MLLT1和MLLT3将AID集中于特定位点一文的作者更正
Author Correction: Histone readers MLLT1 and MLLT3 concentrate AID to confer locus specificity
《Nature》发布对论文"Histone readers MLLT1 and MLLT3 concentrate AID to confer locus specificity"的作者更正,纠正合著者Marcelo A. Navarrete的姓氏拼写错误(原误写为Navarrette),HTML和PDF版本已同步更新。
抗体多样化依赖激活诱导的胞嘧啶脱氨酶AID在免疫球蛋白基因上引入突变,但AID也会脱靶损伤癌基因,诱发染色体易位和淋巴瘤。深度测序研究早已发现,AID在全基因组范围与启动子附近停滞的RNA聚合酶II及活性染色质标记广泛关联,而辅助因子RPA的占位几乎仅限于免疫球蛋白基因[1];后续工作进一步显示,AID的脱靶损伤并非随机散布,而是成簇富集于超级增强子与调控簇[2];在转录层面,DOT1L通过限制延伸速度、延长RNAPII停顿为AID的有效作用创造条件[4]。然而,组蛋白乙酰化这类活性标记如何被“读取”、进而转化为AID在特定基因座的富集,一直缺乏明确的分子答案。
本研究把目光投向YEATS家族组蛋白读取蛋白MLLT1(ENL)和MLLT3(AF9)。此前的研究表明,AF9的YEATS结构域强烈结合H3K9ac,并把组蛋白乙酰化与DOT1L介导的H3K79甲基化偶联起来[3];ENL则与急性髓系白血病中活跃转录基因启动子上的H3K27ac/H3K9ac共定位,维系癌基因表达[5]。作者在CH12F3小鼠B细胞和Ramos人B细胞(均构建了含重排Igh/IGH VDJ序列的自定义参考基因组)中开展多层分析:BioID邻近标记蛋白质组、AID CUT&RUN与ChIP-seq刻画AID占位、TT-seq用于转录动力学参数计算、Nanopore扩增子测序对免疫球蛋白基因做突变分析,并以酵母和果蝇基因组作spike-in归一化;同时重新分析了活化B细胞、SUDHL5等数据的H3K27ac/H3K9ac与超级增强子注释,并比对了LLMPP整理的人B细胞淋巴瘤异常SHM区域目录。论文的核心结论是:MLLT1和MLLT3作为组蛋白读取蛋白把AID浓缩到特定基因座,从而赋予AID靶向的基因座特异性。
就推进而言,这项工作把以往停留在相关性层面的“活性染色质标记—AID靶向”联系落实到了具体的读取蛋白分子上,也为超级增强子为何易招引AID损伤这一旧问题[2]提供了候选的分子解释;同时,它把YEATS读取蛋白已知的功能——识别乙酰化组蛋白、偶联DOT1L[3]、维持癌基因转录[5]——延伸进抗体多样化与基因组不稳定的领域,并通过TT-seq延伸动力学分析,把组蛋白读取与已知的延伸速度控制[4]纳入同一体系加以检验。
需要指出的是,本文证据主要来自细胞系和对公共数据的再分析;YEATS结构域对乙酰化标记的直接识别在多大程度上为AID浓缩所必需,以及这一机制在生理性生发中心反应与淋巴瘤异常SHM中的定量贡献,仍有待后续工作回答。
- 1.Deep-sequencing identification of the genomic targets of the cytidine deaminase AID and its cofactor RPA in B lymphocytes · Nat Immunol 2011
- 2.B cell super-enhancers and regulatory clusters recruit AID tumorigenic activity · Cell 2014
- 3.AF9 YEATS domain links histone acetylation to DOT1L-mediated H3K79 methylation · Cell 2014
- 4.DOT1L activity limits transcription elongation velocity and favors RNAPII pausing to facilitate mutagenesis by AID · Nat Commun 2026
- 5.ENL links histone acetylation to oncogenic gene expression in acute myeloid leukaemia · Nature 2017
来源:Nature · nature.com