引导组装(Prime assembly)实现大片段DNA定点整合与基因组重排
Nature | 引导组装(Prime assembly)实现大片段DNA定点整合与基因组重排
Nature 报道一种名为 Prime assembly 的方法,将引导编辑在基因组特定位点产生的可编程单链 DNA 末端与分子克隆领域的 Gibson 组装原理结合,在细胞乃至动物水平实现多片段 DNA 的原位组装和定向整合。原文指出,相较 PE 与整合酶组合需额外蛋白组分、双链 DNA 供体存在细胞毒性的局限,Prime assembly 的思路有望用一套方案覆盖同一基因内的多种致病变异。
遗传病常由同一基因的不同致病突变引起,因此如果能在内源位点整体替换突变热点区域或精准插入完整的功能基因单元,就有望用一套治疗方案覆盖多种突变。引导编辑(prime editing, PE)是一种可在不产生双链断裂的前提下,于哺乳动物细胞和动物中安装替换、插入与缺失的精准基因编辑技术[2]。不过常规PE主要适用于短片段DNA编辑;将PE与整合酶或重组酶联用(例如twinPE与重组酶串联)虽可实现大于5 kb的插入与倒位[1],但需要额外的蛋白组分和重组步骤[2],且供体双链DNA本身也可能带来细胞毒性。受逆转录转座子机制启发开发的模板跳跃PE虽可在小鼠肝脏中实现外显子改写,但其可处理片段长度仍有限[4]。更早的工作则借助锌指核酸酶在特定位点诱导双链断裂来刺激长达1.5 kb片段的位点特异性整合[3]。
针对上述瓶颈,最新发表于Nature的工作提出了"引导组装(prime assembly, PA)"策略。该方法的逻辑起点在于:分子克隆中广泛使用的Gibson组装依靠不同DNA片段单链末端之间的互补实现多片段的体外高效拼接,而PE编辑恰好可在基因组特定位点产生可编程的单链DNA末端。研究团队由此将PE改造为可编程的基因替换工具[5],借助引导编辑器在靶位点产生一对或两对3'瓣作为锚定用的"系绳"[5][6],以RNA可编程方式实现单链或双链DNA片段的位点特异性整合[7]。与依赖双链断裂的同源重组修复不同,该方法不依赖于经典的HDR途径[7],且以单步操作完成整合,省去了整合酶等额外蛋白组分的引入。
据同行评审来源报道,引导组装可实现约0.1至11 kb范围DNA片段的精准插入[8],并将靶向整合能力扩展至基因组重排[9]。这意味着对于由同一基因中不同突变引起的一大类遗传病,有望通过在突变热点区域进行一次性的整体替换或精准插入完整功能基因单元来简化治疗路径,不必为每一种致病突变单独设计方案。
不过,作为一项尚处发展阶段的技术,引导组装在大片段情况下的整合效率、不同细胞与组织类型中的适用性、体内递送方式及安全性方面仍待进一步评估;要在临床上真正以"一套方案覆盖多种突变",仍需在更多遗传病模型中加以验证。
- 1.Designing and executing prime editing experiments in mammalian cells · Nat Protoc 2022
- 2.Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA · Nature 2019
- 3.Targeted gene addition into a specified location in the human genome using designed zinc finger nucleases · Proc Natl Acad Sci U S A 2007
- 4.Template-jumping prime editing enables large insertion and exon rewriting in vivo · Nat Commun 2023
- 5.Precise genomic integration of large DNA fragments by ... · nature.com 2026
- 6.Prime Assembly Expands Genome Editing with Precise ... · genengnews.com 2026
- 7.Targeted genomic integration and rearrangement using ... · broadinstitute.org 2026
- 8.Prime Assembly Enables Precise 11 kb Large DNA Insertions · editxor.com 2026
- 9.Targeted genomic integration and rearrangement using ... · nature.com 2026
原文交代 Prime assembly 的设计逻辑,用引导编辑在基因组位点产生可编程单链 DNA 末端,再借鉴 Gibson 组装的互补配对实现多片段原位组装。
来源:中文产业新闻 · mp.weixin.qq.com