bioRxiv Genomics· Zhang, M., Myers, J. D., Shi, L., Giglio, R. M., Chatterjee, S., McFaline-Figueroa, J. L., Azizi, E. ·· 6 天前精选评分48
SHERLOCK:用于下游扰动效应结构化表征学习与因果推断的框架
SHERLOCK: Structured representation learning and causal inference of downstream perturbation effects
导读
SHERLOCK 是一个用于单细胞扰动分析的可解释深度生成框架,它将扰动效应表示为对潜在基线细胞状态的结构化干预。该框架学习相关且稀疏的扰动表征,能根据共享的转录反应对遗传和药理学扰动进行组织,并可量化不同条件下的扰动反应变化以及组合式建模组合扰动效应。在基因组规模CRISPR、化学和空间扰动数据集上的测试表明,SHERLOCK能够恢复与已知生物通路和药理学特性一致的扰动关系。
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