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CZI 虚拟细胞平台(VCP)CLI 基准测试工具演示(Biohub)
导读
CZI 虚拟细胞平台(VCP)CLI 演示聚焦 benchmarks 子命令,通过 pip 安装并复用 VCP 网站凭证登录。该子命令含 list、run、get 三项,支持按 model/task/dataset 过滤,也能直接评测平台外模型生成的 embedding 向量;结果支持 JSON 输出,metrics 依任务而定,如 clustering 任务的 NMI、ARI。
要点概括
CZI Virtual Cells Platform(VCP)的命令行工具演示,聚焦 benchmarking 子命令,让生物研究者用 CLI 访问虚拟细胞平台、评测 embedding / transcript 等模型。
- VCP CLI 通过 pip 安装,登录复用 VCP 网站凭证,提供 explore datasets/models 与 benchmarking 两类能力。
- `benchmarks` 含 list / run / get 三个子命令:list 可按 model / task / dataset 过滤(如仅列 transcriptformer 模型、或 tabula sapiens 血液集上的 embedding 任务);run 可从平台拉取模型/任务/数据自动跑,也支持对"平台外模型生成的 embedding 向量"直接 benchmark(便于评测预发布模型)。
- get 取回结果,metrics 随任务而定(如 clustering 任务的 normalized mutual information、adjusted rand index),并支持 JSON 输出以便与其他工具互通。
- 定位:方法/平台工具(CZI 虚拟细胞平台 CLI,用于评测生物基础模型);属 AI4Science 平台侧,但本次为软件功能演示短片(339 词),不展开科学结论。
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