、透明、可重复。
• 版本关系：ImageJ2 为下一代（更强互操作、兼容新旧插件、支持大数据与脚本）；Fiji = “ImageJ1+2 with batteries included”，是面向显微镜用户的推荐版本，带持续维护与更新。
• 核心能力与 Bio-Formats：可打开多种显微镜格式，支持配准、分割、定量、3D 体渲染，体现开放科学、透明、可重复。
• 重点插件：Trainable Weka Segmentation（机器学习分割）；TrackMate（2D/3D 细胞与粒子追踪，文档完善、可扩展自有链接算法）；SightView/side view（高性能 3D 渲染、大数据、虚拟现实）。
• 开发者生态与价值观：支持脚本/宏与库复用；与 CellProfiler、NumPy、ITK 等集成；项目价值观强调功能、可扩展、互操作、免费可获取、透明可重复与社区论坛。