魏迪明团队与合作者在 Nat Biotechnol 发表下一代高通量基因从头合成技术
Nat Biotechnol | 魏迪明团队与合作者开发下一代高通量基因从头合成技术
魏迪明团队与合作者在 Nat Biotechnol 发表下一代高通量基因从头合成技术论文,BioArt 对其进行了转载。原文导语指出国内在寡核苷酸到基因和基因组的组装过程中长期依赖经典 DNA 聚合酶延伸反应,原始创新较少。
基因和基因组的从头合成是合成生物学最底层的使能技术,而把海量短寡核苷酸拼装成可用长片段的组装环节,长期被视为限制领域发展的技术瓶颈[1]。这一环节的经典范式大体建立在酶促反应之上:2004年的可编程微阵列方案以一步聚合酶组装多重化反应把芯片合成的寡核苷酸拼成多个基因,并借助选择寡核苷酸的杂交把合成错误降低九倍[3];同期的高通量路线用自动化PCR介导的基因合成把40碱基寡核苷酸做成500至800 bp的合成子,再经酶切连接成约5 kb的大片段[4];2010年的规模化方案仍以优化的组装反应加酶法纠错为核心,从含1.3万条寡核苷酸、编码约2.5 Mb DNA的复杂背景中并行合成了47个基因、共约35 kb[2]。
8月25日的消息报道,魏迪明团队与合作者在Nature Biotechnol发表了下一代高通量基因从头合成技术。消息给出的语境是:合成生物学是“十五五”发展的重点领域之一,基因和基因组合成是其最根本的底层技术;在这一底层技术的迭代中,我国长期处于追赶位置,虽取得长足进步,但原始创新罕见,几乎没有定义新技术浪潮的中国方案出现,而在从寡核苷酸到基因和基因组的组装这一关键步骤上,国内学界和业界长期依赖经典的DNA聚合酶延伸反应。
放在上述背景中,这项工作的定位便清晰起来:此前的高通量路线无论寡核苷酸来源如何升级,从寡核苷酸池到成品基因的组装仍主要依托聚合酶延伸与酶切连接类反应[2][3][4],而组装本身也被公认为限速环节[1]。消息正是在国内长期依赖经典DNA聚合酶延伸反应、缺少定义新技术浪潮的原创方案的语境下,把这项工作作为“下一代”高通量基因从头合成技术来介绍。
也要看到,这条资讯属于预告性质,并未披露具体技术路线、通量、错误率或成本等关键数据,因而无法与既有的芯片合成体系[2][3]作直接比较;而领域内的老问题依然摆在面前——芯片寡核苷酸的高错误率和混合物复杂性曾是规模化基因合成的主要障碍[2],组装仍是公认的限速步骤[1]。新方法能在多大程度上回应这些问题,并从基因尺度推向基因组尺度,有待原文与后续工作给出答案。
- 1.DNA assembly for synthetic biology: from parts to pathways and beyond · Integr Biol (Camb) 2011
- 2.Scalable gene synthesis by selective amplification of DNA pools from high-fidelity microchips · Nat Biotechnol 2010
- 3.Accurate multiplex gene synthesis from programmable DNA microchips · Nature 2004
- 4.Total synthesis of long DNA sequences: synthesis of a contiguous 32-kb polyketide synthase gene cluster · Proc Natl Acad Sci U S A 2004
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